国家自然科学基金(30360066)
- 作品数：28 被引量：90H指数：7
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- ‘库尔勒香梨’脱萼组与宿萼组样品差异表达基因的筛选被引量：15
- 2015年
- 【目的】系统研究‘库尔勒香梨’脱萼组和宿萼组花器官的转录组表达情况,筛选2者之间的差异表达基因,为进一步阐明‘库尔勒香梨’萼片脱落与宿存分子机理奠定基础。【方法】采用Illumina高通量测序技术对‘库尔勒香梨’脱萼组和宿萼组代表样品进行测序,利用生物信息学方法筛选2者的差异表达基因和进行功能基因预测。【结果】Trinity法拼接后得到48 894条unigenes序列,从中选取了2组样品中共表达和单独表达的SPL转录因子进行了功能探究,发现3条unigenes可能与萼片发育有关。筛选的差异表达基因获得了Gene Ontology和KEGG数据库的注释,涉及植物激素信号转导、光合代谢、苯丙氨酸代谢、芳香族化合物合成、细胞发育等与萼片发育相关过程。【结论】筛出了2组样品的差异表达基因,获得了与萼片发育相关的基因及其对应的功能注释,为今后进一步研究‘库尔勒香梨’萼片脱落与宿存分子机理奠定了良好基础。
- 孙晓霞牛建新王博慧裴茂松李陈静曹福军
- 关键词：萼片转录组测序差异表达分析
- 基于高通量测序的技术检测梨树病毒被引量：3
- 2020年
- 【目的】研究运用基于高通量测序的技术检测梨树病毒,为梨树病毒的检测提供新方法。【方法】于2014年、2017年、2018年4月中旬采集库尔勒香梨花朵若干,分别进行转录组测序,将得到的序列经过转录本拼接、层次聚类和基因功能注释,筛选出注释为植物病毒的序列作为候选病毒序列。利用RT-PCR方法检测随机采集的香梨枝条样品,验证高通量测序结果的可靠性。【结果】根据3组转录组测序数据的生物信息学分析结果,分别对注释为来源于植物病毒的66、202和921条基因序列进行分析。3种梨树中已报道的病毒,分别是苹果茎痘病毒、苹果茎沟病毒和苹果褪绿叶斑病毒,以及梨树中未报道的芸薹黄化病毒。采用设计的特异性引物,通过RT-PCR技术对筛选出的4种病毒进行扩增验证,结果扩增出苹果茎痘病毒和苹果茎沟病毒的目的片段。【结论】高通量测序技术可作为检测梨树病毒的一种快速、有效手段。
- 杨洁萍周丽马丽全绍文覃阳牛建新
- 关键词：高通量测序RT-PCR病毒
- 新疆苹果树上苹果锈果类病毒(ASSVd)的检测与全序列分析被引量：1
- 2015年
- 【目的】检测并分析新疆223团场多年生苹果树上的苹果锈果类病毒。【方法】对采自新疆库尔勒223团的多年生苹果树的枝条、叶片、果实((果皮、种子))样品进行RNA提取,利用RT-PCR技术检测鉴定。【结果】(1)多年生的‘金冠’苹果树上检测到苹果锈果类病毒,得到4条克隆序列(ASSVd Y1:KC110858;ASSVd Y6:KC110859;ASSVd Y8:KC110860;ASSVd Y10:KC110861),所得序列与Gen Bank中已报道的国内外ASSVd序列同源性达85%以上。(2)序列比对可知,4条‘金冠’分离物序列之间只有3个碱基变异,与首次登录生物X17696有26个碱基变异,其中有4个碱基缺失和5个碱基插入,且变异多集中在类病毒序列的TL与TR区。【结论】通过序列分析比对,各寄主上的ASSVd分离物核酸序列变异较小,建立了优化的RT-PCR检测方法,为苹果树ASSVd的快速检测奠定了良好的基础。
- 孙晓霞王钰婷牛建新
- 关键词：苹果树
- 3种梨树病毒cDNA探针检测被引量：3
- 2006年
- 利用Biotin-16-dUTP标记的cDNA探针分子杂交检测分析了新疆梨树上的3种主要病毒(梨环纹花叶病毒、梨脉黄病毒、苹果茎沟病毒)并优化了杂交反应体系。结果表明,这3种病毒探针的检测灵敏度分别为5、10和10 pg。用文中的方法提取的RNA均能在10-3稀释后显色。该方法与RT-PCR方法对样品带毒状况的检测结果一致。
- 马兵钢牛建新张虎平
- 关键词：苹果茎沟病毒CDNA探针
- 利用原位RT-PCR技术检测库尔勒香梨中苹果茎沟病毒被引量：3
- 2008年
