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我国乙型流感病毒血凝素基因的分子流行病学特征初步探讨: 2024年; 目的初步探讨我国乙型流感病毒(IBV)血凝素(HA)基因的分子进化及基因特征,为IBV疫苗的研发提供参考价值。方法从GenBank公共数据库中获取我国完整的IBV HA基因序列,利用生物信息学软件分析其进化变异与基因特征。结果我国1996—2018年B/Victoria系流感毒株主要属于V1A分支,2019—2022年属于V1A.3分支,少数属于V1A.1分支,B/Yamagata系相同年份流行株多聚集成一分支进化。Victoria系和Yamagata系的HA基因与同期疫苗株相比,其氨基酸同源性分别>92.6%和92.8%。两谱系与参考株相比,流行株在HA蛋白的120环、150环、160环及190螺旋等关键的抗原决定簇部位发生了多个氨基酸位点改变。结论我国IBV的流行株含有B/Victoria系和B/Yamagata系,且HA已发生抗原突变积累,这可能会导致IBV疫苗保护效果下降,需密切监测IBV谱系及变异情况,为疫苗株的更新提供可靠的数据。; 倪群琴何付勤何君君李娟江春顾秀玉沈冬; 关键词：乙型流感病毒血凝素基因特征进化

2009-2024年山东省甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析: 2024年; 目的描述并分析山东省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因的多样性,探讨其遗传变异规律,为流感监测、疫情防控和疫苗株匹配度提供科学参考。方法从GISAID流感数据平台下载2009—2024年流感疫苗推荐株和各分支代表株的HA基因序列,与山东省分离的298株甲型H1N1流感病毒株HA基因序列进行系统发育分析和氨基酸位点变异分析。利用IQ-TREE在线工具的最大似然法(maximum likelihood,ML)构建系统进化树,利用MegAlign软件查看氨基酸位点变异,同时采用NetNGlyc 1.0在线软件预测HA基因潜在的糖基化位点。结果298株山东省甲型H1N1流感病毒的HA基因同源性为91.2%~100.0%,序列进化分支随时间推移亲缘关系渐远,但进化方向与其他省份大致相同。HA基因氨基酸变异在各年度均有发生,抗原决定簇是其主要变异区域。结论山东省2009—2024年流感病毒分离株的HA基因仍处于不断进化过程,持续监测流感病毒流行趋势和进化方向对预警流感病毒大流行至关重要。; 赵志红何玉洁吴巨龙宋绍霞孙林李忠王显军寇增强温红玲刘倜; 关键词：血凝素基因遗传进化

2023-2024年流感监测季北京市乙型Victoria系流感病毒血凝素基因特性和抗原性分析: 2024年; 目的了解2023-2024年流感监测季北京市乙型Victoria系流感病毒(BV)的血凝素(hemagglutinin,HA)基因特性、抗原性及与流感疫苗组分株的匹配性。方法采集2023—2024年流感监测季流感样病例(influenza like-illness,ILI)咽拭子样本,经MDCK细胞或鸡胚培养分离流感病毒,提取病毒核酸后测序。应用Mega5.0进行病毒HA基因的核苷酸和氨基酸变异分析,采用maximum likelihood方法构建HA基因的遗传进化树,在线预测N-糖基化位点。SWISS-MODEL同源建模,建立BV毒株HA的蛋白质三维空间模拟图。通过血凝抑制(hemagglutination inhibition,HI)试验,进行毒株的抗原性分析。结果随机抽取本年度BV分离毒株54株,提取核酸后测序获得HA基因全长序列。与本年度的疫苗组分BV株(B/Austria/1359417/2021)HA基因相比较,这54株均有3个氨基酸序列替换,涉及2个不同的抗原决定簇。遗传进化树分析显示:所有毒株均位于Clade 1A.3a.2分支,与2023—2024年度疫苗组分BV株在同一分支。抗原性分析结果显示:54株均为疫苗组分BV株的类似株。结论2023—2024年流感监测季北京市人群中BV流行毒株以Clade 1A.3a.2进化分支为主要流行株。本监测季BV流行株与疫苗BV组分的抗原匹配性较高。; 卢桂兰赵佳琛石伟先张莉刘医萌冯兆民孙瑛张代涛彭晓旻; 关键词：乙型流感病毒血凝素基因抗原性分析

