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6株鸽源新城疫病毒广东分离株F、HN基因的克隆及遗传进化分析
2024年
为研究广东省鸽源新城疫病毒(NDV)的遗传进化规律,试验于2021—2022年从广东6家疑似感染NDV的鸽场采集病鸽临床样品,进行RT-PCR诊断、病毒分离鉴定和动物回归试验,并对分离毒株进行生物学毒力测定以及F基因HN基因的同源性和遗传进化分析。结果显示:共分离到6株鸽源NDV,对幼鸽进行分组攻毒14 d后,发病率均为100%,死亡率为60%~80%;6株毒株的F蛋白裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117/112R-R-R-K-R-F117,具有NDV强毒株的典型分子特征,和分离毒株ICPI的测定结果共同表明6株毒株均为强毒株;6株毒株均为NDV的ClassⅡ基因Ⅵ.2.1.1.2.2型;与传统疫苗株La Sota的同源性较低,且F、HN蛋白氨基酸出现多处位点变异。研究表明,广东省鸽源NDV流行以Class Ⅱ基因Ⅵ.2.1.1.2.2型为主,常用的疫苗株La Sota可能对广东地区流行的鸽源NDV保护效果不佳。
云骜张思远成子强林举攀杨家兴
关键词:F基因HN基因遗传进化分析
2020—2022年华中地区犬副流感病毒检测及其F、HN基因系统发育分析
2023年
为探究华中地区犬副流感病毒(CPIV)的流行及遗传进化情况,利用RT-PCR方法对华中地区2020年9月—2022年1月收集的418份病料样品进行了CPIV检测,并利用生物信息学软件对分离的CPIV毒株的F、HN基因进行同源性、氨基酸位点分析及系统发育分析。结果显示:CPIV阳性率为15.8%,扩增获得9株CPIV的F、HN基因的序列,并成功分离培养9株CPIV毒株;同时,将分离株的F、HN基因与19株副流感病毒参考毒株进行序列比对分析,结果表明,F基因核苷酸同源性为95.1%~100%,氨基酸同源性为94.6%~99.8%,HN基因核苷酸同源性为95.9%~99.9%,氨基酸同源性为95.8%~99.6%;CPIV的F及HN基因与参考毒株相比均有部分氨基酸发生了突变;系统发育分析结果显示,本研究获得的8株分离株与美国株CPI-和CPI+处于同一分支上,亲缘关系较近,另一株分离株CS-324与中国株He N0718和韩国株D277位于同一分支上。本研究丰富了华中地区CPIV的流行病学调查资料,并为该病的综合防控提供了理论依据。
惠晓晨戴佩华曹龙龙叶佳雯陈林文汪文渊周登元曹胜波李秋燕
关键词:犬副流感病毒F基因HN基因遗传进化分析
HN基因易位构建重组新城疫疫苗候选株VII-HNF的方法及用途
本发明公开一种HN基因易位构建重组新城疫疫苗候选株VII‑HNF的方法及用途,利用已建立的基因VII型新城疫病毒致弱株AI4的反向遗传操作平台,将AI4基因组全长转录载体pNDV/AI4中的HN基因易位至F基因之前,得到...
胡顺林刘秀梵朱珊珊王晓泉刘晓文陈玉
基于Hn基因调控亚洲小车蝗聚集迁飞行为的应用及蝗虫治理方法
本发明公开了一种基于Hn基因调控亚洲小车蝗聚集迁飞行为的应用及蝗虫治理方法,本发明发现了一种调控亚洲小车蝗发生型变的关键基因Hn,应用Hn基因调控亚洲小车蝗的表型可塑性,利用Hn基因转录调控抑制亚洲小车蝗表型由散居型向群...
高书晶韩海斌郭娜闫峰孙彦楠王玲玲张国英高海燕杨旭兵牛文远
我国人副流感病毒3型HN基因的遗传变异及进化特征分析被引量:2
2022年
目的基于血凝素-神经氨酸酶蛋白(hemagglutinin-neuraminidase,HN)基因分析我国流行人副流感病毒3型(human parainfluenza virus 3,HPIV3)的基因变异规律和进化特征。方法采用多重荧光PCR方法对2007—2020年5个省市(北京、浙江、安徽、河南、湖南)急性呼吸道感染病例的咽拭子标本进行常见病原体核酸筛查,对HPIV3阳性标本进行HN基因序列测定,与GenBank数据库的国外和我国10个省的HPIV3流行代表株HN基因序列进行比对,应用多种生物信息学方法开展分子进化分析。结果本研究期间从5个省市共获得49株HPIV3的HN基因序列,核苷酸同源性在96.6%~100%之间,其中48株为C3基因亚型,1株为C5基因亚型。系统进化分析显示,我国12个省市在2003—2020年间存在C1、C3和C5基因亚型的毒株共流行,毒株间核苷酸和氨基酸同源性分别为95.4%~99.8%和97.9%~100%,其中C3是我国的优势流行基因亚型,分属于C3a、C3b、C3c、C3e和C3f进化分支,以C3f的传播范围和流行时间最为广泛。对C3基因亚型的进化分析显示,其最近共同祖先形成时间(tMRCA)可追溯到1990年,有效群体规模在2002—2010年间逐渐扩张而后趋于平稳;C3各进化分支HPIV3的HN基因进化速率在3.69×10^(-4)~5.82×10^(-4)替换/位点/年之间;C3基因亚型毒株HN蛋白共享N308、N351、N485和N523潜在N-糖基化位点,选择压力以负向选择为主。结论C3基因亚型是我国的本土优势HPIV3流行型别,形成了广泛传播和持续流行态势,并在流行过程中形成多个进化分支共同循环。
江洁赵林清穆敏王文洋徐瑾蔡亮谢正德朱贞张燕周杉杉冯意毛乃颖
关键词:基因特征
携带基因VII型新城疫病毒F和HN基因的重组LaSota疫苗株及其构建方法和应用
本发明属于动物基因工程疫苗领域,具体涉及携带基因VII型新城疫病毒F和HN基因的重组LaSota疫苗株及其构建方法和应用。所述重组LaSota疫苗株是用基因VII型NDV的HN基因和碱性蛋白酶裂解位点附近氨基酸序列突变的...
