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国家教育部博士点基金(20050126003)

作品数：13 被引量：20H指数：3
相关作者：刘国庆王芳平李瑞芳钟智赵朝霞更多>>
相关机构：内蒙古大学内蒙古农业大学内蒙古科技大学更多>>
发文基金：国家教育部博士点基金国家自然科学基金内蒙古自治区自然科学基金更多>>
相关领域：生物学更多>>

文献类型

  • 12篇期刊文章
  • 1篇会议论文

领域

  • 13篇生物学

主题

  • 6篇基因
  • 6篇基因组
  • 5篇蛋白
  • 3篇密码
  • 3篇进化
  • 3篇核糖
  • 2篇人类基因
  • 2篇人类基因组
  • 2篇重组率
  • 2篇自然选择
  • 2篇外显子
  • 2篇线虫
  • 2篇协同进化
  • 2篇内含子
  • 2篇进化分析
  • 2篇类基因
  • 2篇回文结构
  • 2篇基因组进化
  • 2篇核蛋白
  • 2篇核糖核蛋白

机构

  • 13篇内蒙古大学
  • 1篇内蒙古师范大...
  • 1篇天水师范学院
  • 1篇内蒙古科技大...
  • 1篇内蒙古农业大...

作者

  • 7篇刘国庆
  • 5篇王芳平
  • 3篇李瑞芳
  • 2篇赵小庆
  • 1篇崔向军
  • 1篇应智强
  • 1篇王志坚
  • 1篇钟智
  • 1篇赵朝霞