贵州省2022-2023年流感季A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原性和血凝素基因特征: 2024年; 目的了解贵州省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原性和血凝素(Hemagglutinin,HA)基因特征。方法选取贵州省流感监测点2022年10月至2023年3月A(H1N1)pdm09亚型流感病毒分离株,采用红细胞凝集抑制试验检测抗原性,测定HA全基因组序列,构建遗传进化树,分析核苷酸同源性和氨基酸位点变异。结果共获得78株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒,均鉴定为疫苗类似株。22株毒株获得HA全基因组序列,与疫苗株的核苷酸同源性为97.28%-99.14%;其中6B.1A.5a.2a、6B.1A.5a进化分支分别为19株、3株;19株发生Sb抗原决定簇的A186T和Q189E氨基酸替换并分布在1个抗原决定簇,3株发生Sa抗原决定簇的K156N和I161L氨基酸替换并分布在1个抗原决定簇。19株发生190位螺旋(184-191)A186T和Q189E以及220位环E224A氨基酸替换,3株发生220位环D222Y氨基酸替换,均发生在HA1区域。未发现糖基化位点变异。结论贵州省2022-2023年流感季A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与疫苗株匹配性良好,但存在部分氨基酸位点变异。需加强流感病毒监测及其抗原性和基因序列分析,以利于流感防控策略制定和流感疫苗株筛选。; 庄丽柯倩郑菊韦小瑜; 关键词：抗原性血凝素基因特征

2021-2022年流感监测季北京市乙型Victoria系流感病毒血凝素基因特性和抗原性分析被引量：1: 2023年; 目的:分析2021-2022年流感监测季北京市乙型Victoria系流感病毒(BV)的血凝素(hemagglutinin, HA)基因特性、抗原性及与流感疫苗组分株的匹配性。方法:采集2021-2022年流感监测季流感样病例(influenza like-illness, ILI)咽拭子样本经MDCK和鸡胚培养分离流感病毒,提取病毒核酸后测序。应用MEGA5.0进行病毒HA基因的核苷酸和氨基酸变异,采用maximum likelihood方法构建HA基因的遗传进化树,在线预测N-糖基化位点。SWISS-MODEL同源建模,建立BV毒株HA的蛋白质三维空间模拟图。通过血凝抑制(hemagglutination inhibition, HI)试验,进行毒株的抗原性分析。结果:共收集402株BV毒株,选取58株测序获得HA基因全长序列,与本年度的疫苗组分BV株(B/Washington/02/2019)HA基因相比较显示,有27个氨基酸位点发生变异,其中11个变异位点位于4个不同的抗原决定簇。遗传进化树分析显示:3个进化分支的毒株共同流行,其中54株(54/58,93.10%)HA基因位于Clade 1A.3a2分支,2株(2/58,3.45%)位于Clade 1A.3a1分支上,2株(2/58,3.45%)与2021-2022年度疫苗组分BV株在同一分支Clade 1A.3。其中2株相对于疫苗组分BV株增加一个197位糖基化位点,其余56株的糖基化位点未发现变化。抗原性分析结果显示:35株为疫苗组分BV株的类似株(35/58, 60.34%),23株为低反应株(23/58,39.66%)。结论:2021-2022流感监测季有3个进化分支的BV毒株在北京市人群中共同流行,其中Clade 1A.3a2毒株为优势株(93.10%),且与疫苗组分BV株进化距离有一定的偏离;占比近四成(39.66%)的毒株为疫苗低反应株。本研究结果提示,持续监测流感流行毒株的变异,及时为疫苗组分株筛选提供实验室依据,是应对流感大流行的基本技术保证。; 卢桂兰崔淑娟赵佳琛刘医萌石伟先冯兆民潘阳张代涛杨鹏王全意彭晓旻; 关键词：乙型流感病毒 HA基因抗原性分析

