北京市教委科技发展计划(200310028112)
- 作品数：9 被引量：61H指数：6
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- 日本百脉根■牛儿基■牛儿基氢化酶的电子克隆及进化分析
- 2006年
- 根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以拟南芥牛儿基牛儿基氢化酶(GGH)基因cDNA序列为信息探针,搜索GenBank中的HTGs数据库,找到一个与之高度匹配的日本百脉根基因组DNA序列LJT46M09,用GENSCAN软件分析该序列得到一个包含2个外显子和1个内含子的基因。以此基因序列BLAST检索GenBank中的est-others数据库获得了同源的EST片段。进行EST拼接后得到该基因的cDNA序列,GenBank登录号为DQ013361,由1 389 bp核苷酸组成,具有完整的开放阅读框架(ORF),推测编码蛋白为462个氨基酸。推导的氨基酸序列与大豆、截形苜蓿、烟草、拟南芥、小麦、水稻的牛儿基牛儿基氢化酶基因氨基酸序列的一致率分别为91%、89%、84%、81%7、3%、74%。该基因与叶绿素等的生物合成有关。
- 李晓晓李蕊李雅轩蔡民华胡英考
- 关键词：电子克隆EST
- 大豆尿黑酸叶绿基转移酶基因的克隆与进化分析被引量：8
- 2007年
- 采用基于EST的电子克隆方法,以拟南芥(Arabidopsis thaliana)的尿黑酸叶绿基转移酶基因(Homogentisate phytyltransferase,HPT)cDNA序列为信息探针,对大豆的EST数据库进行同源检索筛选,获得了1 777 bp长大豆HPT基因的cDNA序列(GenBank登录号为:AY956421),经RT-PCR扩增、分子克隆和序列分析验证,表明与电子克隆序列一致;该基因具有完整的开放阅读框架(ORF,173～1 408 bp),推测编码411个氨基酸的蛋白。该蛋白与拟南芥(Ara-bidopsis thaliana)、苜蓿(Medicago sativa)、水稻(Oryza sativa)、玉米(Zea mays)、光合集胞蓝细菌(Synechocystis)的序列进行了比较,发现该基因具有保守性。
- 孟宪萍李晓晓李雅轩蔡民华胡英考
- 关键词：电子克隆EST数据库RT-PCR大豆
- 日本百脉根γ-生育酚甲基转移酶基因的电子克隆及进化分析被引量：4
- 2006年
- 根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学方法,以拟南芥-γ生育酚甲基转移酶cDNA序列为信息探针,在GenBank的HTGs数据库中找到与之高度同源的日本百脉根基因组DNA序列——LjT44D21克隆。通过GENSCAN分析及序列拼接得到日本百脉根"γTMT基因的cDNA序列,GenBank的登陆号为DQ013360。用该序列对GenBank中的est-others进行相似性搜索,获得了44条日本百脉根的EST序列,经拼接后发现与基因组预测的基因序列一致,表明该基因是真实存在和表达的。该cDNA序列长为1 077 bp,具有完整的开放阅读框架(1～1 077 bp)。推测编码蛋白为358个氨基酸,该蛋白序列与大豆、水稻、小麦、拟南芥、油菜、苜蓿和衣藻等物种的-γTMT蛋白质序列进行了同源性比较分析,具有很高的同源性。
- 孟宪萍李晓晓李雅轩蔡民华胡英考
- 关键词：Γ-生育酚甲基转移酶电子克隆EST
- 截形苜蓿吡哆醇生物合成基因的电子克隆和进化分析被引量：2
- 2007年
- 电子克隆是随着基因组计划和EST计划实施而发展起来的、利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以拟南芥吡哆醇生物合成蛋白基因(PDX)cDNA序列为探针,在GenBank的HTGs数据库中找到与之高度同源的截形苜蓿的基因组序列———m th2-17p16克隆,通过GenScan软件预测和序列拼接得到了截形苜蓿吡哆醇生物合成基因序列(GenBank登录号为DQ139263)。用该序列对GenBank中的est-others进行相似性搜索,获得了25条截形苜蓿的EST序列,经拼接后发现与基因组预测的基因序列一致,表明该基因是真实存在和表达的。该cDNA序列长度为1 257 bp,具有完整的开放式阅读框(ORF 29-973bp),推测编码314个氨基酸。通过对日本百脉根(Lotus corniculatusvar.japoni-cus)、烟草(Nicotiana tabacum)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)、大豆(Glycine max)、小麦(Triticum aestivum)和水稻(O ryza sativa)等进行吡哆醇生物合成蛋白序列同源比较,发现该基因具有高度的保守性。
