国家自然科学基金(30360027)
- 作品数：11 被引量：29H指数：4
- 相关作者：张静胡俊李慧敏潘志锋罗静初更多>>
- 相关机构：云南大学北京大学中国科学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金云南省应用基础研究基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 酵母核糖体蛋白基因组合转录调控位点统计分析被引量：1
- 2010年
- 真核基因的转录调控是后基因组时代研究的主要问题之一,其基础是认识DNA上转录因子结合位点(模体)及分布状况。基于马尔可夫链模型对酵母核糖体蛋白基因上游启动子序列中模体出现次数进行统计,利用Z-score统计量抽提出过表达和低表达的模体,其中95%的模体与实验得到的转录因子结合位点相符合。然后将抽提出的模体两两配对,通过与背景序列比较,找出酵母核糖体蛋白基因中出现概率及距离分布均具有统计显著性的模体对,这些非随机出现的模体对具有潜在的组合转录调控功能,其中一些模体对的组合调控作用已有实验支持。对提取出的模体对在序列中的位置分布进行分析,发现近94%的模体对位于转录起始位点上游,超过半数的模体对两模体之间的最短距离在0～100bp之间,距离小于30bp的模体对接近30%,这样的短距离间隔有利于两模体的相同作用。这些结果将有助于对酵母核糖体蛋白基因转录调控机制的深入认识。
- 田瑞琴张静胡俊
- 关键词：酵母基因启动子转录因子结合位点
- 酵母基因内含子中转录正调控位点的统计分析被引量：4
- 2004年
- 以一组随机选取的对照序列中寡核苷酸的出现频率为基础,分析转录频率较高的酵母基因内含子序列的寡核苷酸使用情况,抽提出一批过表达的寡核苷酸。然后对抽取出的寡核苷酸和它们在每个高效转录基因内含子序列中重叠、连接后形成的长寡核苷酸序列片段进行分析,并对照实验结果和用比较分析方法获得的结果,推测这些寡核苷酸可能是高效转录基因内含子序列中潜在的转录因子结合位点。
- 胡俊杨建红李琰张静
- 关键词：酵母内含子转录调控转录因子结合位点
- 酵母内含子在基因序列中的分布对基因转录效率的影响被引量：10
- 2003年
- 对酵母中高效转录和低效转录基因内含子序列寡核苷酸使用情况的对照分析 ,显示两类内含子的序列结构有差异 ,并且高效转录基因内含子序列含有较多潜在的转录因子结合位点 ,由此推测内含子可能参与基因转录的调控 .这个结论有待更多的数据证实 .对内含子和外显子在两组基因序列中的分布 (长度、位置等 )进行详细比较分析后显示 ,高效转录基因内含子和低效转录基因内含子的长度有比较明显的界限 .两组基因中外显子长度的均值虽然有些差异 ,却没有明显的界限 .基因序列长度与外显子长度的情况相似 .虽然内含子的相对位置在两类基因中都很靠近 5′端 ,但是从实际位置看 ,高效转录基因中比较多的内含子很靠近基因的 5′端 ,有些则位于 5′ UTR区域 .这些结果提示 ,基因的转录效率与内含子的长度有关 ,与外显子及基因序列的长度无关 ,内含子的位置也可能影响转录效率 ,内含子对基因转录的调控可能与基因上游的转录调控有关联 。
- 张静石秀凡杨恒芬
- 关键词：酵母基因序列基因转录
- 不同转录频率的酵母基因启动子序列结构差异性分析
- 2010年
- 不同基因的转录效率一般会有差异,启动子序列的组织结构可能是造成差异的原因之一。本文分别基于出现频率、Markov模型以及加权Markov模型计算出所有6碱基片段(6-mer)在不同转录频率的酵母基因启动子序列中的分布,然后利用最大最小贴近度方法分析这些基因启动子序列结构的差异情况。结果表明,酵母基因的转录频率与启动子序列结构的确有关联,转录频率相差较大的基因,它们的启动子序列结构差异一般也较大。统计分析还表明,高阶(3阶和4阶)加权Markov模型可以更有效地反映基因启动子序列的结构特征。
- 潘志锋张静
- 关键词：酵母基因启动子MARKOV模型
- 酵母基因上游与内含子可能存在的转录协同作用被引量：12
- 2005年
- 前期研究表明,酵母高转录基因内含子与低转录基因内含子的序列结构有较大差异,高转录基因内含子中存在一些潜在的正调控位点,而且这些内含子非常靠近基因上游区,有的内含子甚至位于5'-UTR区. 这些结果提示,高转录基因内含子可能参与转录调控,并可能与上游转录调控有协同作用. 为探索内含子与上游区的协同作用,将基因上游序列(翻译起始点上游800 bp或两个相邻基因之间部分)取出,仍使用寡核苷酸频率比较方法,抽提出高转录基因上游区可能的转录正调控元件,这些元件与实验所得结果吻合得较好. 然后定义“寡核苷酸对”,其中一个位于上游区,另一个位于内含子,对“最近距离”在一定范围内(84 bp)的寡核苷酸对进行分析,抽提出匹配基因数显著高于随机匹配数的寡核苷酸对(主要是四核苷酸对和五核苷酸对),分析这些寡核苷酸对的相互作用模式(位置分布及可能的作用因子,如RAP1,ABF1和TAF等),获得了酵母基因上游与内含子之间可能存在的一些转录协同作用模式. 这些结果有助于对基因转录调控机制的认识.
