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中央财政支持地方高校发展专项资金(CXTD04)

作品数：6 被引量：20H指数：3
相关作者：申欣孟学平阎斌伦程汉良田美更多>>
相关机构：淮海工学院南京农业大学中国科学院北京生命科学研究院更多>>
发文基金：中央财政支持地方高校发展专项资金江苏省“青蓝工程”基金国家自然科学基金更多>>
相关领域：生物学天文地球农业科学更多>>

文献类型

  • 6篇中文期刊文章

领域

  • 5篇生物学
  • 2篇天文地球
  • 1篇农业科学

主题

  • 5篇基因
  • 4篇线粒体基因
  • 4篇线粒体基因组
  • 4篇基因组
  • 1篇蛋白质编码
  • 1篇蛋白质编码基...
  • 1篇易位
  • 1篇鱼类
  • 1篇鱼类线粒体
  • 1篇双壳
  • 1篇双壳类
  • 1篇头足纲
  • 1篇鳗鲡
  • 1篇鳗鲡目
  • 1篇西施舌
  • 1篇系统发育
  • 1篇系统演化关系
  • 1篇线粒体基因组...
  • 1篇进化
  • 1篇壳类

机构

  • 6篇淮海工学院
  • 3篇南京农业大学
  • 2篇中国科学院北...
  • 1篇山东省花生研...
  • 1篇中国科学院

作者

  • 6篇申欣
  • 5篇程汉良
  • 5篇阎斌伦
  • 5篇孟学平
  • 4篇田美
  • 3篇赵娜娜
  • 2篇董志国
  • 2篇郑立波
  • 1篇刘兆普
  • 1篇陈建安
  • 1篇徐启华
  • 1篇曾云
  • 1篇李晓

