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马尔堡病毒密码子偏爱性分析: 2024年; 目的分析马尔堡病毒(Marburg virus, MARV)基因组密码子使用偏爱性及其影响因素,为疫苗及特异性抗体的制备提供参考。方法使用EMBOSS以及Codon W、SPSS 26.0等软件对GenBank数据库中93条MARV编码序列进行分析,用SigmaPlot14.0、Graphpad Prism 9.5软件进行绘图。结果 MARV7种蛋白ENC均值分布在49.84~60.92之间,CAI值接近0.7。RSCU结果显示GCA、AGA、AAU、GAA、GGA、AUU、CCU、ACA是7种蛋白的共有高频密码子,其中具有偏爱性的密码子多以A/U结尾。中性分析、ENC-Plot分析和PR2奇偶分析表明MARV密码子使用偏爱性是由突变压力、自然选择和其它多种因素共同作用形成的,其中自然选择占主导作用。将MARV密码子使用频率与大肠埃希菌、酵母、人和杆状病毒4种常见表达系统进行比较,发现MARV与大肠埃希菌密码子使用频率更为接近。结论 MARV密码子使用偏爱性由多种因素共同作用形成的,自然选择占主导作用。大肠埃希菌表达系统更适合作为马尔堡病毒蛋白的体外表达。; 李健晴刘奇王聪孟余; 关键词：马尔堡病毒密码子偏爱性自然选择

猴痘病毒密码子偏爱性变迁分析被引量：1: 2024年; 目的了解猴痘病毒(mpox)密码子使用偏爱性特点,探讨影响其密码子使用偏爱性的主要因素。方法从NCBI数据库中下载1260条mpox全基因编码序列,选择包括6种突变明显的蛋白编码序列(包括3个毒力基因和3个膜蛋白),运用软件CodonW、EMBOSS、IBM SPSS Statistics 26和SigmaPlot 14.0进行数据分析和绘图分析。结果mpox 6种蛋白ENC取值范围为40.65~52.24,CAI均值为0.64±0.03。ENC-plot、中性绘图及PR2-plot分析表明突变为影响mpox密码子偏爱性的主要因素。基于密码子使用偏爱性的聚类分析显示6种蛋白聚类相似,其中2003-2016毒株和标准株Zaire-96-I-16聚为一类,2017-2021和2022至今的毒株聚为一类。结论mpox 6种蛋白密码子主要受突变的影响,其偏爱性有增加趋势。2017年以后的毒株密码子偏爱性发生较大改变,需要进一步加强监测。; 杨曼清单静李亚飞罗春雨刘奇; 关键词：猴痘病毒密码子偏爱性进化

利用多角体蛋白基因密码子偏爱性提高重组人表皮生长因子的方法: 本发明公开了一种利用多角体蛋白基因密码子偏爱性提高重组人表皮生长因子的方法。重组人表皮生长因子hEGFbDNA序列为SEQ ID NO.1，方法是构建并合成重组人表皮生长因子hEGFb；利用病毒表达系统对重组人表皮生长因...; 吴小锋王星洋许裕敬杨恬朱新宇

诺如病毒GⅡ.4型密码子偏爱性及聚类分析: 2024年; [目的]分析诺如病毒GⅡ.4基因型密码子的偏爱性变化,探索其聚类情况。[方法]从NCBI上下载GⅡ.4型所有完整毒株,使用CodonW、EMBOSS、SigmaPlot14.0软件对诺如病毒GⅡ.4型密码子偏爱性进行分析,使用SPSS软件对GⅡ.4型聚类分析。[结果]诺如病毒GⅡ.4型三种编码框的ENC值均>50;RSCU>1的密码子以U/C结尾的居多;ENC-Plot显示GⅡ.4型三种编码框绝大多数位于标准曲线之下;PR2分析中,GⅡ.4型三种编码框四个象限分布不均匀;GⅡ.4型按照年份的聚类分析显示不同年份之间存在着一定程度的聚类。[结论]诺如病毒GⅡ.4型三种编码框的偏爱性较弱,密码子使用以U/C结尾为主,其使用偏倚受到突变和自然选择,但以自然选择为主,近年来存在着聚类情况。; 王阳杨曼清单静刘奇; 关键词：诺如病毒密码子聚类分析自然选择