北京市2022—2023年甲型H3N2流感病毒流行特征与血凝素基因变异分析: 2023年; 目的掌握2022—2023年北京市流感流行特征及甲型H3N2流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因、抗原性变异情况,为北京市流感防控提供科学依据。方法对北京市2022年第14周至2023年第20周流感病原学监测结果进行统计分析,并选取不同时间、不同人群来源79株甲型H3N2流感病毒,通过HA基因扩增测序及抗原性分析实验,分析其基因变异和进化特征。结果 2022年第14周至2023年第20周,北京市流感病原学监测流感样病例咽拭子24 244份,检出流感病毒核酸阳性4 987份,其中甲型H3N2流感病毒2 749份,检出阳性率为11.34%。79株毒株中50株(63.29%)为疫苗株的低反应株,2022年8~11月毒株中94.44%为低反应株,2023年2~3月毒株中54.10%为低反应株,两者差异有统计学意义(χ2=8.079,P=0.004)。79株甲型H3N2流感病毒HA基因序列与疫苗株A/Darwin/9/2021相比,核苷酸相似度为97.47%~98.47%,氨基酸相似度为97.05%~98.17%。基因进化分析显示2022年8~11月分离的18株毒株均分布在3C.2a1b.2a.1a.1分支,2023年2~3月分离的61株则均分布在3C.2a1b.2a.2a.3a.1分支。与疫苗株相比存在多位点变异,分布于A、B、C、D、E多个抗原决定簇及受体结合位点处。所有毒株存在8NST、22NGT、38NAT、45NSS、63NCT、126NWT、133NGT、246NST、285NGS、483NET潜在的糖基化位点,1株毒株165NVT位点缺失;2023年2~3月的55株毒株122NES缺失。结论 2022年第14周至2023年第20周北京市监测到的甲型H3N2流感病毒HA基因位点多处发生变异,对该亚型变异的持续监测至关重要。; 赵佳琛刘医萌彭晓旻卢桂兰崔淑娟孙瑛张代涛石伟先; 关键词：基因变异进化分析抗原变异

长沙市2016-2023年A(H1N1)pdm09流感病毒血凝素基因进化特征被引量：3: 2023年; 目的分析2016-2023年度长沙市A(H1N1)pdm09流感病毒的血凝素(hemagglutinin, HA)基因特征,了解HA基因遗传进化趋势和氨基酸突变情况,为新形势下流感疫情的防控、流感疫苗筛选提供科学依据。方法无特定病原(specific pathogen free, SPF)鸡胚分离法获得2016-2023年长沙市的A(H1N1)pdm09流感病毒毒株,使用Illumina公司的MiSeq对其进行二代测序测定。借助DNAStar中MegAlign软件分析HA基因的同源性,构建进化树使用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 11(MEGA11)软件中的Neighbor Joining(NJ)法进行。结果 2016-2023年长沙市的A(H1N1)pdm09流感病毒HA基因同源性为94.8%~99.9%,HA基因同源性逐年降低。2016-2023年度长沙市A(H1N1)pdm09分离株与WHO疫苗推荐株同源性为96.8%~99.0%,流感分离株与疫苗推荐株匹配性相对较好。长沙市的A(H1N1)pdm09流感病毒HA基因进化树显示其在6B分支中进化出多个不同分支,目前已进化到6B.1A.5a.2a分支。HA 4个抗原决定簇氨基酸位点不断发生变异,目前4个抗原决定簇中的15个抗原位点氨基酸发生突变,分离株在2023年新出现的A186T抗原变异位点近期值得关注。受体结合位点在130环相对保守,220环零星发生氨基酸变异,190环氨基酸变异位点是否日趋稳定还需加强监测。以A/California/07/2009(CY121680)为参考株,近年来长沙市大部分A(HlNl)pdm09分离株增加了162 NQTY糖基化位点,减少了276 NTTC糖基化位点,目前这2个位点的糖基化变异日趋稳定。结论长沙市A(H1N1)pdm09病毒HA基因不断进化变异,提示病毒有逃逸免疫反应可能,我们应持续加强流感监测。; 刘晓蕾叶文袁洁裴瑞青黄政徐明忠; 关键词：HA基因进化特征

