广东省自然科学基金(9451803501004124)
- 作品数：8 被引量：21H指数：3
- 相关作者：徐筠娉邓志辉王大明高素青邹红岩更多>>
- 相关机构：深圳市血液中心大连医科大学更多>>
- 发文基金：广东省自然科学基金广东省科技计划工业攻关项目深圳市科技计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 中国汉族个体HLA-A、-B基因全长序列的测定及调控区多态性被引量：10
- 2010年
- 文章利用20个中国汉族个体样本建立了稳定精确的HLA-A、-B基因全长序列的克隆测序方法,获得HLA-A 10个等位基因4.2 kb序列,HLA-B 6个等位基因3.7 kb序列,序列涵盖了两个基因的所有外显子、所有内含子、5′启动子区以及3′非翻译区(3′UTR)。A*1153是文章发现的一个新等位基因,B*151101的内含子序列、5个HLA-A以及2个HLA-B等位基因的5′启动子序列和3′UTR序列为国际上首次报道,其他等位基因均延伸了IMGT/HLA数据库中释放的全长序列。文章首次在中国汉族个体中测定了IMGT/HLA数据库中没有覆盖的HLA-A、-B基因的上游5′启动子以及下游3′UTR区域的多态性模式。HLA-A基因5′启动子延伸区域共发现26个SNPs和一处3 bp(AAA/-)的插入/缺失,3′UTR延伸区域共发现14个SNPs;HLA-B基因5′启动子延伸区域共发现5个SNPs和一处1 bp(T/-)的插入/缺失,3′UTR延伸区域共发现8个SNPs。通过对两个基因的5′启动子、外显子以及3′UTR的系统发育树分析,发现两个基因调控区与外显子的进化关系有所不同,HLA-A基因除A*24020101外,其他等位基因两端调控区与外显子连锁比较紧密,HLA-B基因两端调控区与外显子之间则发生了较为频繁的重组事件。
- 徐筠娉邓志辉邹红岩高素青王大明何柳媚魏天莉
- 关键词：人类白细胞抗原基因组序列克隆测序调控区多态性
- 人类白细胞抗原HLA-Cω基因第2,3,4外显子测序分型方法的初步研究被引量：3
- 2010年
- 目的 初步建立可靠的HLA-Cω基因第2、第3和第4外显子测序分型技术.方法 基于中国汉族人群HLA-Cω基因的全长序列,设计和合成1对PCR引物,采用Stratagene P fu Taq DNA聚合酶特异性扩增HLA-Cω基因5＇-启动子区至第4内含子目的基因片段,涵盖完整的第1～4外显子.PCR产物经纯化,采用自行设计的6条测序引物和ABI PRISM BigDye 1.1 Terminator,以及优化的测序反应体系和PCR条件,对HLA-Cω,基因第2、第3和第4外显子进行双向测序.测序反应产物纯化后,采用ABI3730测序仪电泳和Assign 3.5 SBT软件分析结果.结果 PCR扩增获得了清晰的HLA-Cu,基因日的片段,所用的6条测序引物进行HLA-Cω基因第2、第3和第4外显子测序,序列中无背景信号和杂峰.156份汉族随机骨髓志愿捐献者样本用本文的方法检测.分型结果与Atria AlleleSEQR HLA-Cw Plus测序分型试剂盒的结果相一致.结论 初步建立了可靠的HLA-Cω基因测序分型方法,在HLA-Cω基因群体遗传学及组织配型等领域,具有广泛应用前景.