尼帕病毒密码子偏爱性分析被引量：2: 2022年; 目的了解尼帕病毒(Nipah Virus,NiV)主要蛋白密码子使用偏爱性及其影响因素,寻找最佳病毒蛋白表达系统。方法以人NiV的352条编码序列为材料,使用EMBOSS的子程序CAI和CUSP以及CodonW、SPSS22.0软件统计分析NiV 6个蛋白基因组密码子偏爱性,再用SigmaPlot14.0进行绘图。结果NiV各蛋白基因组ENC值分布在50.34~55.87之间,CAI值为0.678(0.606~0.730)。RSCU>1的密码子中以A/U结尾的约占43.3%。AGA、AGG、ACA、CUU、GUU、UCA为6个蛋白的多基因共有高频密码子。中性绘图分析、ENC-Plot分析和PR2奇偶分析表明自然选择是影响NiV密码子偏爱性的主要因素,同时突变因素也具有一定的作用。将NiV基因密码子使用频率与大肠埃希菌、酵母、人和昆虫杆状病毒表达系统进行比较,显示NiV与酵母密码子使用频率相差最小。结论NiV密码子在使用过程中偏爱A/U结尾,其偏爱性主要受自然选择作用的影响,酵母是最适于其蛋白表达的系统。; 何振尚方建王聪刘奇孟余; 关键词：尼帕病毒密码子偏爱性自然选择

新型冠状病毒Omicron变异株密码子偏爱性及其进化分析被引量：2: 2022年; 目的分析新型冠状病毒(SARS-CoV-2)Omicron变异株各蛋白密码子偏爱性的变化,探索Omicron与其他关切变异株(Variant of Concern,VOC)密码子偏爱性的差异及进化关系。方法从NCBI SARS-CoV-2数据库中收集标准株Wuhan-Hu-1及5种VOC全基因组编码序列,使用EMBOSS子程序CUSP、MEGA 11.0、Codon W等分析软件进行相关密码子偏爱性数据的计算,通过SigmaPlot 14.0、SPSS 22.0等软件进行数据统计分析并绘图。结果Omicron变异株ENC均值为46.05±7.80,其S、E、ORF1ab、ORF1a蛋白编码基因密码子较其他VOC使用偏性减弱。相比Wuhan-Hu-1,Omicron关键蛋白RSCU与人类基因密码子更接近。基于密码子使用偏性的聚类分析结果显示,Omicron毒株S、ORF1a蛋白密码子与其他VOC毒株变异最大。结论新现Omicron变异株S、ORF1ab等关键蛋白的密码子偏爱性减弱,密码子使用模式较Wuhan-Hu-1更接近人类基因,可能是其感染效率增加的原因。; 李亚飞罗春雨石哲芳刘奇; 关键词：系统发育密码子偏爱性

新现HIV-1L亚型的密码子偏爱性研究被引量：3: 2021年; 目的分析新现HIV-1L亚型密码子使用偏爱性及其影响因素,并基于密码子偏爱性分析L亚型与其他亚型之间的关系。方法依据HIV-1各亚型的基因编码序列,利用EMBOSS的子程序CUSP、CodonW和SPSS22.0软件对其密码子偏爱性进行统计分析,使用SigmaPlot进行绘图,并用MEGA10.0构建系统进化树,SPSS22.0进行聚类分析。结果HIV-1L亚型ENc为46.19,和其他型别(43.75~47.97)相当,其RSCU>1的密码子中A/U结尾的占约71.8%。中性绘图、ENc-plot及PR2-plot分析表明,包括L亚型在内的HIV-1密码子的偏爱性主要受自然选择的影响。系统发育分析显示新现L亚型与HIV-1M组C亚型的分离株形成一个分支。基于env和gag编码序列密码子偏爱性的聚类分析均显示L亚型与C亚型聚为一类。不论是系统发育分析还是聚类分析,其结果均表明L亚型与C亚型有着更密切的关系。结论新现L亚型HIV-1偏爱使用A/U结尾的密码子,其偏爱性主要受自然选择压力的影响。此外L亚型密码子偏爱性与流行较为广泛的HIV-1C亚型关系密切,需加强其流行病学监控。; 石哲芳周国庆刘奇; 关键词：HIV-1 密码子偏爱性