- 以已知带有苹果茎沟病毒的香梨的叶片为材料,研究了香梨病毒叶片石蜡切片IS-RT-PCR检测技术。应用了直接原位RT-PCR反应,简化了试验步骤,缩短了试验周期,确定了苹果茎沟病毒在叶片中的分布位置。试验中设置了多种阴性对照,结果表现为:阴性对照组织中均未显现蓝紫色,而阳性材料组织的一些细胞表现出明显的蓝紫色,说明苹果茎沟病毒在叶片中主要分布于细胞中的栅栏组织。
- 黄翯牛建新刘娜
- 关键词：库尔勒香梨苹果茎沟病毒
- 利用3′和5′RACE克隆新疆梨树苹果茎痘病毒末端序列被引量：1
- 2008年
- 采用RACE技术对库尔勒香梨苹果茎痘病毒进行研究,获得了梨树苹果茎痘病毒5′和3′末端序列。研究结果表明,本试验采用的3′和5′末端快速扩增技术(3′RACE和5′RACE技术)能很好地扩增苹果茎痘病毒的末端序列,分别获得了长度为329bp和367bp的片段,通过与NCBI核酸数据库中已经发表的序列NC-003462进行比对分析,发现梨树ASPV3′末端含有131个核苷酸非编码序列,具有poly(A)尾,5′末端含有34个核苷酸非编码序列,其同源性与已发表的序列分别为78%和84%,为获得梨树ASPV病毒全长基因组和基因组功能结构分析奠定了基础。
- 赵英牛建新
- 关键词：苹果茎痘病毒基因工程
- 生物素标记cDNA探针检测苹果锈果类病毒被引量：1
- 2008年
- 以含苹果锈果类病毒(ASSVd)全长序列的重组质粒PUC为模板DNA,加入ASSVd类病毒特异性引物,应用聚合酶链式反应技术(PCR)合成了生物素标记的cDNA探针,在斑点杂交反应中,探针最适使用浓度为1/10,探针检测感病的ASSVd类病毒的最大稀释倍数是1/100。利用制备的探针进行田间检测,结果与RT-PCR检测结果一致,阴性对照均无杂交信号出现。
- 赵英牛建新
- 关键词：CDNA探针苹果锈果类病毒
- 新疆桃树上苹果锈果类病毒(ASSVd)的检测与全序列分析
- 1983年,日本小金泽硕首次报道在病果中检出类病毒 RNA,随后中国学者(陈炜等,1986) 也从病树枝条上检出类病毒,测定明确了核糖核酸的碱基序列,并证明了这种病毒的致病性,至此才确认了苹果锈果病是由一种类病毒引起的病...
- 赵英牛建新
- 文献传递
- 利用两种方法检测苹果锈果类病毒被引量：4
- 2008年
- 以克隆ASSVd的部分序列,通过RT-PCR成功合成了地高辛标记的cDNA探针,提取苹果和梨树枝条的总RNA,用斑点杂交技术对其进行了检测试验,结果表明,探针具有很高的灵敏度和特异性。地高辛标记的cDNA探针不与阴性对照枝条RNA以及感染PBCVd、AFCVd、ADFVd枝条总RNA发生杂交,仅与感染ASSVd样品的总RNA杂交。
- 赵英牛建新
- 关键词：RT-PCR地高辛标记探针
- 利用原位杂交及原位RT-PCR技术检测梨树组织中苹果茎痘病毒的分布被引量：7
- 2008年
- 【目的】搞清苹果茎痘病毒在梨树组织中的分布,为茎尖脱毒提供直接的理论依据和技术支撑。【方法】以库尔勒香梨茎尖、叶片为材料,利用非放射性标记物地高辛(DIG),通过RT-PCR反应体系,合成了苹果茎痘病毒的cDNA探针,利用核酸探针斑点杂交检测方法对该探针特异性及灵敏度进行验证。研究制作了适合原位PCR及原位杂交的石蜡切片,利用原位反转录酶聚合酶链式反应(IS-RT-PCR)技术检测石蜡切片组织中苹果茎痘病毒RNA的定位及分布,并对影响实验结果的重要因素进行优化。【结果】梨树中的苹果茎痘病毒RNA阳性信号主要位于叶片的叶肉细胞、茎尖的外围皮层组织及相应的初生维管束。蛋白酶K消化时间以20 min为宜,要获得良好的扩增效果,RT反应体系中RNasin的量需大于0.2 U.μl-1,dNTPs大于0.4 mmol.L-1,SuperScriptⅡ在0.1～1.3 U.μl-1,引物在0.9μmol.L-1以上。PCR反应体系中适宜的退火温度为60℃,循环35次,引物浓度应在0.8～1.2μmol.L-1,LA Taq酶浓度大于0.5 U.100.μl-1。【结论】梨树茎尖顶端分生组织0.25 mm的区域为无病毒区域。
- 赵英牛建新
- 关键词：库尔勒香梨苹果茎痘病毒CDNA探针地高辛原位PCR
