北京市科技计划项目(H03023080590)
- 作品数：4 被引量：211H指数：3
- 相关作者：朱云平吴松锋贺福初薛晓芳吴宪明更多>>
- 相关机构：军事医学科学院北京蛋白质组研究中心沈阳农业大学更多>>
- 发文基金：北京市科技计划项目创新研究群体科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 一种可用于评估肽质量指纹谱数据的方法--反转错位数据库被引量：1
- 2008年
- 反转数据库常被用于估算大规模蛋白质组研究中串联质谱搜索数据库结果的可靠性。然而,对于经典的且现在依然在产出的肽质量指纹谱的数据,这种方法并不适用。为解决该问题,构建了另外一种随机数据库,称为反转错位数据库。这种数据库是在反转数据库的基础上,将序列中的K和R及其后的氨基酸交换位置(对于胰蛋白酶切割的结果)获得。这种处理避免了某些肽段因前后胰蛋白酶酶切位点氨基酸相同而在序列反转后质量依然不变,导致肽质量指纹谱法无法区分的问题。通过串联质谱和肽质量指纹谱测试数据的搜索结果,证明了这种方法同时适用于串联质谱和肽质量指纹谱的数据。这种方法扩大了经典反转数据库的适用范围,将对评估和整合串联质谱和肽质量指纹谱的数据具有重要意义。
- 吴松锋薛晓芳张纪阳应万涛马洁钱小红朱云平贺福初
- 关键词：蛋白质组肽质量指纹谱
- 密码子偏性的分析方法及相关研究进展被引量：187
- 2007年
- 密码子偏性是指生物体中编码同一种氨基酸的同义密码子的非均衡使用现象,由于这一现象与遗传信息的载体分子DNA和生物功能分子蛋白质相关联,所以具有重要的生物学意义;文章概述了密码子偏性研究方面的基本理论和常用分析方法,归纳了密码子使用分析的常用软件和提供在线分析网站,介绍了与密码子偏性相关的生物学领域及最新的研究进展,并对深入研究进行展望。
- 吴宪明吴松锋任大明朱云平贺福初
- 关键词：密码子偏性基因表达遗传密码
- 用EM算法改进鸟枪法蛋白质鉴定中的无标记定量方法被引量：12
- 2007年
- 蛋白质定量是探索疾病发生发展状况和寻找新药靶标的重要手段。在shotgun蛋白组学中,目前常用定量方法包括综合同位素标记后的质谱峰强度方法和无标记定量方法。根据数据类型无标记定量方法可以分为两类:基于鉴定蛋白的质谱数的方法和基于质谱峰强度的方法。本研究主要用EM算法改进基于鉴定蛋白质谱数的定量方法,并用免疫印迹实验获得的酵母全蛋白的丰度来验证EM算法改进后定量的有效性结果表明,改进后的质谱数和蛋白丰度的相关性比改进前有一定的提高。同时,利用这些数据对主要的几种基于鉴定蛋白的质谱数的模型进行了比较,发现PAI模型最好,SpS模型次之,emPAI模型最不适合于蛋白质定量。
- 薛晓芳吴松锋朱云平贺福初
- 关键词：EM算法鸟枪法
- 鸟枪法蛋白质鉴定质量控制方法研究进展被引量：11
- 2009年
- 鸟枪法串联质谱蛋白质鉴定策略由于其高可靠和高效率而被广泛应用于蛋白质组学研究中,这种方法直接对蛋白质混合物进行酶切,以肽段为鉴定单元,继而推导真实的样品蛋白质.由于利用质谱图推导肽段存在一定的假阳性率,而且直接对蛋白质混合物的酶切也导致了肽段和蛋白质之间关联信息的丢失,所鉴定的蛋白质难免存在部分不可靠结果.因此,蛋白质鉴定的质量控制在蛋白质组学研究中极为重要.蛋白质鉴定的质量控制包含两大类主要方法,其一为利用肽段进行蛋白质组装,当前最常用也被证明最有效的方法是使用简约原则,即用最少的蛋白质解释所有鉴定肽段,现有的方法可以分为布尔型和概率型,其二为鉴定蛋白质的可靠性评估,包括单个蛋白质鉴定置信度和蛋白质鉴定整体水平的假阳性率计算.综合各种可辅助蛋白质鉴定的先验信息,构建普适的概率统计模型,是目前蛋白质鉴定质量控制方法的发展趋势.
- 李宁吴松锋朱云平杨晓明
- 关键词：串联质谱蛋白质鉴定鸟枪法
