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猕猴桃溃疡病病原菌MLVA分型引物的筛选及验证: 2024年; 【目的】筛选出一组可精准快速地对丁香假单胞菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae,Psa)进行分型的引物组合。【方法】针对前期文献已报道的34对引物,采用PCR技术验证该34对引物对中国Psa菌株的扩增效率及准确性;利用模拟PCR获取菌株串联重复(TR)数;以辛普森指数(Simpson’s index,SI)作为筛选引物组合的标准,基于R软件平台,筛选最优引物组合。【结果】34对引物对中国Psa扩增效果均良好,其中TR14与TR11II、TR19与Psa-01引物序列相同;TR8与Psa-08、TR39II与Psa-10、GM-1834与TR10I、GM-1553与TR64II、TR19Psa-01与TR19II扩增同一TR;Psa-09扩增产物串联重复单元长度不唯一,TR2II扩增产物侧翼变异较大,不能通过电泳确定串联重复数;最终确定SI值与全部引物组合相同的最低引物数量为9对,使用该9对引物的组合可将Psa已知的5种生物型准确分开。【结论】TR23/Psa-04、Psa-03、Psa-05、Psa-06、TR10IGM-1834、TR30I、TR1II、Psa-10TR39II、TR64IIGM-1553等9对引物可代表当前文献报道的34对引物,进行Psa分型研究,探索猕猴桃溃疡病的传播和流行规律,为病害防控策略的制定提供科学依据。; 姚令王海黄露安星宇陈文王莉爽薛原吴石平; 关键词：群体遗传结构引物

云南省人间布鲁氏菌分离株的鉴定及MLVA基因分型研究: 杨秋菊

青藏高原喜马拉雅旱獭分离布鲁氏菌的MLVA分型与溯源分析: 2023年; 目的观察青海省青藏高原喜马拉雅旱獭分离的布鲁氏菌的多位点可变数目串联重复序列分析(multiple locus variable-number tandem repeat analysis,MLVA)分型,探讨其与既往青海省布鲁氏菌分离菌株间的亲缘关系。方法2019年3月至2020年10月,采集青海省青藏高原喜马拉雅旱獭全血样本,对虎红平板凝集试验(rose bengal test,RBT)布鲁氏菌抗体阳性样本进行病原体分离培养,采用传统生物学方法和分子生物学方法(BCSP31-PCR和AMOS-PCR方法)进行菌株鉴定。同时,应用MLVA方法对分离菌株进行基因分型,并结合既往青海省不同宿主分离的70株布鲁氏菌的基因型,应用聚类分析方法探讨菌株间的亲缘关系。结果共采集青藏高原喜马拉雅旱獭全血样本1466份,从其中64份RBT阳性样本中分离培养出2株布鲁氏菌,分别命名为QH2013054、QH2013062,经传统生物学和分子生物学方法鉴定为羊种布鲁氏菌生物Ⅲ型。MLVA分型结果显示,QH2013054与QH2013062菌株在Bru16位点有差异,为不同的MLVA基因型。聚类分析结果显示,QH2013054菌株与7株菌株具有相同的MLVA基因型,其中6株来自共和县同一个家庭的3名农民和3只羊,1株来自门源回族自治县农民;QH2013062菌株与4株菌株具有相同的MLVA基因型,其中3株来自门源回族自治县的3名农民,1株来自互助土族自治县农民。结论从青海省青藏高原喜马拉雅旱獭中分离的布鲁氏菌与在本省人、羊中分离的部分布鲁氏菌具有相同的MLVA基因型,推测宿主人、羊、青藏高原喜马拉雅旱獭可能具有共同的传染源。; 马丽张雪飞薛红梅张爱萍任玲玲祁腾赵元博王建玲杨旭欣李积权; 关键词：青藏高原喜马拉雅旱獭

基于改良MLVA、MLST和rpoB分型技术的贵州省布鲁氏菌分子流行病学特征研究: 目的:布鲁氏菌病(Brucellosis)(简称布病)是由布鲁氏菌属(Brucella)细菌导致的一类人兽共患传染病,该病已被证实是一个全球性的公共卫生问题。近年来,布病在贵州省呈现散发和聚集性流行,本研究旨在通过应用改...; 谭勤琴; 关键词：布鲁氏菌 MLVA MLST RPOB

Genotyping and traceability analysis of Brucella isolated from Himalayan marmot in Qinghai-Tibet Plateau by MLVA: 2023年; Objective To observe multiple locus variablenumber tandem repeat analysis (MLVA) typing of Brucella isolated from Himalayan marmot in QinghaiTibet Plateau of Qinghai Province,and to explore the relationship between the strains and strains previous isolated from Qinghai Province.; 马丽; 关键词：HIMALAYAN

