国家自然科学基金(21103021)
- 作品数：31 被引量：61H指数：6
- 相关作者：蔡开聪陈峰杜芬芬刘亚男刘佳更多>>
- 相关机构：福建师范大学宁德师范学院厦门大学更多>>
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- 相关领域：理学文化科学生物学化学工程更多>>
- 调控红外液体样品池厚度的结构装置
- 2020年
- 设计一种用于调控红外液体样品池厚度的结构装置,借助微米级的螺旋测微螺杆调节红外窗片间距,实现液体样品厚度即红外光程在0~1000μm范围内以0.5μm的精度连续可调。此装置扩展了标准工作曲线的应用范围,同时有助于探究溶液中可能发生的聚集发光或猝灭现象。
- 钟红梅侯彦君陈峰蔡开聪
- 关键词：红外光谱
- 淀粉样蛋白片段结构动力学与酰胺-Ⅰ带振动光谱示踪
- 2018年
- 借助分子对接方法,获取了β淀粉样蛋白(Amyloidβprotein,Aβ)的核心片段Aβ25-35与乙酰胆碱受体相互作用的最优结合构象,并在此基础上开展结合后的复合物的分子动力学模拟,探索其结构动力学特征。将构建的氨基酸多肽通用型振动频率图应用于复合物的全原子运动轨迹,预测与受体结合后的Aβ多肽骨架酰胺-Ⅰ带光谱。其特征吸收峰表明该多肽片段与受体结合后主要呈现无规则卷曲构象,与分子对接和分子动力学轨迹聚类分析所呈现的特征构象一致。借助分子模拟与光谱建模相结合的方法能够帮助我们快速解析实验光谱中所蕴含的多肽构象信息,在分子水平上更好地认识蛋白质的空间结构动力学特征。
- 侯彦君郑轩蔡开聪
- 关键词：乙酰胆碱受体结构动力学
- 丙氨酸二肽分子二级结构与振动光谱特性被引量：2
- 2012年
- 利用从头算方法探索蛋白质模型分子——丙氨酸二肽的二级结构布居特性以及体系势能变化.引入对分子结构敏感的振动探针(酰胺振动吸收带),借助其光谱表象,寻求振动光谱参数与分子结构之间的联系.研究结果表明:丙氨酸二肽分子处于C7eq构型(Φ/Ψ=-80°/80°)时具有最低能量值,且分子易形成β折叠、PPII、C5及C7等能量较低的稳定构型.通过简正模式分析,得到分子3N-6个振动模式的吸收光谱,并通过势能分布分析方法对分子骨架上酰胺振动吸收带的特征振动模式进行了指认.重点考察分子骨架上酰胺-I带振动光谱参数与分子构型变化之间的相关性,建立振动光谱参数与蛋白质二级结构之间的联系,为在化学键水平上研究蛋白质的结构及其发挥作用的机制提供科学依据.
- 蔡开聪留珊红刘的文林深
- 关键词：从头算振动光谱
- 炔丙基修饰的甘氨酸二肽的振动光谱研究
- 2016年
- 选取了炔丙基作为多肽二级结构探针,模拟炔丙基修饰的甘氨酸二肽在水溶液中的结构动力学特性,构建炔丙基甘氨酸二肽中炔丙基的振动频率图,实现对其振动光谱的快速预测,进一步建立了炔丙基的振动光谱与多肽二级结构之间的相关性。
- 郑荣珍蔡开聪
- 关键词：炔丙基振动光谱多肽
- 连续进样一体式免拆卸的红外液体样品池
- 2016年
- 设计了一种固定光程的可自动连续进样的一体式免拆卸红外液体样品池,可用于液体样品的红外光谱测定,尤其适用于易挥发、接触角小等以传统液膜法难以制样的液体样品,并采用微型蠕动泵对样品进行连续进样从而实现红外光谱的实时检测。
- 郑荣珍蔡开聪
- 关键词：红外光谱
- β淀粉样蛋白结合乙酰胆碱受体的结构动力学及抑制剂的虚拟筛选探究
- 2021年
- 本文开展分子对接和分子动力学模拟,探究β淀粉样蛋白多肽和α7-nAChR(α7-烟碱乙酰胆碱受体)形成的复合物的结构动力学特征,并揭示了配体和受体之间存在的分子间相互作用.研究结果表明,Aβ_(25-35)通过氢键和形状互补与α7-nAChR结合,并且在离子通道中容易发生自聚集,从而阻断离子通道并诱导神经元凋亡.计算得到Aβ_(25-35)的酰胺-I带位于1650.5 cm^(-1),表明Aβ_(25-35)骨架构象倾向于呈现无规则卷曲,这与聚类分析得到的结果一致.本文同时将目前现有的药物作为虚拟筛选的模板,设计了8种新药用于抑制β淀粉样蛋白多肽与α7-nAChR结合.半柔性对接结果表明,新药与α7-nAChR之间存在强相互作用,能有效抑制离子通道中Aβ_(25-35)片段的聚集,具有缓解乃至治疗阿尔茨海默病的巨大潜力.
