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DLK1-DIO3印记区域的miRNAs与疾病的发生: 2017年; 哺乳动物的基因组以发育调控模式进行转录,生成长的和短的非编码RNAs(non-coding RNA,ncRNAs).ncRNAs占到人类转录组的98%,与生物体进化复杂程度显著相关.MicroRNAs(miRNAs)是目前研究比较透彻的,长度大约为20~24个核苷酸的ncRNAs,其通过与靶基因mRNA的结合在转录后水平负调控基因的表达.人类基因组中一个最大的miRNA簇位于14号染色体(14q32)的DLK1-DIO3印记区域,包括了54个miRNAs.这些miRNAs通过参与调节重要的信号通路在许多病理过程中发挥作用.充分了解DLK1-DIO3印记区域中这个大的miRNA簇,在病理生理过程中的重要性将有助于为相关疾病的治疗提供新的策略.本文比较深入地分析了DLK1-DIO3印记区域中的miRNAs在调控组织动态平衡以及多种癌症发生中的作用,同时对其潜在的临床应用价值进行了讨论.; 王冠楠李冬杰陈玮娜张萃杨文志李世杰; 关键词：MIRNA 肿瘤

牛Wif1基因印记及甲基化调控印记的分子机制研究: 2015年; 为了研究Wif1基因在牛中的印记状态和调控印记的分子机制,本研究首先应用基于单核苷酸多态(SNP)的测序方法,分析了Wif1基因在牛组织中的印记状态,结果发现,Wif1基因在牛中的印记表现出组织特异性,在肺中为单等位基因表达,而在心、肝、脾、肾、肌肉和脂肪6个组织中为双等位基因表达。进一步应用亚硫酸氢盐测序法分析Wif1基因启动子区29个CpG位点在牛肺(单等位基因表达)和肝(双等位基因表达)组织中等位基因特异的甲基化状态,结果发现,在肺和肝中,两条亲本链间的甲基化水平无显著差异(P>0.05)。进一步分析每个CpG位点在肺和肝中亲本链间甲基化率差异,发现与双等位基因表达的肝相比,肺中存在8个亲本链间甲基化率差异显著的CpG位点,其中3个(第1、2和6)位于转录因子的结合位点上。由于单个CpG位点的甲基化变化会影响转录因子的结合,推测这3个CpG位点的甲基化可能参与调控Wif1基因的组织特异性印记。; 吴茜红张明月杨文志吴国江李世杰

牛体细胞核移植中Meg8基因DNA甲基化及印迹状态分析: 2014年; 为了确定Meg8基因内部CpG岛的甲基化在调控Meg8基因印记中的可能作用,本研究应用亚硫酸盐测序法分析Meg8基因内含子3上的17个CpGs位点等位基因特异的DNA甲基化状态。结果发现,2条亲本链的甲基化程度都比较高(>80%),但T链甲基化水平显著高于C链(P<0.05),并且C链只有1种甲基化模式。分析Meg8基因在出生后48h死亡的体细胞核移植牛肺中的甲基化和印迹状态,发现Meg8基因甲基化水平在核移植牛和自然繁殖牛中都比较高,但核移植牛的甲基化程度显著高于正常繁殖牛(P<0.05),并且只有1种完全甲基化的模式,而Meg8基因在核移植个体中的印记表达没有紊乱,仍表现为单等位基因表达,初步推测Meg8内含子3CpGs岛的甲基化可能没有参与调控Meg8基因的印记表达。; 赵姝君胡嘉祺张明月李冬杰戴蕴平李宁李世杰; 关键词：DNA甲基化印迹