2020年陕西省布鲁氏菌MLVA分型研究及流行病学分析被引量：7: 2022年; 目的了解陕西省布鲁氏菌病发病情况及分离菌株或核酸的基因型,掌握其流行病学及分子遗传特征,为陕西省人间布鲁氏菌病的精准防控提供科学依据。方法登录中国疾病预防控制信息系统收集2020年陕西省人间布鲁氏菌病的发病数据,分析流行特征;应用细菌学及PCR方法对分离菌株或核酸进行鉴定,进一步采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法进行分子分型,利用BioNumerics(Version 7.6)软件对MLVA结果进行分析。结果2020年陕西省共报告人间布病1086例,发病率为2.80/10万,涉及86个县(区),流行高峰在3-9月(865例),男女性别比为2.68∶1.00(791∶295),30~69岁年龄段占79.74%(866例),农民占83.43%(906例)。36株分离菌株生物型鉴定结果显示,4株是羊种变异型,3株是羊种1型,29株是羊种3型。36株分离菌株及7份核酸经BCSP31-PCR均鉴定为布鲁氏菌属,经AMOS-PCR均鉴定为羊种布鲁氏菌。经MLVA-16分型,panel1结果显示有2种基因型:42型(1-5-3-13-2-2-3-2)、63型(1-5-3-13-2-3-3-2),panel2A结果显示均为4-41-8,panel2B结果显示具有高度的多变性;36株分离菌株及7份核酸分为33种基因型,其中27种基因型为单分离株,6种基因型为共享型。结论陕西省人间布鲁氏菌病防控形势严峻。MLVA-16是一种成熟的基因分型方法,确定了陕西省布鲁氏菌分离株或核酸存在多种基因型,可为人间布鲁氏菌病精准防控、暴发疫情分析及流行病学溯源提供科学依据。; 聂守民罗波艳孙养信范锁平常文辉孙杰安翠红; 关键词：流行病学分析

一种鼠伤寒沙门菌MLVA分型的检测引物组、试剂盒及其应用: 本发明公开了一种鼠伤寒沙门菌MLVA分型的检测引物组、试剂盒及应用。本发明针对鼠伤寒沙门菌4个具有较好分辨能力的VNTR位点设计特异性引物，建立多重PCR扩增检测方法，对各位点PCR扩增产物片段进行测序，采用本地Blas...; 杨小鹃吴清平张菊梅曾海燕余树波王涓薛亮吴浩明张淑红

陕西省鼠疫耶尔森菌MLVA分型研究: 2021年; 目的掌握陕西省鼠疫耶尔森菌分离株的MLVA基因分型特征,阐明不同疫情年份菌株间的遗传进化关系,为今后陕西省鼠疫的监测防治工作提供科学依据。方法采用MLVA(14+12)方法,对分离自陕西省鼠疫疫源地的66株鼠疫耶尔森菌进行基因分型,利用BioNumerics(Version7.6)软件对分型结果进行聚类分析。结果66株鼠疫耶尔森菌分为A、B、C群,根据分离时间聚集成为相应群,A群包含42株菌,其中39株菌分离自2000-2001年,B群包含16株菌,其中15株分离自2006年,C群含8株菌,其中6株分离自1987-1988年。基因型分为19种,8个基因型为多菌株基因型,其他型为单菌株基因型。结论陕西省鼠疫菌MLVA基因型具有多态性,不同疫情年份菌株主导的基因型不同,MLVA分型能够很好区分陕西省不同年代鼠疫菌株,可用于鼠疫菌株的溯源分析。; 聂守民罗波艳孙养信范锁平常文辉王宇萌孙杰安翠红; 关键词：鼠疫耶尔森菌 MLVA

吉林省鼠伤寒沙门菌MLVA分型流行特征分析: 2021年; 目的探讨吉林省鼠伤寒沙门菌多位点可变数目串联重复序列(MLVA)分型的流行特征,为食源性腹泻感染的预防控制提供依据。方法根据国际Pulse Net公布的鼠伤寒沙门菌MLVA分型方法对吉林省2014-2016年间食源性感染腹泻病例分离的71株鼠伤寒沙门菌进行流行特征分析。结果71株菌中46株分离自男性,25株分离自女性;以0-8岁儿童居多(59.2%);夏季为流行高峰期。聚类分析显示,71株菌被分为5大基因群(A-E群)37个基因型,B基因群(78.9%)为吉林省近年主要的流行菌群。吉林省6个地区(长春、吉林、延边、白城、辽源、通化)主要流行B群,通化市亦流行E群,辽源市亦流行A群,通化市、吉林市、辽源市的基因型分布稍多于其他地区。结论吉林省流行的鼠伤寒沙门菌存在着显著的遗传多态性,且同一克隆菌株在相同地区内流行,亦在不同地区间交叉流行。; 王岙赵薇李可维郭丰石奔杨修军孙景昱; 关键词：鼠伤寒沙门菌 MLVA 基因分型

甘肃省鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列基因分型及地区分布被引量：4: 2021年; 目的采用多位点可变数目串联重复序列(MLVA)对甘肃省鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)进行基因分型,探讨甘肃省鼠疫菌地区分布特征。方法选取1962-2014年间甘肃省各市县(区)不同生态型的鼠疫菌198株,培养并提取基因组DNA。采用14+12对引物进行PCR扩增,产物进行测序,确定每对引物串联重复序列(VNTR)位点的拷贝数。应用BioNumerics 5.10软件对菌株的VNTR位点拷贝数进行聚类分析。结果甘肃省鼠疫菌分为10个群,群内的菌株依据分离地点继续细化为5-28个分支。10个群分别为:阿拉善黄鼠疫源地菌株聚为1个群;甘南高原疫源地菌株聚成1个群;阿克塞县菌株分成2个群,为当金山群和加尔乌宗村群;肃北县菌株分为3个群,为马场群、党城湾镇群和鱼儿红群;玉门市菌株聚集在肃北县鱼儿红群内;肃南县菌株分为3个群,为大河乡群、马蹄乡群和康乐乡群。结论MLVA可以清晰地区分甘肃省不同鼠疫疫源地的菌株,将疫源地内菌株继续细分为不同分支,直至精确的分离地点。MLVA分型方法可用于鼠疫菌株的溯源分析。; 郭丽民席进孝葛亚俊王宇萌苗克军吴斌徐大琴; 关键词：鼠疫耶尔森菌 MLVA

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