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搜索到238篇“ 模式菌株“的相关文章

新根瘤菌属模式菌株全基因组序列比较分析: 2024年; 新根瘤菌属(Neorhizobium)隶属于根瘤菌科(Rhizobiaceae),目前有效发布了8个种。为了探究该属下不同模式菌株的全基因组分子机理和遗传特征,本文采用Prodigal等软件对这8个模式菌株的全基因组序列进行基因预测、功能注释和系统发育分析,并在此基础上进行了基因组比较分析。基因组预测结果显示,这8个模式菌株的CDS(Coding Sequences)数量为4471~6669个,GC含量在60.0%至61.6%之间,rRNA数量为3至9个,tRNA数量为43至51个。通过比较基因组分析发现,所有菌株共享的直系同源基因簇有2563个,独立拥有的基因簇数量少。通过平均核苷酸一致性(ANI)、数字DNA-DNA杂交(dDDH)和系统发育树的分析,发现菌株CCBAU 05176^(T)和菌株T17_20^(T)具有最高的同源性,而菌株T786^(T)和NTR19^(T)的遗传距离最远。COG(Cluster of Orthologous Groups of Proteins)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分类的比较分析显示,注释的基因功能整体差异较小,但在SL-1T中,异种生物的生物降解和代谢的注释比例和数量明显高于其他模式菌株。本研究为新根瘤菌属的系统分类以及在生态系统中的应用奠定了理论基础。; 龙永李彦生韩庆庆毛梦凡高利正于镇华; 关键词：模式菌株全基因组序列

细菌域不同分类单元模式菌株间的基因组差异度研究: 自1987年Woese提出三域学说以来,原核生物的分类学一直以16S r RNA基因的系统发育关系和序列一致度作为不同分类单元分类的标准。随着测序技术的发展,以及生物信息学分析技术日益成熟,数据库中细菌全基因组序列数量呈...; 刘国华; 关键词：模式菌株全基因组序列

两种藏香对模式菌株及空气中微生物的抑制作用被引量：3: 2022年; 目的:观察意乐藏香(柱香和陀香)燃烧不同时间对模式菌株和空气微生物的生长抑制作用。方法:利用菌落计数法计算香薰对模式菌株大肠杆菌和金黄色葡萄球菌生长抑制情况,同时对空气中微生物进行培养、纯化、DNA提取、16S rRNA基因的扩增与测序分析,探讨香薰对空气微生物抑制效果和微生物种类变化。结果:两种藏香对模式菌株大肠杆菌无显著抑制效果,对金黄色葡萄球菌燃香1.5 h后,最佳抑制效果达到70%以上。空气微生物抑制实验表明,两种藏香对空气细菌的抑制效果明显,燃香1.5 h后,空气中可培养细菌抑菌率达80%以上。燃香前实验室可培养微生物共包含4个门:放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria);5个纲,11个目,13个科,19个属,38个种。随着藏香燃烧时间的延长,微生物数量和种类数减少,点燃1.5 h后,只剩下厚壁菌门的7个种。结论:意乐藏香(陀香)对模式菌株金黄色葡萄球菌有明显抑制作用;2种意乐藏香对空气中微生物的生长具有明显抑制作用,可以起到良好的杀菌效果。; 姜钊张卫花盛业萌旦木真卓嘎李捷付淑艳孙芳云; 关键词：模式菌株空气微生物抑菌率

蝙蝠蛾鳞翅虫草Samsoniella hepiali模式菌株线粒体基因组系统发育分析被引量：1: 2022年; 蝙蝠蛾鳞翅虫草Samsoniellahepiali是重要的药用虫生真菌,根据现代分类系统,隶属于虫草科Cordycipitaceae鳞翅虫草属Samsoniella。本研究对蝙蝠蛾鳞翅虫草模式菌株(ICMM82-2)线粒体基因组进行测序、组装和注释,发现其线粒体基因组成闭合环状,大小为24246bp。基因区域占比为85.10%,共编码42个基因,包括15个蛋白质编码基因(PCGs)、2个rRNA基因和25个tRNA基因。15个PCGs均以ATG为起始密码子,以TAA为终止密码子,偏好密码子为UUA。各氨基酸使用频率具有较大差异,其中亮氨酸(Leu)出现频率最高。25个tRNA基因可转运全部20种氨基酸,其中19个tRNA基因二级结构为三叶草结构。本研究基于线粒体基因组中14个PCGs基因串联数据集,构建肉座菌目6科50个物种的系统发育树,进一步证实蝙蝠蛾鳞翅虫草模式菌株系统发育位置隶属于肉座菌目Hypocreales虫草科Cordycipitaceae鳞翅虫草属Samsoniella。通过虫草科线粒体基因组共线性分析,发现其中12个物种有5个同源区,3个物种存在6个同源区,同源区域A和B长度变异较大。与其他虫草科物种相比,蝙蝠蛾鳞翅虫草线粒体基因组较小,同源区域相对较短。蝙蝠蛾鳞翅虫草模式菌株线粒体基因组信息有助于鉴别其物种特异性,确定其系统发育关系,将为虫草系统发育研究提供新思路,为继续研究鳞翅虫草属物种药用价值提供系统发育依据。; 孙涛李天昊黄偶祝孔福陈思琪陈思琪王垚王垚王元兵; 关键词：线粒体基因组系统发育