- 张昆林张静罗静初
- 关键词：基因上游内含子酵母基因
- 酵母基因启动子序列结构与转录频率的关联性分析被引量：1
- 2010年
- 分别基于Markov链模型、频率分析和加权Markov链模型分析k-mer(主要考虑k=6的情形)在DNA序列中的使用情况,并以此定义模糊相对熵度量2个DNA序列结构的差异程度.将转录频率较低的启动子序列作为对照,分析其它转录频率不同的酵母基因启动子序列与对照序列中k-mer隶属度的模糊相对熵的变化,发现基因转录频率与模糊相对熵存在线性正相关关系.一般地,转录频率相差越大的基因,其启动子序列结构的差异越明显.这提示酵母基因启动子序列结构与基因转录频率有一定关联性.与Markov链模型和频率分析法比较,加权Markov链模型的模糊相对熵能更有效地度量基因启动子序列结构的差异.
- 胡俊潘志锋张静
- 关键词：酵母基因启动子
- 酵母基因上游序列中潜在的转录正调控位点分析被引量：7
- 2005年
- 前期研究表明,高效转录酵母基因内含子在序列长度、寡核苷酸使用、以及位置分布等方面都有着区别于低转录内含子的特征.进一步观察发现:上游基因间区域的序列长度与基因转录频率也有与内含子序列相同的现象,转录频率高的上游基因间序列一般都比转录频率低的长.对高效转录和低效转录上游基因间序列的寡核苷酸使用频率进行统计比较分析,抽提出高转录基因上游区可能的转录正调控元件.与酵母的所有非编码序列比较,这些可能的正调控元件基本上也是过表达的(over-represented),其中多数和实验所得的一些位点特征相吻合.这些元件富含G、C,这与内含子中可能的正调控元件在碱基组成上有一定的互补性.从这些特征看,高效转录基因上游的序列结构确实有利于基因的转录.
- 王秀荷张静
- 关键词：酵母基因上游
- 酵母基因内含子中二聚体寡核苷酸转录调控位点的统计分析被引量：4
- 2004年
- 对高效和低效转录酵母基因内含子序列中寡核苷酸的出现频率进行对照分析 ,结果显示高效和低效内含子序列的结构有差异 ,而且高效转录内含子序列含有较多潜在的转录因子结合位点 .观察实验获得的转录调控位点 ,发现许多调控位点不是相邻接的寡核苷酸 ,而是由一对保守寡核苷酸构成 ,这对寡核苷酸被一段长度固定的非保守区域间隔开 .于是对此形式的二聚体寡核苷酸 (dyad)在高效和低效内含子序列中出现的频率进行统计比较分析 ,抽提出在高效内含子组出现的频率显著高于在低效内含子组出现频率的二聚体寡核苷酸 ,分析这些二聚体寡核苷酸在两组内含子序列中的分布特征 ,并对照实验结果 。
- 胡俊张静
- 关键词：酵母内含子
- 果蝇核糖体蛋白基因中潜在转录协同作用模体的统计分析被引量：5
- 2010年
- 首先基于频率分析方法抽提出果蝇核糖体蛋白(RP)基因外显子上游直至第1个内含子结束的序列(称为启动子)中潜在的调控模体,这些模体中有85%与实验上的转录因子匹配.然后将抽提出的模体两两配对,运用超几何分布找出出现条数比例在RP基因中显著高于在背景启动子中的模体对,并进一步用K-S检验提取出它们在RP基因中的距离分布与背景距离分布有显著差异的模体对,这些模体对被认为具有转录协同作用.它们中的一部分与实验结果匹配.分析提取出的模体对在序列中的位置分布,发现它们主要的协同作用区域是上游区,而上游和内含子之间的协同作用也是一种重要的组合调控形式,同时发现模体对的模体间距离大部分位于300bp以内,并且在第一外显子附近较为集中.这些结果将有助于对RP基因转录调控机制的认识.
- 李慧敏胡俊张静
- 关键词：果蝇基因上游外显子内含子
- 酵母核糖体蛋白基因启动子序列的特征被引量：2
- 2008年
- 对酵母的有内含子和无内含子的核糖体蛋白(Ribosomal Protein,RP)基因启动子序列特征进行分析,结果发现两组基因在转录起始位点(transcription start sites,TSS)附近的序列组织有一些共同特征,但也有所不同;TSS上游寡核苷酸的使用有差异,在无内含子的RP基因上游探测到一些出现频率较高的寡核苷酸片段,它们也是有内含子RP基因的内含子中潜在的转录调控元件。对调控酵母RP基因的几个主要转录因子(如Rap1、Fhl1和Sfp1等)在启动子序列中的结合位点进行分析,发现虽然这三个因子的结合位点在转录起始位点上游的分布特征比较相似,但是它们的位置分布在有内含子的RP基因和无内含子的RP基因之间存在较大的差异。这些结果提示,有内含子的RP基因和无内含子的RP基因的转录调控机制可能有所不同。
- 李慧敏张静
- 关键词：核糖体蛋白基因启动子转录起始位点内含子酵母
