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基于图注意力网络的蛋白质结构分析: 蛋白质是地球上生物体中组织和细胞的基本成分，在新陈代谢、运动、防御、细胞通讯、分子识别等诸多生化反应中发挥重要的作用。蛋白质由二十种氨基酸组成，每种氨基酸都有一个独特的侧链，并且具有不同的化学性质。氨基酸之间的相互作用驱...; 童学衡; 关键词：蛋白质结构; 文献传递

新型羧基和氨基交联剂的开发以及在基于质谱的蛋白质结构分析中的应用: 化学交联结合质谱技术(CXMS技术)是近年发展起来的一种研究蛋白质结构以及蛋白-蛋白相互作用的新方法。由于它比传统方法检测迅速、对样品纯度要求较低,并且可以确定蛋白相互作用的界面信息,因此得到科研人员的广泛应用。设计开发...; 王建华; 关键词：质谱蛋白质结构蛋白-蛋白相互作用

金川牦牛TGF-β1基因克隆及蛋白质结构分析: 2018年; 为了探讨金川牦牛天然免疫调节因子TGF-β1基因特点,试验根据Gen Bank公布的野牦牛序列设计引物,并运用Ex PASy、ABCpred、BIMAS等生物信息学软件对基因序列进行核酸和蛋白质结构分析。结果表明：克隆的金川牦牛TGF-β1基因片段长度为607 bp,开放阅读框为471 bp,可编码157个氨基酸,其中丙氨酸、脯氨酸的含量最多,分别达14.01%、12.10%。分子质量为16.324 87 ku,理论等电点为9.48,不稳定系数为63.90。二级结构以无规则卷曲为主（64.33%）。TGF-β1基因存在潜在的抗原表位,B细胞有77-92,99-114,121-136等17个表位区域,T淋巴细胞有2-10,19-27,68-76,126-134等20个表位区域。系统进化分析中,金川牦牛TGF-β1基因与野牦牛同源性为96.7%,亲缘关系最近。试验获得金川牦牛TGF-β1基因,在哺乳动物中具有较高的保守性。; 吴开年王利李晨阳; 关键词：TGF-Β1基因分子克隆免疫调节

牦牛AP-1基因的克隆及蛋白质结构分析: 2017年; 为了探讨牦牛AP-1基因的生理功能与结构,试验采用RT-PCR方法克隆牦牛AP-1基因,并且用多种生物信息学软件分析基因序列。结果表明:获得麦洼牦牛AP-1基因长496 bp,包含1个475 bp的开放阅读框,编码158个氨基酸。系统进化树结果显示,麦洼牦牛AP-1序列与野牦牛亲缘关系最近。AP-1编码蛋白质的相对分子质量为18.62 ku,理论等电点为5.20,不含跨膜区,不存在信号肽,二级结构以α-螺旋为主。该基因的三级结构与人AP-1蛋白质相似度高达98.05%。; 蓝胜华王利段荟芹; 关键词：麦洼牦牛克隆蛋白质结构分析系统进化树

马铃薯块茎休眠解除过程中NOX酶活性变化及其蛋白质结构分析: 2017年; 本研究测定了马铃薯块茎休眠解除过程中NADPH氧化酶(NADPH oxidase,NOX)的酶活性,用q RT-PCR方法检测了马铃薯St NOXs基因在块茎休眠解除过程中的相对表达量,并利用生物信息学方法分析了St NOX3基因编码蛋白质的可能结构和功能。情况表明:马铃薯块茎休眠解除过程中NOX酶活性呈升-降-升-降的动态变化过程;q RT-PCR情况显示St NOX3基因的相对表达量与NOX酶活性呈相同的变化趋势;生物信息学分析表明该基因编码940个氨基酸,蛋白质相对分子量为106 004.79,等电点为8.76。研究情况为进一步阐明St NOX基因家族在马铃薯块茎休眠解除过程中的作用奠定了基础。; 闫好禄姬祥卓文义凯唐勋张彩霞司怀军张宁; 关键词：马铃薯块茎休眠蛋白质结构

鱼腥草HMGR基因cDNA克隆、差异表达及蛋白质结构分析被引量：7: 2017年; 目的克隆鱼腥草3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)基因并分析其差异表达。方法采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)方法获得HMGR基因cDNA序列并对HMGR蛋白进行理化性质、蛋白二级结构及三维结构预测分析,并预测该蛋白功能;利用RT-PCR方法检测HMGR基因在鱼腥草的地下茎、地上茎、叶、花中的表达情况。结果克隆获得的HMGR基因cDNA全长为1 626 bp,编码541个氨基酸。生物信息学预测HMGR蛋白含2个跨膜区,不含信号肽。HMGR基因主要在鱼腥草的花中表达,其他器官中表达相对较低,地下茎中表达量最低。结论首次从鱼腥草中克隆了HMGR基因,为进一步阐明该基因在鱼腥草萜类化合物代谢途径中的作用奠定基础。; 魏麟黎晓英刘胜贵王丹黄豪兰龙强蒋玉红郭文博伍贤进; 关键词：鱼腥草萜类 RT-PCR CDNA序列

