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基于血细胞全长转录物组和血清差异蛋白质组的厚壳贻贝新型免疫相关蛋白质鉴定
2024年
贻贝是一类极具经济价值和生态价值的双壳贝类,对其先天免疫防御机制的研究在海洋生物免疫学研究中占据重要地位。血淋巴是贻贝的主要免疫组织,采用贻贝血细胞Nanopore全长转录物组,结合基于SDS-PAGE分析的血清差异蛋白质组学手段,开展了厚壳贻贝血淋巴对不同微生物免疫响应的关键分子挖掘。研究结果表明,在不同微生物诱导后的贻贝血清中,共鉴定蛋白质44种,其中26种蛋白质表现为在不同微生物胁迫后具有与对照组相比的显著差异表达(P<0.05),其功能涉及蛋白质折叠保护、细胞自噬与凋亡的调节、活性氧产生、能量代谢调节、细胞解毒功能以及炎症反应调节等。上述蛋白质在不同细菌和真菌胁迫后,其在血细胞中的基因表达量变化趋势存在差异,反映出贻贝对不同细菌和真菌诱导具有不同的响应策略。上述研究结果为了解贻贝先天免疫系统在应对不同类别微生物侵袭过程中,其差异化免疫响应机制,以及贻贝在微生物感染后,特异性标志蛋白质的筛选提供了新的科学依据,也为后续贝类养殖业的健康发展和病害防治提供了思路。
肖文慧王昊东阳宗欣宋方王月何建瑜张晓林严小军廖智
关键词:厚壳贻贝血淋巴差异蛋白质组
一种基于离子索引的整体蛋白质鉴定方法
本发明涉及一种基于离子索引的整体蛋白质鉴定方法与系统,其流程包括质谱的预处理、蛋白质变体的鉴定和可信度打分,其中在质谱的预处理过程中增加母离子在多电荷状态下理论与实验同位素模式匹配误差之和作为特征进行母离子候选电荷范围的...
王振振孙瑞祥迟浩贺思敏
一种蛋白质鉴定并行加速方法
本发明属于并行处理技术领域,具体为一种蛋白质鉴定并行加速方法。本发明首先采用细粒度切分蛋白质库,通过设置低竞争缓冲区实现细粒度batch分配机制,然后通过数据结构的优化和内存分配器的优化实现对动态内存的优化,利用主线程和...
张为华鲁云萍蒋金虎孙廷杰
蛋白质鉴定方法、电子设备及存储介质
本申请提供一种蛋白质鉴定方法、电子设备及存储介质。所述方法包括:获取蛋白质序列;使用预训练的多个自监督模型对所述蛋白质序列进行信息提取,得到所述蛋白质序列的多个嵌入向量;根据所述多个嵌入向量以及预训练的多个分类模型,生成...
余函罗小舟
不同月龄新西兰兔肝中差异蛋白质鉴定与验证
2023年
兔出血症是由兔出血症病毒(Rabbit haemorrhagic disease virus,RHDV)引起的一种兔急性、高度致死性传染病,成年兔死亡率超过90%,但2周龄幼兔不发病。基于幼年兔与成年兔对RHDV的易感性差异,采用串联质谱标记(tadem mass tags,TMT)蛋白质组学技术对幼年兔(2周龄)和成年兔(6月龄)肝中的蛋白质进行检测和定量分析,从幼年兔和成年兔肝中定量获得4353个蛋白质,筛选出821个差异蛋白质;相较于幼年兔,成年兔肝中294个蛋白质显著上调,527个蛋白质显著下调。GO功能富集分析结果显示,生物学过程主要富集到145个小分子代谢蛋白质、111个与氧化还原过程相关的蛋白质和478个参与代谢过程的蛋白质,细胞组分主要富集到528个细胞外成分蛋白质、139个线粒体蛋白质和366个细胞质蛋白质等,分子功能主要富集到342个催化活性蛋白质、93个氧化还原活性蛋白质和50个辅酶结合蛋白质等。821个差异蛋白质在KEGG Pathway数据库中共注释到47条KEGG信号通路,主要涉及代谢途径、糖代谢、氧化磷酸化作用和剪切小体等通路。幼年兔和成年兔肝中差异蛋白质互作网络分析发现,MRPS15的关联度最高,且差异蛋白质胆固醇酰基转移酶1(ACAT1)在互作网络中具有更多相互作用关系。从蛋白质水平探讨幼年兔和成年兔的感染差异机制,筛选并分析幼年兔和成年兔肝中的差异蛋白质,筛选出的差异蛋白质有望成为RHDV体外扩增细胞系构建的突破点,为构建适宜RHDV体外扩增的细胞系提供新的研究思路。
刘方程王峰毕冬琳杨东亮杨晓莉柏家林李琼毅
关键词:差异蛋白质
一种用于糖类和蛋白质鉴定实验的装置
本实用新型涉及一种用于糖类和蛋白质鉴定实验的装置,包括安装板、x轴步进模组以及y轴步进模组,所述x轴步进模组轴向设置在安装板上部,y轴步进模组垂直设置于x轴步进模组上;所述y轴步进模组下端安装有针管注射器,所述针管注射器...