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的密码子偏爱性分析被引量：4: 2021年; 目的分析SARS-CoV-2密码子使用的偏爱性及不同国家和地区流行株的密码子之间的聚类关系。方法使用CodonW、EMBOSS、SigmaPlot14.0、SPSS 22.0等软件分析SARS-CoV-2的密码子偏爱性及其影响因素,在此基础上对不同国家毒株的密码子偏爱性进行聚类分析。结果SARS-CoV-2的各蛋白ENC值在26.60~57.81之间;密码子以A/U结尾(RSCU>1),约占84.98%。ACA、ACU、AGA、AUU、CCU、CUU、GCU、GGU、GUU、UCA、UCU、UUA为多数基因共有的高频密码子,ORF10基因没有偏爱密码子。ENC-Plot、中性分析、PR2绘图分析显示,SARS-CoV-2的各蛋白密码子使用偏爱性受不同因素影响,但是主要因素是自然选择,突变次之。基于密码子偏性的聚类分析发现,来源全球20多个国家和地区的SARS-CoV-2密码子偏爱性有明显差异。部分蛋白的密码子偏爱性聚类分析显示,西班牙、法国、韩国、美国和越南等国家单独聚类。S和ORF1ab的聚类分析显示,中国SARS-CoV-2流行株与美国的流行株的密码子使用偏性分属不同聚类。结论SARS-CoV-2的密码子使用偏性在发生变化,目前主要受环境选择影响。这种改变可能是病毒的跨物种传播造成的,需对其加强动态监控,并对其密码子偏爱性改变的意义进行深入研究。; 尚方建石哲芳王聪刘奇; 关键词：密码子偏爱性聚类分析

红藻rbcL基因密码子偏爱性分析被引量：5: 2020年; 红藻是我们日常生活中一类非常重要的海洋生物资源。为探究红藻rbcL基因密码子的偏爱性,确定该类基因的最优密码子,本研究通过使用CodonW 1.4.4、CUSP和SPSS 20.0软件对20条红藻rbcL基因进行了多元统计和密码子偏爱性分析,最终获得了红藻rbcL基因三个位置的GC碱基含量、ENC值和RSCU值。结果显示,红藻rbcL基因AT碱基含量高于GC碱基,ENC值为41.89,说明红藻rbcL基因密码子偏爱于A/T碱基结尾。ENC绘图分析,PR2-plot分析和中性绘图分析表明自然选择是影响rbcL基因密码子偏爱性的主要因素。通过与拟南芥等五个物种的密码子使用频率比较,发现红藻rbcL基因和它们均有较大的差异性。最后筛选得到了UUU、UUA、AUU等18个最优密码子,均偏向于以A/U碱基结尾。研究结果对红藻资源的开发利用和rbcL基因的表达研究具有重要意义。; 李国灵陶文高诗晨靳燕姚慧鹏; 关键词：RBCL基因 GC 密码子偏爱性

条斑紫菜叶绿体基因密码子偏爱性分析被引量：8: 2020年; 条斑紫菜是一种具有重要经济价值的藻类植物,广泛应用于医学、纺织和食品等领域。本研究通过Python、OGDRAW、CodonW、CUSP、DNAstar及SPSS20等软件进行多元统计和密码子偏爱性分析,并获得了56个条斑紫菜叶绿体基因序列的GC_(1)、GC_(2)、GC_(3)、ENC值和RSCU值,同时获得了条斑紫菜叶绿体基因组结构图和密码子使用热图。结果显示,条斑紫菜叶绿体基因的AT碱基含量高于GC碱基含量,说明其密码子偏爱于A/T碱基结尾。中性绘图分析、ENC绘图分析和PR2-plot分析结果表明影响条斑紫菜叶绿体基因密码子偏爱性的主要影响因素是自然选择。将高频密码子和高表达优越密码子结合,最终获得了9个条斑紫菜叶绿体基因的最优密码子,如UUU、UCA和CCU,均偏爱于A/U碱基结尾。研究结果为条斑紫菜的资源开发和培育利用,以及外源基因的稳定表达提供了重要的科学依据。; 李国灵潘宗莲何雨阳高诗晨夏巧玉靳燕姚慧鹏; 关键词：叶绿体基因密码子偏爱性

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