国际科技合作与交流专项项目(2006DFB33750)
- 作品数：10 被引量：7H指数：2
- 相关作者：高剑峰陈芳李峰马润林白大章更多>>
- 相关机构：石河子大学中国科学院遗传与发育生物学研究所新西兰梅西大学更多>>
- 发文基金：国际科技合作与交流专项项目国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 绵羊MHC Class Ⅰ区段429P24 BAC克隆的基因筛选与序列分析被引量：1
- 2010年
- 为了建立细菌人工染色体(BAC)筛选绵羊cDNA文库的方法,并期望分离到与绵羊疾病有关的基因,试验以429P24 BAC克隆为探针,采用噬菌斑杂交筛选法筛选绵羊cDNA文库,对分离出的cDNA阳性克隆进行测序和计算机序列比较。结果表明:以429P24 BAC克隆为探针筛选出7个阳性克隆,经初步分析可能是与绵羊的免疫和疾病有关的基因。说明以429P24 BAC克隆为探针筛cDNA文库是一种有效的表达序列分离法。
- 李刚杨晓亮谢晓燕李峰陈芳高剑峰
- 关键词：MHCCDNA文库DNA探针
- 绵羊基因组MHCClassⅢ区段部分基因的分离与鉴定
- 2012年
- 绵羊基因组MHC段分为ClassⅠ、ClassⅢ和ClassⅡ(含Ⅱa和Ⅱb两个亚区)3个区段,与另外2个区段相比,ClassⅢ区的基因信息远少于ClassⅠ和ClassⅡ区.为丰富绵羊基因组MHC ClassⅢ区段基因信息.本研究用位于中国美利奴羊基因组BAC文库中MHC ClassⅢ区段4个BAC克隆的酶切片段制备32P标记探针,继而采用噬菌斑原位杂交筛选法筛选中国美利奴羊混合组织cDNA文库,并对分离到的cDNA阳性克隆进行全序列测定及生物信息学分析.本实验共筛选出31个cDNA阳性克隆,对其序列进行了测定及分析,确定了序列在ClassⅢ区段上的位置,并通过在NCBI中的同源检索对其功能做了初步鉴定.由实验可知,利用BAC文库与cDNA文库杂交筛选法对较大区段基因的筛选和分离是有效的.同时,对分离到的表达序列结合生物信息学进行分析,这将有助于对该序列功能的深入研究.
- 杨小亮高剑峰白大章邱巍董慧芹李大全陈芳马润林Hugh T Blair
- 关键词：CDNA文库
- 中国美利奴绵羊MHC ClassⅡb区349I12 BAC克隆插入片段基因组成与结构分析被引量：1
- 2011年
- 利用已测序的中国美利奴绵羊细菌人工染色体(BAC)文库MHC区段阳性克隆插入片段制备探针,筛选中国美利奴绵羊(新疆军垦型)混合组织cDNA文库,以期获得该MHC片段的基因组成与结构信息。用中国美利奴绵羊MHC ClassⅡb区域内的349I12 BAC克隆,BsaJⅠ酶切后制备α-32P放射性探针,以噬菌斑原位杂交筛选正常中国美利奴绵羊cDNA文库,并将分离所得的cDNA阳性克隆测序后进行基因结构分析。以349I12 BAC克隆制备探针经过两轮的噬菌斑原位杂交筛选,获得19个cDNA阳性克隆,经测序、比对等进一步分析确定获得17条不同序列,其中7条序列与免疫相关。绵羊20号染色体上的MHC区段包含表达序列,且多为断裂基因,对其基因结构的分析将有助于相应基因功能及调控方面的研究。
- 白大章李桂芳董慧芹邱巍杨小亮陈芳马润林高剑峰
- 关键词：CDNA表达文库
- 中国美利奴绵羊55L9 BAC克隆基因的筛选与序列的初步分析被引量：2
- 2011年
- 利用绵羊55L9 BAC(细菌人造染色体)克隆制备探针,采用噬菌斑原位杂交方法,从中国美利奴细毛羊cDNA文库中筛选与免疫相关的基因,并对筛选得到的候选基因进行测序及软件分析。初步筛出12个候选阳性克隆。经过测序和比对,推测有8个独立的序列可能与绵羊的免疫及疾病相关,其中2个基因可以在已提交的BAC序列中定位。
- 董慧芹李峰白大章杨晓亮陈芳高剑峰
- 关键词：CDNA文库
- 中国美利奴羊MHC class Ⅰ区段基因组成预测分析
- 2010年
- 为了准确筛选中国美利奴羊MHC classⅠ区段,试验采用GenScan软件对覆盖绵羊MHC classⅠ区段的11个BAC克隆测序结果进行预测,在GenBank数据库中BlastX比对分析预测的基因,获得的信息在KEGG数据库中进行基因注释。结果表明:覆盖绵羊MHC classⅠ区段的11个BAC克隆共预测出基因数123个,其中编码抗体基因19个,占预测基因总数的15%;其他基因65个,占53%;未知基因39个,占32%;并明确了预测基因在BAC克隆上的分布情况及其编码的多肽可能具有的生物学功能。