牦牛低氧诱导因子-1α基因克隆及蛋白质结构分析被引量：5: 2016年; 试验采用RT-PCR方法,以麦洼牦牛脾脏cDNA为模板扩增牦牛低氧诱导因子-1α(hypoxia inducible factor-1α,HIF-1α)基因,并运用生物信息学软件对其序列进行分析。结果发现,扩增得到的麦洼牦牛HIF-1α基因编码区长为2 472bp,编码823个氨基酸;蛋白质预测结果显示,该蛋白质分子质量为92.13ku,等电点5.09,为亲水性蛋白,二级结构以随机卷曲和α-螺旋为主,有69个磷酸化位点和4个N-糖基化位点;系统进化树显示,麦洼牦牛与牦牛、野牦牛、普通牛亲缘关系最近。本试验成功克隆麦洼牦牛HIF-1α基因并对其序列进行了分析,为进一步研究HIF-1α基因的功能提供参考。; 段荟芹王利李键熊显荣; 关键词：麦洼牦牛低氧诱导因子-1Α 克隆蛋白质分析

麦洼牦牛TF基因的克隆及蛋白质结构分析被引量：5: 2015年; [目的]探讨麦洼牦牛转铁蛋白(Transferrin,TF)的结构及生理功能。[方法]采用RT-PCR方法,从麦洼牦牛心脏克隆出TF基因,并运用多种生物信息学软件对其进行核苷酸序列及蛋白质结构分析。[结果]克隆得到的麦洼牦牛TF基因开放阅读框为780 bp,编码259个氨基酸,分子质量为28.33 k Da,理论等电点8.57,不含跨膜区域,存在信号肽序列,二级结构以随机卷曲和α-螺旋为主,无β-折叠,同源建模预测出牦牛TF蛋白与猪血清转铁蛋白有相似的三级结构,同源性可达71.91%。[结论]成功克隆了麦洼牦牛TF基因并分析了其蛋白质结构,为进一步研究TF蛋白功能提供理论基础。; 段荟芹王利李键钟金城字向东江明锋熊显荣李雪峰; 关键词：麦洼牦牛转铁蛋白克隆蛋白质分析

粗毛纤孔菌糖苷水解酶5基因克隆及蛋白质结构分析: 2015年; 【目的】克隆得到粗毛纤孔菌糖苷水解酶5基因,并对该基因进行生物信息学分析、蛋白质原核表达和酶活研究,为糖苷水解酶的利用提供依据。【方法】分离纯化粗毛纤孔菌,并于PDA斜面长期保存。应用TRIzol提取粗毛纤孔菌总RNA,通过AMV反转录系统将RNA反转录成c DNA,构建c DNA文库;应用NCBI BLAST分析并检测糖苷水解酶基因家族5阳性序列,RACE法克隆基因全长命名为Ih GH5-1并提交NCBI注册;ORF-Finder分析Ih GH5-1基因开放阅读框,推导出氨基酸序列;筛选NCBI登录的糖苷水解酶家族5同源序列,Clustal W进行保守结构域区段多序列比对;应用Mega 5.05选用WAG+G模型构建最大似然树;应用PSIPRED server对Ih GH5-1进行α螺旋和β折叠的蛋白质二级结构分析,应用SWISS-MODEL对Ih GH5-1进行三维建模,应用VMD1.8.6分析Ih GH5-1三维结构;设计原核表达引物并进行PCR扩增,将扩增得到的基因片段连接至p QE-30 UA载体并转入大肠埃希菌JM109感受态细胞,诱导表达后通过SDS-PAGE电泳检测表达量;测定糖苷水解酶活性并计算酶活。【结果】TRIzol提取的粗毛纤孔菌总RNA经分光光度计检验符合标准(OD260/OD280=2.0,OD260/OD230>1.8),c DNA文库成功构建并测序;RACE法克隆得到5'序列长度为770 bp,3'序列长度为1 562 bp且含有Poly A的序列,5'和3'序列拼接得到基因全长序列长1 727 bp,NCBI注册号为KM368321;ORF分析得到Ih GH5-1氨基酸序列含有300个氨基酸,分子质量为31.226 55 k D,等电点(p I)为9.24;结构域分析表明Ih GH5-1具有保守的催化结构域;最大似然树分析表明多数子囊菌糖苷水解酶家族5聚在一起,多数担子菌糖苷水解酶家族5聚在一起,粗毛纤孔菌Ih GH5-1蛋白质与太瑞斯梭孢壳霉和球毛壳菌等子囊菌的糖苷水解酶亲缘关系更近;蛋白质三维结构分析表明粗毛纤孔菌Ih GH5-1含有7个α螺旋、4个β折叠,三维比对表明粗毛纤孔菌Ih GH5-1三维结构与其他真菌糖苷�; 刘晓晗王峰董爱荣陈俏丽刘立宏零雅茗王博文丁晓霞王世新; 关键词：水曲柳

普通油茶泛素结合酶UBE2-J2的cDNA序列及蛋白质结构分析: 泛素结合酶(E2)是泛素/26S蛋白酶体途径中3个关键酶之一,在靶蛋白识别、与泛素连接酶(E3)互作等蛋白的泛素依赖性水解和N-末端规则依赖性水解途径的关键环节中起重要作用.采用Solexa测序技术获得了一条普通油茶E2...; 林萍姚小华曹永庆龙伟王开良滕建华; 关键词：油茶泛素结合酶基因序列蛋白质结构; 文献传递

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