- 徐筠娉王大明邓志辉
- 关键词：人类白细胞抗原测序分型
- HLA—DQA1 3’-UTR序列多态性分析及microRNA的调控
- 2012年
- 目的揭示HLA-DQA1基因3’-UTR区多态性的进化机制及其对基因表达的调控功能。方法利用核苷酸变异率计算、系统发育树构建等群体遗传学分析方法将IMGT／HLA数据库中释放的20条HLA-DQAl全长序列多态性进行系统分析，揭示3’-UTR多态性的进化机制。利用mirandav1．9软件提供的算法，对HLA-DQAl三种差异较大的3’UTR等位基因序列进行microRNA的靶位点预测，对分值较高的预测利用体外荧光细胞实验进行验证。结果HLA—DQAl基因的3’-UTR具有极高的核苷酸变异率及跨物种多态性，表明其受到平衡选择的作用。预测出14种分值较高的microRNA-靶标复合物，且14个micfoRNA与3种DQA1-3’-UTR等位基因靶标的结合自由能以及分值均有不同程度的差异。通过体外荧光表达实验证明，HLA—DQAl受到hsa-mir-658的负调控作用，且hsa—mir-658对DQA1—3’-UTR3种等位基因特异性的结合对基因表达产生了影响。结论HLA—DQA1基因表达水平受到microRNA的负调控，且HLA—DQA13’-UTR的多态性可影响与microRNA的结合而引起等位基因特异性表达。
- 徐筠娉邓志辉
- 关键词：MICRORNA多态性
- HLA-Cw基因常规检测区外第1、5、6、7外显子核苷酸序列测定的研究及临床应用被引量：5
- 2010年
- 目的 研究中国人群HLA-Cw基因第1、5、6、7外显子的分子遗传多态性,探讨增加第1、5 6 7外显子核苷酸序列测定在临床组织配型工作中的重要性及意义.方法 应用PCR-SBT法,对324份样本的HLA-Cw基因第2、3、4外显子作常规测序分型.对检出的模棱两可结果,设计HLACw第1、5 6 7外显子序列测序引物并优化测序反应条件,增加第1、5、6、7外显子核苷酸序列分析.结果 对HLA-Cw基冈第2、3、4外显子常规检测,一次性获得等位基因前4位数分型结果 的样本占23.8%（77/324）;出现模棱两可结果的样本数占76.2%（247/324）,检出的模棱两可等位基因组合有73种;增加HLA-Cw基因的第1、5、6、7外显子多态性检测,可解决Cw＊ 030201/030202、030301/0320N、Cw＊ 040101/0409N/0430、Cw＊ 070201/0750、Cw＊ 0403/0409N/0430和Cw＊ 080101/0822等10种常见的模棱两可等位基因组合.结论 在临床HLA-Cw基因配型中增加第1、5、6、7外显子多态性检测,有助于解决测序分型中的模棱两可的结果 和提高HLA-Cw基因分型精确度,对临床组织配型工作具有重要意义.
- 高素青徐筠娉王大明金士正邹红岩邓志辉
- 关键词：组织相容性试验基因外显子
- HLA-DRB1基因全长序列分子克隆及测序方法的建立被引量：1
- 2012年
- 目的建立可靠的HLA-DRB1等位基因全长序列的分子克隆和测序方法。方法设计、合成HLA-DRB1基因全长序列PCR引物和探索PCR反应体系,采用长距离PCR技术,对10份经PCR产物直接测序、基因型已知的标本,扩增HLA-DRB1基因5'-UTR区、6个外显子、5个内含子和3'-UTR区,全长约11 kb。PCR产物纯化后作长片段分子克隆,筛选阳性克隆,提取质粒DNA,采用自行设计的测序引物测序。结果 PCR扩增获得了特异性目的片段,克隆测序后获得了全部10种等位基因的全长序列。将HLA-DRB1等位基因全长序列划分为9个亚区,群体遗传学分析发现第2外显子的平均核苷酸变异率(π)8.653%,高于其他外显子,并且非同义突变率(dn)9.029%大于同义突变率(ds)7.846%。第5内含子的平均核苷酸变异率高达13.690%,DRB1*09∶01∶02和DRB1*07∶01∶01∶02这2个等位基因第5内含子的序列与其他等位基因序列差别较大。结论采用HLA-DRB1基因全长序列分子克隆及测序方法获得了HLA-DRB1基因各亚区多态性分布特点等基础资料。
- 卢亮徐筠娉柳清邓志辉
- 关键词：HLA-DRB1基因克隆