- 薛峰李峰邹毅辉李鑫陈芳高剑峰
- 关键词：MHC基因基因注释
- 绵羊MHC区段3个预测基因的验证与表达分析被引量：3
- 2011年
- 对新疆美利奴细毛羊基因组MHC(Major histocompatibility complex)区段细菌人工染色体(BAC)文库的DNA序列进行测定,经过序列比对分析,首次预测了约130个新基因,其中有8个CDS(Coding sequences)未在其他物种中发现其同源序列,推测可能系绵羊所特有。在此基础上,文章对绵羊MHC区段预测的3个新基因(分别命名为OaN2、OaN5、OaN6)进行了实验验证和表达分析。从绵羊肺组织中克隆到了OaN2的cDNA序列,其长度为270 bp;从肠系淋巴结中扩增得到OaN5和OaN6的cDNA序列,长度分别为309 bp和205 bp。上述3个基因的GenBank登录号分别为JF330782、JF330783和JF330784。利用Northern blotting技术进行转录本水平分析,发现这3个新基因均在免疫器官肠系淋巴结中高表达。通过Western blotting和原位免疫组化技术对OaN2蛋白水平进行了表达谱分析,结果表明OaN2蛋白在绵羊脾脏和肠系淋巴结等免疫器官中高表达,在心、肝及胰脏中不表达。这是首次通过实验验证绵羊MHC区段的3个预测的新基因,为其在绵羊免疫器官中的功能研究奠定了基础。
- 焦莎莎刘卡李刚高剑峰马润林
- 关键词：绵羊MHC新基因
- 绵羊MHC区段BAC克隆探针的制备被引量：1
- 2010年
- 为了摸索适用于高通量核酸杂交筛选的探针的制备方法,采用GeneQuest软件分析并选取限制性内切酶BseDⅠ酶切MHC区段BAC克隆374N21,对酶切产物32P末端标记,并采用Omega E.Z.N.A DNA Probe Purifi-cation Kit纯化后放射自显影检测的方法。结果显示:酶切结果与软件分析一致,纯化后探针分布为0.5～2.0kb,纯化回收效率为60%。探针的分布合理,质量较高,可满足高通量杂交筛选的需要。
- 邹毅辉李鑫李峰薛峰陈芳高剑峰
- 关键词：绵羊MHCDNA探针
- 利用Taq酶快速标记绵羊MHC区段BAC文库混合型探针
- 2011年
- 对限制性内切酶BseDⅠ酶切产物DNA 3′端进行32P末端补齐的Klenow大片段标记法进行改进,采用Taq酶进行快速标记,初步比较了两者探针制备和杂交的条件。探针纯化后放射自显影检测,结果显示酶切结果与软件分析一致,纯化后探针分布在0.3~2 kb之间,纯化回收效率较高。探针的分布合理,质量较高。采用阳性对照进行杂交证明改进方法简便可行。
- 李峰董慧芹薛峰陈芳高剑峰
- 关键词：CDNA文库DNA探针
- 以绵羊MHC区段BAC克隆酶切片段为探针杂交筛选绵羊混合组织cDNA文库
- 2012年
- 在已知中国美利奴羊MHC(Major histocompatibility complex)区段BAC(Bacterial artificial chromosome)克隆序列信息和预测的基因注释前提下,用位于中国美利奴羊基因组BAC文库MHC区段的6个BAC克隆酶切片段为探针,以噬菌斑原位杂交筛选法筛选中国美利奴羊混合组织cDNA文库(库库杂交),对分离到的cDNA阳性克隆进行全序列测定,并与相应的已知序列信息和基因注释的BAC克隆比对以及在NCBI Blastn数据库中序列相似性检索,旨在验证基因注释结果的准确性和对基因(序列)功能的初步分析。实验中,经过两轮杂交共筛选出27个cDNA阳性克隆(序列),并发现这些序列均可定位到相应的BAC克隆上,且25条序列处在注释基因的外显子部分;在NCBI数据库中经Blastn序列相似性检索发现,23条序列与牛基因的序列相似性最高,且与免疫功能密切相关。
- 杨小亮白大章邱巍董慧芹李大全陈芳马润林Hugh T Blair高剑峰
- 关键词：CDNA文库
- 利用BAC克隆混合型探针筛选中国美利奴细毛羊cDNA文库
- 2010年
- 采用Taq酶进行快速标记细菌人工染色体(Bacterial artificial chromosome,BAC)克隆酶切片段,对制备好的混合型探针进行检测。通过噬菌体原位杂交的方法,筛选中国美利奴细毛羊cDNA文库。结果杂交筛选获得了3个cDNA阳性克隆,经过测序比对,分析了主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex,MHC)基因的组成。
- 李峰董慧琴陈芳高剑峰
- 关键词：CDNA文库测序