牛DSCAM基因的基因组印记和DNA甲基化状态分析: 2023年; 为鉴定牛DSCAM基因的印记状态以及DNA甲基化修饰在调控印记表达中的作用,本研究以牛胎盘和成年牛组织(心、肝、脾、肺、肾、肌肉、脂肪和大脑)为试验材料,利用基于单核苷酸多态(SNP)的RT-PCR直接测序法分析DSCAM基因的印记状态,采用亚硫酸氢盐测序法分析基因启动子区的甲基化状态。结果发现,在DSCAM基因的第32个外显子上存在1个A/G杂合的SNP位点(rs136908595),利用该SNP位点区分亲本等位基因发现,在被检测的成年牛组织中,DSCAM基因为双等位基因表达;而在胎盘中DSCAM基因为母源等位基因表达。对牛DSCAM基因启动子区及第一个外显子处402 bp的CpG岛甲基化进行分析,发现在单等位基因表达的胎盘中,2条亲本链间存在差异甲基化区,而在双等位基因表达的组织中,未发现差异甲基化区。结果表明,DNA甲基化修饰参与调控牛DSCAM基因的胎盘特异性父源印记,可为深入探讨牛DSCAM基因功能和调控机制提供参考依据。; 靳兰杰霍浩楠张银蛟李冬杰陈玮娜张萃李世杰; 关键词：基因组印记

牛Ascl2基因印记及DNA甲基化状态分析被引量：2: 2014年; 为探讨Ascl2基因在成年牛不同组织中的印记状态,并揭示DNA甲基化在调控Ascl2基因印记中的可能作用。本研究首先应用基于核苷酸多态的RT-PCR产物直接测序法对Ascl2基因在牛7个组织(心、肝、脾、肺、肾、肌肉和脂肪)中的表达及印记状态进行了分析,进一步应用亚硫酸氢盐测序法分析牛肺、肝和肾组织中Ascl2基因启动子区的等位基因特异的甲基化状态。RT-PCR产物测序结果显示,Ascl2基因印记表现出组织特异性,在肺和肝中为单等位基因表达,而在心、脾、肾、肌肉和脂肪5个组织中为双等位基因表达。亚硫酸氢盐测序发现,在Ascl2单等位基因表达的肺和肝中,2条亲本链的甲基化水平存在极显著差异(P<0.01),A链的甲基化水平(61.21%、87.28%)显著高于G链(24.70%、25.61%);而在Ascl2双等位基因表达的肾组织中,A链(54.70%)与G链(49.55%)的平均甲基化水平差异不显著(P>0.05)。以上结果表明,Ascl2基因启动子区DNA的甲基化修饰调控Ascl2基因的印记表达。; 王梦楠崔亚丽吴国江李冬杰李世杰; 关键词：DNA甲基化

牛MAGEL2的基因结构及在组织和胎盘中印记状态分析被引量：1: 2020年; 本研究旨在揭示牛PWS/AS(Prader-willi syndrome/angelman syndrome)印记区域中的MAGEL2(Melanoma antigen-like gene 2)基因的结构特点及其在成年牛组织及胎盘中的印记状态。生物信息学软件分析发现,牛MAGEL2基因位于21号染色体,为单外显子蛋白编码基因,编码长为1183个氨基酸的多肽序列,其产物为MAGE家族成员之一。构建MAGEL2基因的进化树,发现牛MAGEL2基因与羊相似性最高。MAGEL2在不同物种之间具有较高的保守性。应用基于单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)的RTPCR产物直接测序的方法分析MAGEL2在牛8个组织和器官(心,肝,脾,肺,肾,肌肉,脂肪和大脑)及胎盘的印记状态。比较杂合牛基因组PCR产物和RT-PCR产物在SNP位点的测序结果发现,MAGEL2基因在成年牛组织及胎盘中均为单等位表达,提示MAGEL2基因在牛中是印记的。; 陈玮娜马超李瑾张层层李若梅李世杰; 关键词：基因结构 SNP

ASCL2基因在体细胞克隆牛和自然繁殖牛肺脏中的甲基化分析: 2014年; 为探讨ASCL2基因在体细胞克隆牛中的重编程状态,本研究通过亚硫酸氢盐测序法(BSP)对体细胞克隆牛和自然繁殖牛肺脏中ASCL2基因启动子区CpG岛上的CpG位点进行了甲基化状态分析。结果显示,体细胞克隆牛的甲基化水平(28.41%)显著高于正常对照组(7.62%)(P<0.05)。推测ASCL2基因的异常甲基化可能是造成体细胞克隆牛新生死亡及肺脏发育异常的原因之一。; 王梦楠张明月李宁李世杰; 关键词：体细胞克隆牛 BSP

