[Objective] To predict the secondary structure and B cell epitopes of the rice major allergen RAG1. [Method] The amino acid sequence of rice allergen RAG1 was acquired from Expasy protein database. The secondary structure of RAG1 was predicted by DNAStar Protean software with Gamier-Robson program, Chou-Fasman program and Karplus-Schulz program; the B cell epitopes of RAG1 was predicted with the Kyte Doolittle hydrophilic program, Emini surface accessibility program and Jameson-Wolf antigenic index program. [Result] The predictions on secondary structure and B cell epitopes showed that the regions of 33-44, 119-129, 155-163 were the dominant B cell epitopes. [Conclusion] This study predicted the potential dominant B cell epitopes in rice allergen RAG1 by comprehensive use of multi-methods and multi-parameters, and provided a theoretical basis for further researches on identification, antigen modification and epitope vaccine design of RAG1 B cell epitopes.
采用Touchdown PCR技术从花生cDNA中克隆到花生的过敏原iso-Ara h 3基因,并进行重组蛋白表达,再用Western blot技术鉴定重组蛋白过敏原性。结果显示,构建的pET44a-iso-Ara h 3重组菌能表达iso-Ara h 3蛋白。用8例花生过敏的阳性血清鉴定表明,重组的iso-Ara h 3蛋白血清IgE识别率为12.5%,是一种低过敏原性的过敏原蛋白。
目的:分析人子宫珠蛋白与猫主要过敏原Fel d 1之间关系。方法 :运用ClustalW 1.83和MEGA5.1 Beta3软件比较人分泌球蛋白家族序列及猫过敏原Fel d 1两个亚基P30438和P30440之间的进化树形图;采用在线软件平台NetMHCII 2.2比较分析P30438与子宫珠蛋白典型序列P11684之间抗原性差异;利用Swiss-Model程序模拟并比较P11684、P30438和P30440的三级结构。结果 :分泌球蛋白家族充斥着大量冗余数据,经逐步聚类收缩至13个代表性序列进一步分析发现,整个分泌球蛋白家族划分成两个大家族三个亚家族,而子宫珠蛋白典型序列与猫主要过敏原Fel d 1的一个亚基P30438之亲缘关系最近,两者均具有与HLA高亲和力结合位点,而且三级结构相似。结论:子宫珠蛋白具有潜在的过敏原性。
目的:预测苹果过敏原Mal d 4蛋白B细胞和T细胞抗原表位,探讨Mal d 4蛋白与其同源蛋白之间的交叉反应性。方法:以苹果过敏原Mal d 4蛋白的氨基酸序列为基础,采用生物信息软件HNN预测二级结构;运用DNAStar和Bcepred软件预测其B细胞抗原表位,用NetMHCⅡ、NetMHCⅡpan、Syfpeithi及Propred软件综合预测T细胞抗原表位;采用Clustal X1.83、Swiss-Model软件比对同源序列和模拟空间构象。结果:该蛋白二级结构以无规则卷曲为主。B/T细胞共同抗原表位的区域为53～61、85～93。苹果Mal d 4蛋白与桃、芒果、甜樱桃、草莓中的前纤维蛋白氨基酸序列同源性达88%以上,空间构象相似。结论:苹果过敏原Mal d 4蛋白与桃、芒果、甜樱桃和草莓的前纤维蛋白之间可能存在交叉反应,其优势抗原表位区域可能为53～61、85～93,是后续过敏原改造的重点,为继续深入开展苹果过敏原基础性研究提供理论依据。