- 侯彦君郑轩钟红梅陈峰颜桂炀蔡开聪
- 关键词：Β淀粉样蛋白乙酰胆碱受体分子对接
- 氮乙酰葡萄糖胺分子结构及振动光谱相关性研究被引量：1
- 2019年
- 探究氮乙酰葡萄糖胺(N-acetyl-D-glucosamine,NAG)分子的稳定结构及其红外振动光谱之间的相关性,致力于解析出蕴含在光谱信息中的分子构象特征.研究表明,当NAG分子中乙酰胺基发生构象异构使得羰基与相邻羟基处于同一平面时,两者会产生强烈的氢键作用,形成一个螯合环,从而降低NAG分子体系的能量,并使相关羟基的红外吸收发生红移.研究结果为解析氮乙酰葡萄糖胺及其衍生物的结构与生物活性提供必要的理论基础.
- 杜娟侯彦君曾清吴玉兰刘佳蔡开聪
- 关键词：红外光谱构象氢键
- 溶液中石墨烯量子点上Aβ37-42酰胺-A带的振动光谱研究
- 2020年
- 开展分子动力学模拟,探究β-淀粉样蛋白片段Aβ37-42与石墨烯量子点(GQD)在溶液中的动态结构特征,并对其聚类分析得到的最可几构象开展振动光谱计算。对Aβ37-42骨架上的酰胺-A带的振动光谱进行指认,构建光谱参数和二级结构的相关性,为GQD对Aβ折叠机制的影响提供理论依据。
- 范建平钟红梅陈峰蔡开聪
- 关键词：Β-淀粉样蛋白振动光谱
- 4-羟基苯甲酰肼的红外光谱研究被引量：1
- 2013年
- 基于密度泛函理论(Density functional theory,DFT)B3LYP/6-311+G(d,p)及二级微扰理论(Second-order Mller-Plesset,MP2)MP2/6-311+G(d,p)对4-羟基苯甲酰肼分子进行了构型优化,得到了该分子的稳定几何构型,在此基础上对其频率进行了计算和指认,与4-羟基苯甲酰肼的实验谱图比较分析发现,真空分子的羟基、胺基及CH的特征振动频率与实验值相差较大。因此在单晶数据的基础上,增加一个氨气分子,模拟相邻分子对该分子的影响,MP2的计算结果表明,羟基的振动频率与实验值吻合很好,说明相邻分子之间的相互作用不能忽略以及MP2理论在解释该类分子的振动光谱方面具有较高的可靠性。
- 李会学王晓峰潘素娟唐惠安刘新文左国防武宇涛
- 关键词：红外光谱
- 丙氨酸二肽的酰胺-Ⅰ带振动频率图
- 2016年
- 基于分子力学力场构建了丙氨酸二肽(ALAD)在重水溶剂中的酰胺-Ⅰ带振动频率图,将溶剂作用以静电势场的形式投影至ALAD分子骨架中,并且引入骨架二面角对酰胺-Ⅰ带的影响,实现处于不同构象态的ALAD中酰胺-Ⅰ带光谱的快速准确预测。
- 郑轩蔡开聪
