海南省教育厅高等学校科学研究项目(Hjkj2010-13)
- 作品数：3 被引量：16H指数：2
- 相关作者：齐兴柱尹绍武刘志亮胡静骆剑更多>>
- 相关机构：海南大学中国热带农业科学院更多>>
- 发文基金：海南省教育厅高等学校科学研究项目海南省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 人类多囊肾病相关蛋白TMEM130基因的克隆及生物信息学分析
- 2010年
- 以递交到GenBank上的TMEM130蛋白基因序列(nm-152913)为模板设计引物,以人大脑cDNA文库为模板进行巢氏PCR扩增,并将PCR产物克隆到pMD18-T载体上,成功获得TMEM130蛋白基因编码序列,测序结果显示,获得的序列为TMEM130蛋白基因转录变异体2,其编码序列长1272bp。该基因定位在人类第7条染色体7q22.1区域,有3个转录变异体。生物信息学分析显示该序列可编码1个含423个氨基酸的蛋白质;Smartmode程序显示该蛋白质是1个跨膜蛋白,在100～250号氨基酸序列之间有1个与多囊肾病(PKD)相关的结构域。因此,鉴定TMEM130蛋白是一个与人类多囊肾病相关的蛋白。
- 齐兴柱胡文婷张俊芳黄俊生李军
- 关键词：多囊肾病生物信息学克隆
- 基于mtDNA-COⅡ基因序列对中国南海裸胸鳝属鱼类分子系统进化关系的研究被引量：8
- 2010年
- 采用聚合酶链式反应直接测序法,获得细斑裸胸鳝、黄纹裸胸鳝、云纹裸胸鳝、黑点裸胸鳝、褐裸胸膳5种裸胸鳝属鱼类的细胞色素氧化酶Ⅱ（cytochrome oxidaseⅡ,COⅡ）基因序列（691 bp）。结合GenBank上蠕纹裸胸鳝COⅡ同源序列,采用多个生物软件对6种裸胸鳝属鱼类序列变异和碱基组成进行分析,共发现196个核苷酸位点存在变异（28.36%）;计算了它们的相对遗传距离、转换/颠换比等遗传信息指数,6种裸胸鳝属鱼类的序列差异为0.012~0.199,其中云纹裸胸鳝与褐裸胸鳝的序列差异最大,为0.199,细斑裸胸鳝与黄纹裸胸鳝序列的差异最小,为0.012;总体来说,序列中的转换明显多于颠换,转换和颠换的比值（Ts/Tv）为2.7;以长鳝为外群构建NJ、ME、MP系统树,长鳝分为独立的一支,6种裸胸鳝为另外一支,分为3个平行进化的分支。
- 齐兴柱尹绍武张本霍蕊杜民
- 关键词：系统进化
- 基于COⅠ序列的DNA条形码在中国南海裸胸鳝属鱼类中的应用被引量：11
- 2010年
- 为探讨中国南海裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类系统发育关系,采用DNA条形码技术测定了6种中国南海裸胸鳝的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列(504bp)。结合来自GenBank中的分布于日本和3种同样分布于中国南海的裸胸鳝属鱼类的相应同源序列进行比较分析,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果表明:(1)504个位点中共有187个核苷酸位点存在变异(37.1%);(2)序列变异的转换/颠换比值平均为1.5;(3)细斑裸胸鳝(Gymnothorax fimbriatus)与黑斑裸胸鳝(G.favagineus)之间的同源序列碱基差异只有0.20%,支持二者是同种异名的观点;(4)在NJ树和MP树中,蠕纹裸胸鳝和网纹裸胸鳝聚为一支,位于系统树的基部位置。其余8种聚为另外一支,然后又细分为2个较小的分支。
- 齐兴柱骆剑刘志亮胡静朱晓平彭艳辉尹绍武
- 关键词：DNA条形码系统树
