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问号钩端螺旋体GGDEF和EAL/HD-GYP结构域蛋白生物信息学分析被引量：1: 2016年; 目的分析问号钩端螺旋体(钩体)环二鸟苷酸(Cyclic dimeric-GMP,c-di-GMP)调节相关的GGDEF和EAL/HD-GYP结构域蛋白生物信息学结果,为后续的功能研究奠定基础。方法 PSI-BLAST方法分析编码GGDEF和EAL/HDGYP结构域蛋白的基因;利用相应生物信息学软件对蛋白信号肽序列、跨膜序列、蛋白结构、同源性进行分析并构建目的蛋白进化树。结果问号钩体中22个蛋白分别含有GGDEF或EAL/HD-GYP结构域,多数蛋白均有感受器结构域和跨膜区。7个具有PAS输入感受器的GGDEF结构域蛋白进化较为独立,位于单独的一个分支,其余6个GGDEF结构域蛋白则分散在不同的分支上。4个EAL结构域蛋白和2个HD-GYP结构域蛋白进化上也较为独立,分别处于同一进化分支。3个GGDEF和EAL结构域耦合的蛋白在进化关系上更趋向于PDE活性蛋白。结论钩体具有多拷贝的合成和降解c-di-GMP相关蛋白编码基因,表明在钩体中c-di-GMP网络具有高度复杂性,同时反映出钩体对环境条件的改变具有复杂的应对机制。; 丁士标肖国辉孔亮亮严杰林旭瑷; 关键词：问号钩端螺旋体鸟苷酸环化酶

环二鸟苷酸信号系统研究进展被引量：3: 2014年; 所有生命体都会通过信号转导感应环境改变，并反映在代谢、生理及行为适应等方面。这些调控网络非常复杂，并依赖于许多不同组分之间的相互作用来协调产生适合的生化反应，其中一个重要的成分即是第二信使分子，第二信使通过细胞表面受体感受第一信使信号并传递给细胞内大分子。在细菌中c-di-GMP是参与调控细菌主要生理功能的第二信使分子之一，是由两分子的GTP在鸟苷酸环化酶作用下形成。生物信息学分析发现编码 c-di-GMP的基因广泛分布于原核生物尤其是革兰氏染色阴性的细菌中。; 王昭圆冯兆瑾金蕾严杰林旭瑷; 关键词：鸟苷酸环化酶信号系统信使分子细胞表面受体环境改变

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浙江省自然科学基金(LY12H19007)