Gab1和Sfmbt2基因在成年普通牛8种不同组织中的印记状态分析被引量：1: 2017年; 旨在揭示Gab1(Grb2-associated binding protein 1)和Sfmbt2(Scm-like with four mbt domains 2)基因在牛不同组织以及胎盘中的印记状态,本研究应用基于单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNP)的RT-PCR(Reverse transcription-PCR)产物直接测序方法对Gab1和Sfmbt2基因在牛7个组织(心、肝、脾、肺、肾、肌肉和脂肪)以及胎盘中的印记状态进行分析。结果显示,在被分析的7个组织和胎盘中均检测到Gab1和Sfmbt2基因的表达。通过比较杂合子牛基因组PCR扩增产物与RT-PCR扩增产物在SNP位点的测序峰图,发现Gab1和Sfmbt2在被检测的7个组织和胎盘中均为双等位基因表达,说明Gab1和Sfmbt2在牛的组织和胎盘中是非印记的。; 王冠楠赵宇鹏陈玮娜张萃徐达李冬杰李世杰; 关键词：SNP

牛ASCL2基因生物信息学分析: 2013年; 在人与小鼠中，ASCL2基因是一个母源表达的印记基因，在早期胚胎和胎盘发育中起重要作用。牛ASCL2基因的印记状态和印记的分子机理还没有被研究。本研究采用生物信息学方法对牛ASCL2基因分子进化、启动子和CpG岛区域以及蛋白的高级结构进行分析和预测，为进一步揭示该基因生物学功能和其分子调控机理奠定基础。对21种哺乳动物ASCL2基因的mRNA序列进化分析表明：这21种哺乳动物问的遗传距离小于0．536，且牛与猪遗传距离最小，为0．106，与基因进化树分析结果一致。CpG岛在线软件预测显示，在牛中，该基因上游5k序列中有三个CpG岛。启动子在线软件预测和转录因子分析相结合显示，启动子最可能位于该基因5’端上游4725--4775bp处CpG岛区域内，此区域包括大量潜在转录因子结合位点，并在4734bp处存在一个TATA框。蛋白质在线软件分析表明，ASCL2基因编码一种螺旋一环一螺旋形转录因子，有仅一螺旋、B一转角和无规则卷曲3种二级结构。; 王梦楠吴茜红赵姝君王敬姣李冬杰李世杰; 关键词：生物信息学启动子 CPG岛

基因组印记中的长非编码RNA被引量：3: 2016年; 长非编码RNA(lnc RNA)是长度大于200 bp的一类非编码蛋白的RNA,因其在基因组中含量巨大以及重要的生物学功能引起了学术界的广泛关注.基因组印记是一种表观遗传现象,lnc RNAs通过建立靶基因的印记而发挥重要的生物功能.基因组印记可以用来研究lnc RNAs在转录和转录后水平调控基因表达的分子机制.本文选取6个印记机制研究比较透彻的印记区域,包括Kcnq1/Cdkn1c、Igf2r/Airn、Prader-Willi(PWS)/Angelman(AS)、Snurf/Snrpn、Dlk1-Dio3和H19/Igf2.通过介绍包括基因间lnc RNAs(H19、Ipw和Meg3)、反义lnc RNAs(Kcnq1ot1、Airn、Ube3a-ATS)和增强子lnc RNAs(IG-DMR e RNAs)在内的3种类型lnc RNAs在印记调控中的作用,从而了解lnc RNAs通过顺式或(/和)反式作用多种机制调控亲本特异性靶基因的表达.了解印记基因簇中lnc RNAs的作用方式将有助于我们揭示lnc RNAs在整个基因组中的作用机制.; 杨文志张萃王冠楠李冬杰李世杰; 关键词：基因组印记染色质表观遗传修饰

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