山东省自然科学基金(Y2008D51)
- 作品数：6 被引量：58H指数：6
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- 苹果内根-贝壳杉烯氧化酶基因的克隆及序列分析被引量：6
- 2011年
- 内根-贝壳杉烯氧化酶(KO)是赤霉素合成代谢的关键酶。以苹果(Malus×domestica Borkh.)品种富士(Fuji)为供试材料,应用同源克隆和RACE方法从其茎尖中克隆到KO的cDNA全长序列,命名为MdKO,GenBank登录号:AY563549,其长度为1 859 bp。MdKO的开放性阅读框(ORF)编码514个氨基酸残基,推断其相对分子量为58.9 ku,等电点为7.63。氨基酸同源性分析表明,MdKO与已报道的其他植物的KO氨基酸序列具有较高的相似性;氨基酸聚类分析表明,苹果和梨首先聚类,其次是葡萄;序列结构分析表明MdKO属于细胞色素超家族P450系,具有细胞色素P450的血红素结构域FXXGXRXCXG和跨膜结构域;亚细胞定位分析发现MdKO可能位于内质网膜上。
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- 关键词：苹果赤霉素
- 基于梨贝壳杉烯氧化酶基因PpKO序列的功能性SNP标记被引量：6
- 2012年
- 基于基因序列的功能性标记是基因分型、图谱定位和相关性状标记辅助选择的理想标记。以'矮生梨'×'茌梨'的梨杂交分离群体和9个梨栽培品种为试材,以梨赤霉素合成代谢途径的关键酶基因--贝壳杉烯氧化酶基因(PpKO)的cDNA序列为基础,设计5对PCR引物,通过高通量熔解曲线(high resolution melting,HRM)分析,筛选到可对基因进行良好分型的1对引物。通过对杂种后代和测试品种的测序分析表明,此对引物的扩增子是一个位于PpKO第8外显子上的长度为200bp的序列,从中共检测到两处单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)变化,且均为非同义cSNP。这两处SNP标记均可以作为适合高通量分析的遗传标记在遗传作图、基因定位或资源鉴定中加以利用。
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- 关键词：单核苷酸多态性
- 梨茎尖中PpKO基因表达量的实时荧光定量PCR分析被引量：9
- 2012年
- 以黄金梨不同发育时间的新梢茎尖为试材,应用实时荧光定量PCR技术,对18S rRNA、Actin、GAPDH和S19这4个常用内参基因在梨茎尖组织中的表达稳定性进行了评估。GeNorm软件分析显示,它们表达稳定度的平均值(M)依次是0.365,0.392,0.457和0.517,即表达稳定性从高到低的排序是:Actin>18S rRNA>GADPH>S19。选择Actin作为校正内参基因,对处于不同发育时期的新梢茎尖组织中贝壳杉烯氧化酶基因PpKO的表达量进行研究,发现该基因在新梢生长过程中出现2次表达高峰,基本与春梢、秋梢的快速生长期吻合,且秋梢中的表达量远高于春梢。
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- 关键词：内参基因
- 苹果组织总RNA提取方法的比较研究被引量：13
- 2010年
- 本试验以苹果品种富士(Fuji)为材料,采用Trizol法、改良的SDS法和改良的CTAB法提取其茎尖总RNA,并用OD260/OD280值和1.2%琼脂糖凝胶电泳检测RNA的产量、纯度和完整程度。结果表明:通过改变CTAB法的提取缓冲液组成,缩短LiCl和乙醇沉淀的时间,可在2～3h内得到质量好、产量高、反转录和RT-PCR效果好的总RNA,该法是一种快速有效的适宜苹果组织总RNA提取的方法。
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- 关键词：苹果总RNART-PCR
- 利用高分辨率熔解曲线(HRM)分析梨微卫星标记被引量：10
- 2011年
- 以西洋梨(Pyrus communisL.)‘NainVert’的一个矮生型实生系与‘茌梨’(Pyrus bretschneideri Rehd.)的F1杂交群体为试材,对分别源自梨和苹果基因组的4个微卫星(即SSRs)序列多态性进行了高分辨率熔解曲线(high resolution melting,HRM)分析。结果显示,在测试群体中,TsuENH042和Hi15a13存在两种分型,TsuENH081存在3种分型,而Hi08d09只有1种类型。因此,HRM分析技术可以作为筛查果树微卫星标记多态性或对其进行基因分型的有效手段在相关研究中加以应用。
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- 关键词：微卫星
- 梨贝壳杉烯氧化酶基因PpKO的克隆及生物信息学分析被引量：24
- 2010年
- 以黄金梨(Pyrus pyrifolia Nakai)茎尖为试材,应用同源克隆和RACE方法从梨茎尖中克隆到赤霉素合成代谢的关键酶:内根-贝壳杉烯氧化酶(KO)基因cDNA的全长序列,命名为PpKO,GenBank登录号为:HM003112,其长度为1752bp。PpKO的开放阅读框(ORF)编码515个氨基酸,相对分子量为59.007kD,等电点为7.19。氨基酸同源性分析表明,PpKO与已报道的其它植物的KO氨基酸序列具有59.4%～95.9%相似性;氨基酸聚类分析表明,梨和苹果首先聚类,其次是草莓;生物信息学分析表明:PpKO含有细胞色素P450核心功能域FXXGXRXCXG和氨基端的跨膜结构域。
- 李节法田义轲王彩虹田伟宋伟殷豪
- 关键词：生物信息学分析