气液放电等离子体对水中模式菌株的灭活效果及机理探究: 介水传播的致病菌对人体健康构成威胁,需要在水处理过程中特别是消毒工艺中彻底清除。与此同时,抗生素抗性基因(Antibiotic resistance genes,ARGs)与存活但不可培养(Viable but non-...; 邵明丽; 关键词：放电等离子体抗生素抗性基因

鼠伤寒沙门氏菌强毒株D23580与模式菌株14028s致病性差异机制的初步研究: 鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella enterica serovar Typhimurium,S.Typhimurium)是重要的人类食源性致病菌。该致病菌宿主范围广泛,即能感染小鼠,引起类似于人类伤寒病的系统性疾病;...; 熊迎璎; 关键词：沙门氏菌; 文献传递

以金色分枝杆菌为模式菌株筛选抗结核活性化合物可行性研究被引量：4: 2020年; 目的评估以金色分枝杆菌作为结核分枝杆菌模式菌株筛选抗结核抑制剂的可行性。方法以结核分枝杆菌标准菌株H37Rv建立细胞水平的抑制剂高通量筛选模型,对本单位化合物库部分样品进行筛选,获得具有抗结核活性的化合物;进一步比较模式菌株金色分枝杆菌、耻垢分枝杆菌、海分枝杆菌及谷氨酸棒状杆菌对具有较强抗结核活性样品的敏感性差异。结果利用基于结核分枝杆菌建立的全细胞筛选模型,从本单位化合物库的5万个样品中筛选得到67个最低抑菌浓度≤5μg/ml的化合物。对金色分枝杆菌、耻垢分枝杆菌、海分枝杆菌和谷氨酸棒状杆菌有抑制活性的样品分别有22个(32.84%)、10个(14.93%)、12个(17.91%)和6个(8.96%),其中抑菌活性与抗结核活性差异在4倍以内的样品分别有16个(72.73%)、5个(50%)、7个(58.33%)和3个(50%)。结论相对于其他3种模式菌株,金色分枝杆菌对本单位样品库化合物的敏感性与结核分枝杆菌的最为接近,以金色分枝杆菌为模式菌株开展抑制剂筛选研究更有可能获得具有抗结核活性的化合物。; 蒙建州王潇关艳肖春玲刘忆霜; 关键词：结核分枝杆菌

一簇新颖细菌的鉴定及其模式菌株的基因组分析: 首先，本论文从中国石化青岛炼油化工有限责任公司污水处理厂的活性污泥中分离获得五株细菌，经过16SrDNA序列分析发现，五株菌之间的相似度在98.73-99.93%之间，并与红细菌科(Rhodobacteraceae)辛芳...; 张静静; 关键词：代谢通路

肠道菌群模式菌株的HPLC分离条件优化及其表征: 2018年; 采用高效液相色谱分别考察了肠道菌群模式菌株及各单菌的色谱行为,成功建立了HPLC分离分析肠道菌群模式菌株的最佳洗脱方法,即阶梯式梯度洗脱.结果显示,肠道模式混合菌株经过高效液相色谱分离得到5个明显的洗脱组分,分别为0.10 mol·L^(-1)(脆弱拟杆菌和金黄色葡萄球菌)、0.20 mol·L^(-1)(青春双歧杆菌和鼠李糖乳杆菌)、0.25 mol·L^(-1)(粪肠球菌)、0.30 mol.L^(-1)(奇异变形杆菌、克雷伯肺炎杆菌和产气荚膜梭菌)和0.50 mol·L^(-1)(大肠杆菌和产气荚膜梭菌)洗脱峰.色谱柱的上样浓度为培养菌液(OD600=0.576)的5倍时,其最大上样量为500μL,且方法分辨率高、重现性好、结果稳定.; 邱丹腾张海玲陈玲琳潘超逸陈姗姗饶平凡刘树滔; 关键词：肠道菌群高效液相色谱梯度洗脱

不同培养温度下腐败希瓦氏菌模式菌株DSM6067差异蛋白质组分析被引量：5: 2018年; 腐败希瓦氏菌能够适应低温环境继续生长繁殖,是导致冷链流通过程中水产品腐败变质的优势腐败菌之一。运用Label-free非标记蛋白质组学技术对30、10℃和4℃培养温度下腐败希瓦氏菌模式菌株DSM6067所表达的蛋白质组差异进行分析,以期为探明腐败希瓦氏菌在低温胁迫下的分子调控机制提供理论依据。结果表明,腐败希瓦氏菌生长的环境温度越低,其所表达的蛋白质种类数越多。检测分析共得到2 165条腐败希瓦氏菌蛋白质,其中30、10℃和4℃鉴定到的蛋白质条数分别为1 739、1 761和1 832。功能分析表明,这些差异蛋白涉及多种GO分类及KEGG通路,其中与能量代谢、催化活性、分子绑定功能相关的GO分类占较大比例。在这些差异蛋白中,与腐败希瓦氏菌模式菌株细胞膜脂肪酸合成相关的蛋白表达量相对较低,但4、10℃与30℃培养温度下相比差异较显著,且温度越低与细胞膜脂肪酸代谢相关的蛋白酶表达量越高。本研究为进一步探析腐败希瓦氏菌野生菌株适冷机制提供理论参考依据。; 杨胜平钱韻芳章缜程颖谢晶; 关键词：温度蛋白质组学

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