林长春陈可明
还原性糖、脂肪、蛋白质鉴定的实验改进
2023年
对教材中“还原性糖、脂肪、蛋白质鉴定”实验进行了改进,利用自然研磨匀浆、装有组织块的竹子加工装置进行还原性糖的鉴定;利用脂肪含量多的材料通过压油观察法、刮粉观察法、浸泡刮粉观察法进行脂肪的鉴定;利用瘦肉片煮沸汁进行蛋白质鉴定。改进后的实验,拓宽了材料的选择,方法简单,效果更显著。
谢煦晗陈帮强
关键词:糖类脂肪蛋白质
一种基于液相色谱与质谱联用法的蛋白质鉴定试剂盒
本实用新型涉及试剂盒技术领域,且公开了一种基于液相色谱与质谱联用法的蛋白质鉴定试剂盒,解决了一般的试剂盒在对试管放置的过程中,其内的试管容易因振动发生晃动现象,故稳定性较差的问题,其包括盒体,所述盒体的顶端开设有条形槽和...
徐晓飞李振
文献传递
鹿角与鹿茸蛋白质鉴定被引量:3
2022年
目的 鉴定鹿角与鹿茸蛋白质。方法 通过SDS-PAGE、2-DE分析鹿角与鹿茸蛋白质组成,比较两者电泳图谱,找出各自稳定的蛋白质条带或斑点及其差异。将两者SDS-PAGE蛋白质条带以胰蛋白酶进行胶内消化后,采用MALDI-TOF/TOF质谱分析,通过MASCOT检索匹配以鉴定蛋白质。结果 在SDS-PAGE图谱中,鹿角在约75、66.2 kD处呈现出2个清晰的蛋白质条带,而鹿茸则在约75、61、45、20 kD处呈出现4个蛋白质条带;2-DE分析显示,鹿角蛋白质斑点集中于Ⅰ区(pH5~7,M_(w) 45 kD)以及Ⅱ区(pH10,M_(w) 66.2 kD);鹿茸蛋白质斑点则主要分布在Ⅲ区(pH5~7,M_(w) 45 kD),另外,在pH5~6和M_(w) 20 kD的区域内存在3个稳定出现的蛋白质斑点。通过生物质谱分析,分别从鹿角与鹿茸中鉴定出2、4个蛋白质,评分高于100。结论 鹿角与鹿茸蛋白质电泳图谱存在明显差异,可为两者鉴别提供科学依据。
杨欢Roselyn Tehzee Gblinwon杨娅娅王强陈香卢梦瑶郑晗雪吴沅臻夏国华沈玉萍
关键词:鹿角鹿茸蛋白质电泳生物质谱
SiO2诱导RAW264.7巨噬细胞外泌体蛋白质组学分析及特异性蛋白质鉴定
目的  本实验对SiO2粉尘诱导的RAW264.7巨噬细胞外泌体进行蛋白质组学分析,并筛选出特异性蛋白进行干预,为寻找矽肺病发生发展过程中可能存在的生物学标志物或者干预靶点提供实验依据,同时也为进一步开展矽肺研究提供策略...
黄婼璇
关键词:矽肺巨噬细胞外泌体蛋白质组
文献传递

相关作者

孙瑞祥
作品数:77被引量:95H指数:6
供职机构:中国科学院计算技术研究所
研究主题:蛋白质鉴定 质谱 串联质谱 肽谱 蛋白质组学
贺思敏
作品数:114被引量:112H指数:6
供职机构:中国科学院计算技术研究所
研究主题:蛋白质鉴定 质谱 肽段 串联质谱 肽谱
迟浩
作品数:73被引量:48H指数:4
供职机构:中国科学院计算技术研究所
研究主题:蛋白质鉴定 肽段 质谱 肽谱 蛋白质序列
王乐珩
作品数:27被引量:25H指数:3
供职机构:中国科学院计算技术研究所
研究主题:蛋白质鉴定 蛋白质序列 肽谱 索引文件 白质
付岩
作品数:43被引量:126H指数:4
供职机构:中国科学院计算技术研究所
研究主题:蛋白质鉴定 串联质谱 蛋白质序列 白质 肽谱