传媒

  • 4篇内蒙古大学学...
  • 4篇生物物理学报
  • 3篇生物信息学
  • 1篇科学通报

年份

  • 1篇2012
  • 1篇2010
  • 5篇2009
  • 4篇2008
  • 2篇2007
共 13 条 记 录，以下是 1-10
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排序方式：
线虫核糖核蛋白编码序列与内含子的协同进化分析
＜正＞已知内含子参与基因的组织特异表达、蛋白质变异、基因转录等多种生物学过程,内含子进化也是基因组进化的重要组成部分。Halligan等研究表明内含子5’端8bp和
赵小庆李宏
关键词：线虫内含子外显子协同进化
文献传递
厌氧性粘菌基因组中密码对的使用
2010年
分析了厌氧性粘菌(Anaeromyxobacter_dehalogenans_2N-C)基因组中密码对的使用,发现其全基因组中有5.2%的密码对模式是缺失的.分析结果表明其密码对的偏好至少可能是四个方面压力的结果:(1)基因组局部的及整体的GC含量,(2)密码对中二核苷酸的组分,(3)氨基酸的亲疏水性,(4)基因组中二肽的保守水平。
王芳平李宏王志坚刘国庆
关键词：二核苷酸氨基酸二肽
组蛋白修饰组合模式研究进展
2012年
核小体是染色质的基本结构单位,核小体组蛋白N末端尾部可以发生甲基化、乙酰化等多种共价修饰.组蛋白密码假设多种组蛋白修饰以组合方式发挥作用.自组蛋白密码假设被提出后,组蛋白修饰组合模式成为表观遗传学领域的重要研究内容.在染色质免疫沉淀基因芯片和免疫沉淀高通量测序等相关实验数据的基础上,多种算法被用于研究组蛋白修饰的组合.文章介绍了组蛋白修饰的发生、位点、相关修饰酶以及生物学功能,对组蛋白修饰组合以及与基因表达关系的研究进行了总结,同时对组蛋白修饰组合模式一些适用的研究方法做了概述和分析.
崔向军李宏
关键词：组蛋白修饰因果关系聚类
线虫核糖核蛋白编码序列与内含子的协同进化分析
2009年
已知内含子参与基因的组织特异表达、蛋白质变异、基因转录等多种生物学过程,内含子进化也是基因组进化的重要组成部分。
赵小庆李宏
关键词：线虫内含子外显子协同进化
人类核糖体蛋白加工假基因在进化中的熵变
2007年
用生物信息学方法计算出人类核糖体蛋白加工假基因(RP加工假基因)的进化距离.假定在统计意义上,不同进化距离的假基因可粗略代表假基因的进化历程.在此假定基础上从信息论的角度去研究假基因在进化中的熵变.结果发现,1)假基因序列的紧邻碱基关联随进化逐步增强;2)k-mer信息熵中,小k-mer(k=1,2,…,5)信息熵随进化减少,大k-mer(k=7,8)信息熵随进化先迅速减少,随后增加;3)关联信息熵随进化减少,其中紧邻碱基关联信息熵的减少幅度最明显.这些可能与背景突变压力作用有关.
刘国庆李宏王芳平应智强
加工假基因演化过程中的两种信息流
2009年
定义描述DNA序列组分差异性和碱基关联的两个参数,分析了人类加工假基因演化过程中其组分信息和碱基关联信息的变化特征,发现随时间的推移,加工假基因的组分逐步向其侧翼序列漂移,紧邻碱基关联逐步增强。这表明本研究所得参数可很好地用来表征加工假基因的突变信息。
刘国庆李宏赵朝霞
关键词：碱基关联
人类基因组中加工假基因分布与重组率和基因密度的关系被引量：4
2008年
分析了人类加工假基因在染色体上的分布,发现加工假基因密度与重组率负相关,而与基因密度正相关。加工假基因在低重组区的积累与插入有害模型和异位重组模型相吻合:在插入有害模型下,低重组区的选择强度由于Hill-Robertson干涉而变弱,所以加工假基因较多地插入到低重组区;在异位重组模型下,同源加工假基因家族(包括同源祖先基因)之内可能发生异位重组而对机体造成危害,所以加工假基因在高重组区的插入受到较强的负选择,导致加工假基因较多地分布在低重组区。除以上两种模型以外,加工假基因还可能通过降低重组率的方式对加工假基因密度与重组率的负相关有所贡献。加工假基因偏好分布在基因密区,这可能与异位重组在该区较少发生有关。
刘国庆李宏
关键词：重组率自然选择
5′UTR中AUG的分布及其对翻译起始的影响被引量：1
2008年
以细菌和古菌基因组5′UTR序列作为研究对象,分析在5′UTR的3个不同阅读框架中三联体AUG的分布,发现无论是细菌还是古菌基因组都在阅读框1中有非常明显的AUG缺失(depletion)。AUG的缺失表明在起始密码子上游的AUG很可能会对基因的翻译起始产生影响。分析得知:绝大部分的AUG都是以uORF(upstream open reading frame)的形式出现的,uAUG(upstream AUG)的数量很少,特别是在阅读框1中,而且在细菌基因组的阅读框1中uAUG较多地出现在了含有SD序列的基因上游。比较发现,uAUG引导的序列在同义密码子使用上的偏好性较真正的编码序列差,这可能表明细菌和古菌在同义密码子使用上的偏好性也是决定基因准确地翻译起始的重要因素之一。
钟智李宏
关键词：翻译起始基因组
人类基因组中减数分裂重组对二核苷偏好性的影响被引量：5
2009年
二核苷相对丰度谱是反映基因组整体水平上的选择压力或突变偏好性的"基因组指纹",它在基因组进化研究、系统发生分析中发挥着独特而重要的作用.因此,揭示基因组指纹的形成和进化的压力是基因组进化研究的重要内容之一.本文着重研究人类基因组中二核苷偏好性和减数分裂重组率的关系.结果发现,在整个基因组范围内编码序列的总体二核苷偏好性与重组率显著负相关,而对非编码序列来说却显著正相关.另外,本研究给出了特定二核苷偏好性与重组率的关联模式,并讨论了重组率与二核苷偏好性的相互作用机理.结果表明,重组对基因组指纹的形成与进化有着重要的作用.
刘国庆李宏
关键词：重组率基因转换自然选择
爱滋病病毒全序列回文结构的研究被引量：1
2008年
统计分析了爱滋病病毒全序列中中间间隔S从0到100、侧翼序列长度L从4开始的所有回文结构,通过分析不同S、L的回文结构的频数以及AT含量,发现回文结构的AT含量普遍高于全序列的AT含量.有三种辅助蛋白(Vif、Vpu、Nef)存在于病毒颗粒内,我们找出编码这三种蛋白的DNA序列,并统计出它们的回文结构,分析它们的AT含量及回文数密度(平均每1000个碱基中包含的回文数),并与丙型肝炎病毒序列回文结构进行对比.发现编码Vpu(HIV-1特有的蛋白)蛋白序列的回文结构在AT含量,和回文数密度方面均显示其特性.由此推测高AT含量的回文结构在HIV-1中起到重要作用.
李瑞芳李宏刘国庆王芳平
关键词：回文结构艾滋病病毒辅助蛋白
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