- 汉族人群中22个HLA-Cw等位基因全长序列单核苷酸多态性分析被引量：3
- 2010年
- 为探讨HLA-Cw(Human leukocyte antigen-Cw)基因全长序列分子遗传多态性,文章对28个HLA-Cw基因型已知的汉族个体样本,采用长距离PCR技术和高保真性的Pfu酶,扩增HLA-Cw基因全长序列4.5kb,进行分子克隆和单倍体测序。采用群体遗传学研究方法分析了HLA-Cw等位基因全长序列中各亚区的单核苷酸多态性。结果表明:在28个样本中共检测出22种等位基因,序列均已提交GenBank和国际IMGT/HLA数据库并获得了认可;其中Cw*0706、Cw*030301、Cw*140201的全长序列为首次报道,尤其是Cw*0706内含子序列的获得,能够重新设计对该等位基因测序分型的引物,避免测序分型中可能对这一等位基因的漏检。将28个样本的56条单倍体序列用Clustal软件进行序列排比,输入到DnaSP4.0进行多态性分析,共发现244个SNPs,10处插入/缺失多态性。对HLA-Cw等位基因各亚区多态性的分析,发现第4内含子及以前并没有受到关注的第5外显子受到平衡选择的作用,在进化中受到了选择压力,预示着它们在免疫系统的进化过程中可能扮演着重要的角色。
- 曾健强徐筠娉王大明高素青邹红岩邓志辉
- 关键词：人类白细胞抗原单核苷酸多态性
- 中国汉族个体HLA全长序列新等位基因A＊74：02：01：02的鉴定
- 2012年
- 目的对中国汉族个体人类白细胞抗原（HLA）-A基因全长序列进行测定，发现和鉴定突变位于常规检测区域以外的全长序列新等位基因。方法应用已对常规检测区域第2～4外显子进行测序分型、结果已知的中国汉族个体的样本进行HLA—A基因全长4．3kb序列的高保真扩增、克隆及测序；利用序列比对、进化树等方法分析突变所在位置及其产生的原因。结果发现1个HLA—A全长序列新等位基因，序列与国际IMGT／HLA数据库中最接近的等位基因A＊74：02：01：01的全长序列相比共有5个位于内含子的变异，其中第3内含子1个：NT1427C〉T，第7内含子5个，分别为NT2842G〉A，NT2850C〉T，NT2862T〉C，NT2863G〉A以及NT2868T〉C。该HLA—A新等位基因于2010—07—31被世界卫生组织人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为HLA—A＊74：02：01：02。结论新等位基因A＊74：02：01：02的变异产生的机制可能是随机突变和等位基因之间的交换重组。
- 聂冬梅徐筠娉
- 关键词：人类白细胞抗原克隆测序内含子
- 中国汉族个体HLA-Ⅰ类基因全长序列鉴定及多态性比较被引量：2
- 2015年
- 目的鉴定中国汉族个体HLA-Ⅰ类3个基因座-A、-B、-C的全长序列并比较其各亚区多态性。方法利用前期已建立的HLA-Ⅰ类基因3.7-4.5 kb全长序列高保真扩增、克隆及步移测序方法,从业已经过HLA高分辨测序分型、结果已知的1 000(人)份中国汉族造血干细胞捐献者的血样中,分别选择含HLA-A、-B、-C所有血清学家系等位基因的标本45、38、52份做序列鉴定与比较。结果共获得汉族个体HLA-Ⅰ类基因110条全长序列,包括38个HLA-A等位基因4.2 kb序列,30个HLA-B等位基因3.7 kb序列,以及42个HLA-C等位基因4.3-4.5 kb序列;所获110个等位基因的全长序列均提交Gen Bank及IMGT/HLA数据库,获得WHO命名委员会的命名,其中首次报道全长序列的等位基因有70个,包括新等位基因21个、修正序列的等位基因2个、5'-启动子序列及3'-UTR序列或内含子序列的等位基因47个,其他40个等位基因均在5'-启动子及3'-UTR区,延伸了IMGT/HLA数据库中释放发布的全长序列。结论 1)所鉴定的全长序列可为HLA-Ⅰ类基因测序分型引物和探针的正确设计、HLA基因表达调控、分子进化及疾病关联等研究,提供详实的基础资料和信息;2)中国汉族个体HLA-C基因的第2、3外显子及3'-UTR区,与HLA-A、-B相应区域比较,其全长序列多态性水平及分布较独特,暗示HLA-C基因免疫学功能的独特性。
- 徐筠娉何柳媚李桢高素青王大明邹红岩邓志辉
- 关键词：多态性中国汉族克隆测序调控区