传媒

  • 3篇海洋学报
  • 2篇水产科学
  • 1篇生态学报

年份

  • 2篇2014
  • 3篇2013
  • 1篇2012
共 6 条 记 录，以下是 1-6
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排序方式：
头足纲线粒体基因组结构分析被引量：3
2013年
用生物信息学方法,利用GenBank线粒体基因组全序列信息,对头足纲15个物种基因组结构进行了分析,结果显示头足纲线粒体基因组长度为15 617～20 306bp,基因组编码链的A+T含量为59.58%～78.12%,表现出不同程度的AT偏好性;15个物种的线粒体基因组PCGs相对保守,有2个共同的基因块,可作为头足类的线粒体基因组标志;萤乌贼、鸢乌贼、茎柔鱼、太平洋褶柔鱼、大王乌贼PCGs cox1、cox2、cox3、atp6、atp8为双拷贝,且重复基因的变异很小,这是头足纲物种不同于其他物种的显著特征;多数PCGs以ATG为起始密码,以TAA为终止密码,在cox2、cob、nad2-nad6中存在不完全终止密码;在13个PCGs中,nad2和nad4L的差异最大,atp8和cox1最保守;15个种类的遗传距离为0.033～0.561,大脐鹦鹉贝与其他种类的遗传距离最大(0.529～0.561);基于线粒体基因组编码蛋白质氨基酸序列的系统发育分析结果与形态学分类结果一致。
赵娜娜孟学平申欣程汉良阎斌伦郑立波朱笑琳刘兆普
关键词：头足纲线粒体基因组基因特征
基于ITS2和16S rRNA的西施舌群体遗传差异分析被引量：2
2013年
目前,我国西施舌群体分子遗传差异研究结果存在争议。分析我国南北沿海(9个群体)、与广西北海毗邻的越南(1个群体)西施舌核DNA的内转录间隔区2(ITS2)和线粒体DNA的16S rRNA基因(16S)片段核苷酸序列及其二级结构,为解决争议问题提供分子生物学资料。扩增获得西施舌ITS2片段和16S序列,其长度分别为389—402 bp和306 bp,加之下载序列共147条;序列分析显示,74个ITS2序列共有17种基因型,73个16S序列有15种单倍型,其中,长乐(CL)群体独享9种ITS2基因型和5种16S单倍型,非长乐群体(nCL)多数为群体间交叉共享1种或几种基因(单倍)型;基因(单倍)型核苷酸变异位点占5.7%(ITS2)和11.8%(16S);基于ITS2和16S的CL群体和nCL群体间的遗传距离与群体内遗传距离之比分别为2.42和11.08,nCL群体间的平均遗传距离均为0.007;二级结构显示CL群体ITS2的9种基因型和16S的5种单倍型均区别于nCL群体,nCL的ITS2和16S二级结构分别相似;ITS2和16S基因的系统发育分析显示,CL西施舌形成支持率很高(98,96)的单系支,而nCL群体则交叉聚为另一支(98,96)。研究结果揭示,福建西施舌是腔蛤蜊属(Coelomactra)的一个新种。
孟学平申欣赵娜娜田美曾云陈建安董志国程汉良阎斌伦
关键词：西施舌ITS1RRNA
日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组全序列的分析比较被引量：7
2012年
首先通过基因组DNA的提取、通用引物PCR扩增和长PCR扩增,从而获得日本鼓虾(Alpheus japonicus)的线粒体DNA;应用鸟枪法和引物步移法测序,获得了日本鼓虾的线粒体基因组全序列。结合GenBank线粒体基因组数据库中鲜明鼓虾(A.distinguendus)的线粒体基因组,比较分析了鼓虾线粒体基因组的基本特征、基因排列、蛋白质编码基因、选择压力和差异位点等。研究结果表明,在日本鼓虾线粒体基因组中共存在9对基因的重叠。日本鼓虾线粒体基因组全长16 487bp,较鲜明鼓虾线粒体基因组(15 700bp)长,主要是由于最大非编码区的长度存在差异。日本鼓虾与鲜明鼓虾线粒体基因组均编码37个基因,且37个基因的基因排列完全一致;与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,仅出现1个转运RNA基因(trnE)的易位和倒位。2个鼓虾线粒体基因组蛋白质编码基因的起始密码子和终止密码子存在差异。除了cob基因外,其余12个蛋白质编码基因所编码氨基酸的数目均完全相同。鼓虾线粒体基因组13个线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1,显示出较强的负选择。在15个主编码基因中,nad5基因的变异位点数最多,其次是nad4基因和lrRNA基因。因此,nad5,nad4和lrRNA基因可以作为备选的分子标记,用于分析鼓虾不同物种和群体之间的生物多样性。
申欣李晓徐启华
关键词：线粒体基因组基因排列分子标记
鳍足类线粒体基因的选择压力比较及进化关系探讨被引量：1
2014年