赵军杨盼盼王白玉乔麒龙黄庆
文献传递
HN基因易位构建重组新城疫疫苗候选株VII-HNF的方法及用途
本发明公开一种HN基因易位构建重组新城疫疫苗候选株VII‑HNF的方法及用途,利用已建立的基因VII型新城疫病毒致弱株AI4的反向遗传操作平台,将AI4基因组全长转录载体pNDV/AI4中的HN基因易位至F基因之前,得到...
胡顺林刘秀梵朱珊珊王晓泉刘晓文陈玉
文献传递
新城疫病毒Anhinga株HN基因的克隆与生物信息学分析
2022年
克隆新城疫病毒中等毒力株Anhinga(Anh)的血凝素-神经氨酸酶(HN)基因,用生物信息学软件分析其编码蛋白结构与功能的差异。根据已知的HN基因序列,通过Primer Premier 5.0设计引物,提取新城疫病毒总RNA,反转录成cDNA,PCR扩增HN基因,并将其连接到T载体上进行测序比对;用DNAman、DNAstar、MEGA7.0及在线分析预测软件对HN基因编码的蛋白进行生物信息学分析。结果显示,HN基因全长为1716 bp,与预期基因序列同源性达99.77%。其基本理化性质为亲水性跨膜蛋白,无信号肽序列,二级结构主要以无规则卷曲为主,属于神经氨酸酶CL21531超家族,三级结构与二级结构预测结果基本吻合,该蛋白存在多个潜在的B细胞表位。论文成功克隆并分析了HN基因所编码蛋白的主要特性及可能存在的抗原位点,为深入探究HN蛋白在NDV感染、增殖及抗肿瘤方面的作用奠定了基础。
何金娇毛雪飞毛雪飞李瑞李鹏李鹏刘洋洋刘洋洋吴云舟
关键词:新城疫病毒生物信息学理化性质
基于Hn基因调控亚洲小车蝗聚集迁飞行为的应用及蝗虫治理方法
本发明公开了一种基于Hn基因调控亚洲小车蝗聚集迁飞行为的应用及蝗虫治理方法,本发明发现了一种调控亚洲小车蝗发生型变的关键基因Hn,应用Hn基因调控亚洲小车蝗的表型可塑性,利用Hn基因转录调控抑制亚洲小车蝗表型由散居型向群...
高书晶韩海斌郭娜闫峰孙彦楠王玲玲张国英高海燕杨旭兵牛文远
文献传递
日本医蛭 hirudin-like factor-HN 基因克隆及表达模式研究被引量:1
2021年
目的:克隆日本医蛭(Hirudo nipponica)hirudin-like factor-HN(HLF-HN)基因并分析该基因时空表达模式。方法:收集未摄食血餐时期水蛭的唾液腺、肠、皮肤和不同摄食时期的唾液腺组织。根据HLF-HN的cDNA序列设计特异引物,克隆HLF-HN基因的DNA序列,荧光定量分析HLF-HN基因在不同组织和不同摄取时期的表达模式。结果:成功克隆得到HLF-HN基因的DNA序列,长度为662 bp,包含4个外显子和3个内含子,该基因在水蛭摄食后的表达量呈现先上升后下降的趋势。结论:HLF-HN基因结构相对保守,摄食血餐后该基因表达量显著升高,可为下一次摄食血餐储备抗凝蛋白。
范发红康雄虓谢新程搏幸刘飞
关键词:基因结构

相关作者

金宁一
作品数:1,119被引量:2,086H指数:17
供职机构:延边大学农学院
研究主题:重组鸡痘病毒 口蹄疫病毒 HIV-1 新城疫病毒 核酸疫苗
丁壮
作品数:467被引量:895H指数:15
供职机构:吉林大学
研究主题:新城疫病毒 NA-1 新城疫 鹅源副粘病毒 鹅副粘病毒
秦卓明
作品数:256被引量:924H指数:14
供职机构:山东省农业科学院
研究主题:新城疫病毒 新城疫 F基因 HN基因 SPF鸡
徐怀英
作品数:166被引量:529H指数:11
供职机构:山东省农业科学院
研究主题:新城疫 新城疫病毒 HN基因 F基因 HA基因
王兴龙
作品数:207被引量:790H指数:16
供职机构:吉林大学
研究主题:新城疫病毒 布鲁氏菌 口蹄疫病毒 原核表达 克隆