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蛋白质芯片在蛋白质组学研究中的作用被引量：4: 2005年; 蛋白质芯片是以高度并行性、高通量、微型化和自动化为特点的蛋白质组检测技术。本文综述了蛋白质芯片在蛋白质组学研究中的多种作用,包括普通蛋白质芯片在微量蛋白质分离、蛋白质与蛋白质之间以及蛋白质与其他小分子间相互作用和蛋白质定量检测方面的作用,普通蛋白质芯片通过与质谱技术、生物传感器技术的结合而拓展其应用范围,以及蛋白质组芯片、活性的蛋白质芯片在蛋白质组学研究中应用的进展。; 费嘉马文丽郑文岭; 关键词：蛋白质芯片蛋白质组学

基因芯片技术检测丁型肝炎病毒的研究被引量：5: 2004年; 目的制备检测丁型肝炎病毒(HDV) 基因芯片。方法针对HDV基因保守区域设计多对PCR引物。用芯片点样仪将PCR产物点到玻片上制成基因芯片。样品标记采用限制性显示技术,样品标记后进行杂交。结果运用PCR技术得到多个HDV特异性基因片段,序列分析表明,所扩增的片段均属于HDV特异基因。杂交结果显示,样品和HDV诊断基因芯片杂交的敏感性和特异性均佳。结论用基因芯片检测HDV具有敏感、高效、检测结果可靠的优点,有着较大的应用前景。; 孙朝晖郑文岭张宝石嵘马文丽; 关键词：基因芯片技术丁型肝炎病毒敏感性特异性

bcr-abl基因沉默对相关基因表达的影响被引量：2: 2005年; 目的运用RNAi技术,研究使bcr-abl基因沉默后相关基因表达变化。方法针对bcr-abl基因的融合位点设计siRNAs,用脂质体法转染K562细胞,进行细胞计数及流式细胞仪检测,观察干扰效果,应用RT-PCR检测相关基因表达变化。结果转染组与对照组相比,细胞数减少,有明显的细胞凋亡,bcr-abl,N-ras,c-myc基因的mRNA表达量降低。结论运用RNAi技术,可以有效地诱导细胞凋亡,抑制相关基因的表达,为研究CML的发生机制奠定基础。; 宋艳斌马文丽冯春琼毛向明石嵘张宝燕翔岳峰宋海星郑文岭; 关键词：基因沉默相关基因表达 MRNA表达量 SIRNAS MYC基因脂质体法

炭疽杆菌保护性抗原基因芯片探针的制备: 2003年; 目的快速制备炭疽杆菌保护性抗原基因芯片探针。方法根据PubMed上公布的炭疽杆菌保护性抗原的DNA序列设计引物,扩增保护性抗原基因。利用酶切、AT克隆方法快速分析筛选出保护性抗原基因片段的重组子,从而制备成芯片探针。DNA自动分析仪对克隆片段进行序列测定,生物信息学软件对其基因序列进行分析。结果根据炭疽杆菌保护性抗原设计的引物,可以扩增出长2 205 bp的保护性抗原基因,经酶切、AT克隆方法筛选出约7个长度不一的片段,对其片段进行序列测定并进行Blast序列比对得知这些片段均属于炭疽杆菌保护性抗原基因。结论利用PCR扩增产物并结合酶切、AT克隆方法可以快速、简便地制备基因芯片探针。; 马晓冬马文丽吕梁肖维威孙朝晖郑文岭; 关键词：炭疽杆菌保护性抗原

应用限制性显示技术制备HCVcDNA诊断基因芯片的初步研究被引量：5: 2005年; 制备丙型肝炎病毒 (HCV)检测芯片并进行验证、初步检测质量评价。采用限制性显示 (Restrictiondisplay ,RD)技术制备芯片探针 ,从载体pCV_J4L6S中切出HCV全长cDNA ,Sau3AⅠ酶消化 ,所得的限制性片段进行RD_PCR扩增 ,经聚丙烯酰胺电泳 (PAGE)结合银染法进行分离。切胶回收后作 3次PCR ,得到较纯净的HCVcDNA限制性片段。扩增后的产物克隆至pMD18_T载体进行快速鉴定。将筛选出的限制性片段打印在氨基修饰的玻片上制备成检测芯片进行杂交验证分析 ,对芯片检测进行优化、初步的质量评估。运用RD技术 ,得到 2 4个 2 0 0～ 80 0bp、大小均一的基因片段 ,序列分析表明 ,均属于HCV特异基因 ,可以作为诊断芯片探针 ;杂交、测序结果显示 ,芯片检测的敏感性、特异性、准确度、重复性、线性等指标均佳。利用RD技术制备基因芯片探针是一种快速、简便的实用方法 ;制备的诊断芯片可以用于检测HCVRNA ,具有敏感、检测结果较为可靠的优点。; 孙朝晖郑文岭彭翼飞张宝马文丽; 关键词：丙型肝炎病毒分子探针基因芯片杂交