鳍足类Pinnipeds是海洋哺乳动物的重要类群,现存种类包括海象科Odobenidae、海狮科Otariidae和海豹科Phocidae的所有物种。在海豹属Phoca中,atp8基因的Ka/Ks最高,仅为0.084 7(远小于1),因而海豹属所有线粒体蛋白质编码基因的选择压力均非常高。对于群海豹属Pusa,cox1、cox2和nad3基因的Ka/Ks均为0,表明在这3个基因中,所有的核苷酸的替换均为同义替换,没有出现氨基酸的改变。科内、属内基因变异位点的分析表明,nad5、nad4和nad2基因可以作为cox1和cob基因辅助的分子标记。线粒体基因组的系统发育结果,强烈支持食肉目所有12个科均为单系群,并且鳍足类(海狮科、海象科和海豹科)为食肉目Carnivora内部的一个单系群(BPM=100,BPP=100)。在鳍足类内部,海狮科与海象科亲缘关系最近,聚类为海狮总科Otarioidea,然后与海豹科聚类:(海狮科+海象科)+海豹科。在海豹科内部,线粒体基因组的证据支持将海豹科划分为2个亚科,即僧海豹亚科Monachinae和海豹亚科Phocinae。线粒体基因组的证据,强烈支持鼬科Mustelidae与浣熊科Procyonidae关系最近,臭鼬科Mephitidae与熊猫科Ailuridae近缘,同时,鳍足类与[(鼬科+浣熊科)+(臭鼬科+熊猫科)]为姊妹群,而与熊科Ursidae较远。犬科Canidae在犬型亚目Caniformia中分化较早,位于犬型亚目的基部。
申欣田美孟学平程汉良阎斌伦
关键词：系统发育线粒体基因组
鳗鲡目鱼类线粒体蛋白质编码基因易位及系统演化关系分析被引量：2
2014年
鳗鲡目鱼类线粒体基因组的基因组成较为保守,在58个线粒体基因组中,仅有3个物种存在基因数量的差异。在19个鳗鲡目鱼类线粒体基因组中存在主编码基因的重排。主编码基因的变异位点分析结果支持nad5、nad4和nad2基因作为cox1和lrRNA基因辅助的分子标记。鳗鲡科Anguillidae的20个种(亚种)聚在一起,强烈支持鳗鲡科为单系群(BPP=100)。鳗鲡科下属的3个类群(大洋洲类群、大西洋类群和印度洋-太平洋类群)也同时得到有力的验证(BPP均为100)。线鳗科Nemichthyidae和锯齿鳗科Serrivomeridae亲缘关系最近,二者聚类后,与鳗鲡科Anguillidae构成姊妹群(BPP=100)。在囊喉鱼亚目Saccopharyngoidei中,宽咽鱼科Eurypharyngidae与囊鳃鳗科Saccopharyngidae聚类(BPP=100),同时,单颌鳗科Monognathidae与月尾鳗科Cyematidae聚类(BPP=100),4个科聚在一支,支持囊喉鱼亚目为单系群(BPP=100)。在囊喉鱼亚目线粒体基因组中,3个物种(吞鳗Eurypharynx pelecanoides、拉文囊鳃鳗Saccopharynx lavenbergi和杰氏单颌鳗Monognathus jesperseni)存在主编码基因的重排。16种鳗鲡(细美体鳗Ariosoma shiroanago、短吻颈鳗Derichthys serpentinus、凯氏短尾康吉鳗Coloconger cadenati、鸭颈鳗Nessorhamphus ingolfianus、龟草鳗Thalassenchelys sp.、粗犁齿海鳗Cynoponticus ferox、百吉海鳗Muraenesox bagio、巨斑花蛇鳗Myrichthys maculosus、大吻沙蛇鳗Ophisurus macrorhynchos、几内亚副康吉鳗Paraconger notialis、哈氏异康吉鳗Heteroconger hassi、小头鸭嘴鳗Nettastoma parviceps、弱头鳗Leptocephalus sp.、斑点长犁齿鳗Hoplunnis punctata、尖吻小鸭嘴鳗Facciolella oxyrhyncha和星康吉鳗Conger myriaster),与鳗鲡目线粒体主编码基因的原始排列相比,共享nad6基因的易位。同时,基于线粒体基因组13个蛋白质编码基因构建的系统演化树,强烈支持这16个物种聚为一支(BPP=100)。然而,由此而带来的海鳗科Muraenesocidae、拟鯙科Chlopsidae和糯�
申欣田美孟学平程汉良阎斌伦
关键词：鳗鲡蛋白质编码基因基因易位系统演化关系
双壳类线粒体基因组结构分析被引量：5
2013年
自GenBank检索到双壳类线粒体基因组，对其进行基因结构比较分析，以揭示线粒体基因组的演化规律，为线粒体基因组在物种演化和鉴定上的应用研究提供资料。结果共获得45个物种线粒体基因组序列，分布于双壳类5个目中。多数种类线粒体基因组大小为15～32 kb。平均 A＋ T ＝62．9％。多数种类基因分布在重链上，而蚌目的基因分布在2条链上；少数种类（蚌目13个、帘蛤目的2个、贻贝目的1个、海螂目的1个，巨蛎属的贝类）的线粒体基因组含有13种蛋白质基因，其余种类为12种，缺少atp8；文蛤属4个种类、巨蛎属中4个种类、蚌目的11个种类、贻贝属中的紫贻贝和地中海贻贝的PCGs、rRNA基因排序在同属内或科内相同；珍珠贝目牡蛎科的10个种类线粒体基因组可分为7种类型；扇贝科海湾扇贝2个线粒体基因组基因结构相似外，其余种类无共享基因块；贻贝科的紫贻贝和海湾贻贝基因结构极相似。绿贻贝的结构独特，co x 2为双拷贝；海螂目的北方钻岩蛤基因结构与其它目的相似性极低。多数双壳类线粒体基因组非编码区占7．64％～40．26％，主非编码区大小为374～4341 nt。基于12种PCGs核苷酸/氨基酸的属内种间最小分歧度分别为0．2～1．0/0～1．0（文蛤属）、0．4～2．0/0～3．2（贻贝属）和1．9～13．9/0～6．4（巨蛎属）。
孟学平申欣赵娜娜田美郑立波程汉良阎斌伦董志国
关键词：双壳类线粒体基因组基因组结构
全选 清除 导出
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