国家高技术研究发展计划(2001AA111041)
- 作品数：9 被引量：26H指数：3
- 相关作者：陈国良许胤龙钟诚赵建勇陈勇更多>>
- 相关机构：中国科学技术大学国家高性能计算机工程技术研究中心广西大学更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划广西壮族自治区自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术理学生物学更多>>
- 基于曙光3000并行机的远程并行调试器
- 2004年
- 并行调试对并行程序开发非常重要,然而传统的远程并行调试方式是采用登录(telnet)命令通过命令行的文本界面进行,非常繁杂。本文介绍了为曙光3000系统设计实现的远程并行调试器RPB(Remote Parallel Debugger)。RPB实现了完全并行调试等功能,并且具备图形用户界面,用户界面采用Java语言和Swing工具包实现,具备平台独立的特点。RPB采用客户端/服务器模式,客户端和服务器之间的通信采用当今流行的CORBA中间件技术。RPB支持通过局域网或广域网远程调试并行机上的程序,屏蔽了客户平台的差异和并行机地理位置上的差异,因而大大提高了并行机的好用性。
- 陈勇李春生安虹郑启龙陈志辉
- 关键词：并行计算机曙光5000图形用户界面JAVA语言
- 一维可重构流水线总线并行机上平面点集的凸壳算法
- 2004年
- 确定平面点集的凸壳是计算几何中的一个基本问题。一维可重构流水线总线并行机是近年提出的一种采用光连接的并行计算模型。本文在规模为n的可重构流水线总线并行机上提出了一个计算n个平面点的凸壳算法,当n个点按横坐标递增的顺序存储时,该算法的时间复杂度为O(logn)。
- 周世泉许胤龙陈国良赵建勇
- 关键词：凸壳总线可重构并行机平面点集
- 可重构造网孔机器上k-近邻并行算法被引量：4
- 2004年
- 最近邻问题是计算几何学中的基本问题之一 ,k 近邻是最近邻的扩展 ,它在VLSI设计、数据库检索、模式匹配以及图像处理等领域有着广泛的应用背景 对于点数为N的平面点集S ,在规模为N×N的可重构造网孔机器上 ,提出了时间复杂度为O(k)的求S中所有点k 近邻的并行算法
- 赵建勇许胤龙陈龙斌
- 关键词：K-近邻
- 曙光机群系统并行调试器的设计与实现被引量：3
- 2004年
- 介绍了为曙光机群系统设计实现的并行调试器DCDB。DCDB同时支持调试MPI或PVM、C或Fortran的并行应用程序，实现了记录/重放并行调试功能，支持循环调试，解决了并行调试时并行程序的不确定性问题。DCDB采用Client/Server/Client结构，具有友好的图形用户界面，系统主要采用Java语言开发，具有良好的可移植性和可扩展性。
- 陈勇何克东陆在朝鄢超
- 关键词：调试器JAVA系统设计
- 生物序列比对算法分析与比较被引量：5
- 2004年
- 序列比对是生物信息学的一个非常重要的操作.它可以预测生物序列的功能、结构和进化过程等.文中首先介绍双序列比对的基本算法;接着分析和比较多序列比对的四个常用模型和三类算法以及并行比对算法;最后,给出一些研究问题.
- 钟诚宋彬
- 关键词：生物信息学双序列比对多序列比对启发式算法
- GROMOS96分子动力学模拟的并行优化算法被引量：2
- 2004年
- 介绍了流行的分子动力学软件GROMOS96中的MD算法 ,分析了制约GRO MOS96性能的原因 ,并提出一种优化的算法 ,将邻域原子搜索的时间复杂度从O(N2 )降低到O(NlogN) ;同时并行化了GROMOS96算法 ,并进一步在国产曙光并行机上开发了基于MPI的软件 。
- 王文睿陈国良孙广中
- 关键词：分子动力学模拟
- 可重构流水线总线并行机上图像的聚类算法被引量：1
- 2005年
- 聚类是图像处理中的一个基本操作。对于分为K个簇的N个模式,且每个模式含有M个特征,该文在N个处理器的一维可重构流水线总线并行机上提出了一个时间复杂度为O(M×K)的聚类操作中一次迭代的并行算法。并对该并行算法进行了扩展,使得当处理器数分别为N×M和N×M×K时,一次迭代的时间复杂度分别为O(K)和O(1)。
- 舒红霞郑启龙李春生许胤龙
- 关键词：图像处理聚类
- 一种新的基于结构信息的双生物序列比对方法被引量：2
- 2006年
- 用于生物序列比对的经典动态规划算法是用一个固定的替换矩阵来逐点计算生物序列间的代价,这些方法可用来发现具有最大计分值的比对结果,但实际上,则更加倾向于考虑生物序列中所隐含的结构或功能信息.本文用可变长马尔科夫链方法来发现生物序列中所隐含的结构或功能信息子片断并定义其权值,最后提出一个新的基于结构信息的生物序列比对方法.
- 司秀华陈国良
- Multisets排序的最优并行算法被引量：9
- 2003年
- 排序是一个既有十分重要的理论意义又有广泛的实际应用价值的问题 ,其中 ,Multisets排序问题是指对只有k个不同关键字值的n个数据 (记录 )进行排序 ,0
- 钟诚陈国良
- 关键词：PRAM计算机科学