表达H7N9亚型禽流感病毒血凝素基因的重组新城疫病毒载体疫苗的免疫保护机制研究: 生产实践中，预防H7N9亚型禽流感病毒的措施通常是疫苗免疫。其中，病毒载体疫苗能够诱导全方位的免疫应答，包括体液免疫、细胞免疫与粘膜免疫，而且不需要佐剂。前期研究发现，包括但不限于以新城疫病毒(Newcastle dis...; 黄雅; 关键词：HA蛋白

2017—2020年深圳市盐田区H3N2亚型流感病毒血凝素基因特征分析: 2022年; 目的分析2017—2020年深圳市盐田区H3N2亚型流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因变异情况。方法对盐田区2017—2020年分离的34株流感分离株HA基因进行扩增及序列测定,从GISAID流感数据库下载推荐疫苗株序列信息并利用MEGA X和NetNGlyc 1.0 Server在线分析软件对HA基因进行分析。结果 2017—2020年盐田区H3N2分离株位于3c.2a分支,2017年上半年分离株位于3C.2a2分支,7月份之后位于3C.2a1分支;2018—2020年位于3C.2a1b分支。2019—2020年流感分离株与当年疫苗株的核苷酸一致性与氨基酸同源性均低于其他年份。与同年疫苗株相比,2017—2018年分离株A区存在T135N(2/13)和R142K/G(13/13)变异;2018—2019年分离株A区存在T135K(10/10)和S137F(10/10)变异、B区存在F193S(8/10)和S198P(1/10)变异;2019—2020年分离株A区存在T135K(11/11)和S137F(11/11)变异、B区存在N158S(4/11)、N171K(11/11)和S198P(2/11)变异,E区存在G78S(11/11)变异。盐田区流感分离株受体结合位点前壁存在T131K(34/34),T135N/K(23/34)和S137F(21/34)变异。各年度分离株出现糖基化位点增加或消失现象。结论盐田区H3N2流感病毒HA基因变异呈现多样性,应加强流感病毒监测。; 崔栋肖娜钟冠南杨晓华顾嘉颖洪文腾曾凡竹; 关键词：基因特征血凝素

北京市2021-2022年流行季首起乙型流感疫情的血凝素基因分析被引量：4: 2022年; 目的分析2021—2022年流行季北京市首起乙型流感Victoria系(BV)疫情的病毒血凝素(HA)的基因变异和进化特征以及与流感疫苗株的匹配性。方法采集北京市朝阳区某小学乙型流感疫情流感样病例的咽拭子标本,提取核酸后利用二代测序技术进行测序分析。应用BioEdit分析HA基因的核苷酸和氨基酸变异位点,采用Mega 6.0软件中的NJ模式构建HA基因的遗传进化树并分析。结果通过二代测序获得了2株BV的HA基因全长序列。与本年度的疫苗株HA基因相比较,疫情株有9个氨基酸位点发生变异,其中6个变异位点位于3个不同的抗原决定簇。遗传进化树分析显示疫情株HA基因位于Clade 1A.3a2分支,与2021—2022年度北半球推荐的流感疫苗株(B/Washington/02/2019)不在同一分支。结论本起BV疫情毒株的HA基因在抗原表位发生多处变异,必需加强BV流感的监测与变异规律分析,为BV防控策略的制定提供有力的数据支撑。; 刘医萌潘阳彭晓旻赵佳琛石伟先冯兆民徐晖卢桂兰张代涛杨鹏王全意; 关键词：乙型流感病毒 HA基因基因变异

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