- 李蕊孟宪萍胡英考蔡民华李雅轩
- 关键词：电子克隆吡哆醇生物合成基因EST
- 大豆吡哆醛激酶基因的克隆与表达分析被引量：8
- 2009年
- 以拟南芥吡哆醛激酶基因（PK）的蛋白质序列为信息探针,对大豆（Glycine max）EST数据库进行同源搜索和序列拼接,获得了全长为1 102 bp的大豆吡哆醛激酶基因的cDNA序列,经RT-PCR克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆序列一致（GenBank登录号为DQ006813）。该cDNA序列的开放阅读框（ORF）位于第119-1 045位,推测编码308个氨基酸。采用半定量RT-PCR方法研究了该基因的组织特异性表达情况和对强光逆境的反应,结果表明该基因在大豆根茎叶中都有表达,对强光逆境不敏感。将大豆PK基因编码的蛋白序列与马铃薯（Solanum tuberosum,AAY85186）、拟南芥（Arabidopsis thaliana,AAK94021）、水稻（Oryza sativa,ABA99785）、小麦（Triticum aestivum,AAR00318）和油菜（Brassica napus,ABE73472）的吡哆醛激酶蛋白序列进行比对,发现其一致性分别为：81%,75%,78%,79%和76%。比对结果说明在植物中该基因编码的蛋白质存在显著的相似性。根据蛋白比对结果绘制的系统发育树基本代表了它们在经典分类上的地位。
- 李雅轩李蕊孟凡臣蔡明华胡英考
- 关键词：大豆电子克隆吡哆醛激酶
- 大豆脱氢抗坏血酸还原酶基因的电子克隆及进化分析被引量：16
- 2007年
- 利用生物信息学和实验验证的技术路线,以拟南芥脱氢抗坏血酸还原酶基因cDNA序列为信息探针,对大豆EST数据库进行同源搜索,经同源性比对和序列组装,获得全长为955bp的大豆脱氢抗坏血酸还原酶基因的cDNA序列(GenBank登录号为DQ006810),经RT-PCR扩增,分子克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆完全一致。该cDNA序列具有完整的开放阅读框架(ORF,36bp-815bp),推测编码蛋白为259个氨基酸。通过与几种植物脱氢抗坏血酸还原酶蛋白序列的比较,发现该基因具有较高的保守性。结果表明根据物种间同源基因序列,对跨物种间EST数据库进行同源检索筛选,拼接,是新基因克隆的一条有效途径。
- 李晓晓李蕊李雅轩蔡民华胡英考
- 关键词：大豆电子克隆EST
- 大豆吡哆醇生物合成蛋白基因(PDX)的电子克隆和进化分析被引量：13
- 2007年
- 电子克隆（In silicocloning）是随着基因组计划和EST计划实施而发展起来的利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。根据物种间同源基因相对保守的特点,以拟南芥（Arabidopsis thaliana）吡哆醇生物合成蛋白cDNA序列为信息探针,对大豆（Glycine max）EST数据库进行同源搜索和序列拼接,获得了1 280 bp长的大豆吡哆醇生物合成蛋白的基因序列（GenBank登陆号为DQ139265）。经过RT-PCR扩增、基因组PCR扩增、分子克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆序列完全一致。该基因具有完整的开放阅读框架（ORF,20~955 bp）,编码311个氨基酸。通过与水稻、日本百脉根、烟草、截形苜蓿等物种的吡哆醇生物合成蛋白序列比对,发现该基因具有高度的保守性。表明根据物种间同源基因序列,对跨物种间EST数据库进行同源检索、筛选、拼接,是克隆基因的有效途径。
- 李蕊孟宪萍胡英考蔡民华李雅轩
- 关键词：电子克隆EST数据库RT-PCR大豆
- 提高植物维生素含量的基因工程被引量：6
- 2004年
- 维生素是维持生物正常生长发育必需的一大类微量营养物。对利用基因工程的方法提高植物中维生素A、E和C含量的研究进展作了综述 ,指出了该类研究的一般方法并对未来做了展望。
- 胡英考李雅轩蔡民华晏月明
- 关键词：植物基因工程维生素A维生素E维生素C
- 植物维生素E合成及其生物技术改良被引量：20
- 2004年
- 维生素E是一种抗氧化剂 ,对植物、动物和人类自身都具有十分重要的作用 ,而植物则是人类维生素E的主要来源 ,因此克隆植物中维生素E合成的相关酶基因 ,对维生素E含量进行改良 ,具有重要意义。对植物中维生素E的合成途径 。
- 胡英考
- 关键词：植物维生素E基因克隆基因工程分子标记
