水鳖科（Hydrocharitaceae）海菜花（Ottelia acuminata）是中国西南地区特有的水生单子叶植物.基于AFLP技术的磁珠富集快速分离技术（Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing Repeats,FIAS-CO）,共筛选出9对多态性引物并对3个居群45个个体进行分析.结果表明：三个居群的等位基因数目为1~3个,观测杂合度从0．000~0．933,期望杂合度从0．000~0．605.这些筛选出的微卫星引物将用于海菜花后续的谱系地理学和生态遗传学研究.