利用RD技术对HCV-1b基因片段的克隆与分析被引量：1: 2004年; 目的 :利用限制性显示 (RD)技术对丙型肝炎病毒 1b亚型 (HCV 1b)基因片段进行克隆与分析。方法 :用限制性内切酶Sau3AⅠ消化HCV 1bcDNA ,所得的限制性内切酶片段物进行RD PCR扩增 ,扩增后的产物克隆至 pMD18 T载体并进行快速鉴定。结果 :得到 2 0个大小均一 (2 0 0～ 10 0 0bp)的限制性片段 ,测序结果表明 ,属于HCV 1b基因。结论 :RD技术能快速收集大量长度适宜、大小相对均一的病毒基因片段。; 孙朝晖郑文岭彭翼飞张宝马文丽; 关键词：HCV-1B B基因限制性内切酶 B亚型片段 T载体

阿尔茨海默病关于年龄因素的差异基因表达分析被引量：6: 2015年; 目的分析阿尔茨海默病(AD)随年龄增长表达变化的基因。方法通过Qlucore Omics Explorer(QOE)软件分析数据库Gene Expression Omnibus(GEO)中的GSE36980和GSE53890数据集,在严格的统计学设定前提下,以两组比较和线性回归方式,选出阿尔茨海默病和年龄相关的基因,并用在线工具DAVID进行Gene Ontology(GO)功能富集分析。结果筛选出20个和年龄相关的阿尔茨海默病差异基因。GO功能富集分析表明,这些基因涉及的生物学过程有蛋白质代谢、细胞周期和神经代谢调控;涉及的细胞组成包括轴突,质膜,突触,细胞骨架,胞内无膜结构细胞器;涉及的分子功能为嘌呤核苷酸结合蛋白和金属离子结合蛋白。结论 PDE2A等20个基因随个体年龄增高,其基因表达降低,提示其不仅与神经系统的衰老程度相关,而且可能与阿尔茨海默病的发病机理相关。; 冀开元马文丽郑文岭; 关键词：阿尔茨海默病年龄基因表达生物信息

丙型肝炎病毒相关性肝细胞癌的基因表达分析: 2016年; 目的分析慢性丙型肝炎发展为肝细胞癌(HCC)过程中的差异表达基因谱。方法以GEO数据库的基因表达谱数据GDS4880、GDS4887为分析材料,采用Qlucore Omics Explorer 3.0软件筛选慢性丙型肝炎与丙型肝炎病毒(HCV)相关性肝细胞癌芯片数据的差异表达基因,结合生物信息学工具PANTHER、DAVID、STRING、Cytoscape对差异表达基因及其相互作用关系进行分析。结果筛选出共差异表达基因328个,其中上调表达133个,下调表达195个。这些差异表达基因主要涉及代谢过程、生物调节、定位等生物过程,p53信号通路、胰岛素信号通路、磷脂酰肌醇信号系统、细胞凋亡等信号通路。差异表达基因编码蛋白间的相互作用主要集中在14个蛋白质(CYP2B6、CYP2E1、AKT1、CDK16、RELA、CDC27、PIK3CA、GNB1、FOXO1、FYN、PDPK1、SCAND1、SGOL1、RPH3AL)。结论 CYP2E1等14个基因可能与HCV相关性肝细胞癌的发生发展相关。; 王凤孙朝晖马文丽郑文岭; 关键词：肝细胞癌生物信息学基因表达 OMICS EXPLORER软件

应用cDNA文库法制备HCV-1诊断芯片探针: 2004年; 目的　探讨利用cDNA文库法制备丙型肝炎 (HCV -1)诊断基因芯片探针的可行性。方法　用限制性内切酶Sau3AⅠ消化HCV 1a及 1b全长cDNA ,所得的酶切片段 72℃补平加A ,AT克隆 ,PCR初步鉴定 ,并测序。结果　HCV两个亚型 1a、1b的全长cDNA得到 5 7个大小相对一致 ( 2 0 0 -10 0 0bp)的片段 ,平均每个亚型约 2 8个 ,PCR及序列分析表明 ,所扩增的片段均属于HCV -1的特异基因 ,可做为HCV -1诊断基因芯片探针。结论　利用cDNA文库法收集片段是一种快速。; 孙朝晖郑文岭彭翼飞张宝马文丽; 关键词：丙型肝炎分子克隆

基因表达谱芯片杂交影响因素的初步研究被引量：9: 2004年; 通过对K562细胞基因表达谱芯片杂交影响因素的研究表明,用限制性显示技术[1]制备的cDNA探针长度较均一,适合基因芯片杂交;在42℃条件下含甲酰胺的杂交液中杂交16～20h,可保证样品的有效杂交,并表现出很好的杂交特异性;用RD-PCR或线性PCR对少量样品进行扩增,并用荧光(Cy3或Cy5)标记的通用引物对样品进行标记,可提高芯片检测的灵敏度;一次杂交反应总RNA的用量仅需0.5～10μg,在每cm2约含1000～1500个点的阵列中杂交时,标记样品用量1～2μg为宜;用PCR产物纯化柱对荧光标记产物进行纯化,可大大减小背景荧光,提高信噪比;同一批芯片经同一样品杂交结果的重复性很好,相关系数高达97.8%.; 祝骥马文丽李凌毛向明郑文岭; 关键词：K562细胞基因芯片基因表达谱杂交

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