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检测重金属离子生物传感器的研究进展被引量：7: 2013年; 重金属污染广泛存在于环境中,它能通过生物富集作用对动植物及人类产生危害。利用分析化学方法检测重金属离子对其生物危害缺乏直接检定,生物传感器检测重金属离子吸引了越来越多的研究兴趣。对检测重金属离子的各种生物传感器进行介绍,并分析各种生物传感器的特点,指出依靠先进的生物技术研究方法和成果、了解生物传感器生物敏感材料的结构和功能,进一步开发能够自动操作的便携生物传感器是能够满足重金属污染检测要求的方法。; 王明华赵二劳李杜娟; 关键词：重金属离子生物传感器

分子对接模拟研究青霉素检测免疫传感器的抗体识别性能被引量：1: 2013年; 运用"Discovery Studio软件包(version 2.1)/LigandFit模块对氨苄青霉素及其抗体的相互作用进行单分子水平的模拟研究,并对pH的影响进行探讨,以辅助研究开发经济适用的青霉素残留快速检测免疫传感器。结果表明LigandFit筛选出的相互作用构象与PDB数据库中记录的免疫复合物构象信息在结合区域、结合方式等方面可以相吻合;对于不同pH时蛋白-配体相互作用,氨苄青霉素及氨苄青霉素抗体之间的相互作用在亲和力、配体内部能量及构象间的均方根偏差(RMSD)方面具有一定差异,在模拟的条件下偏酸性条件有利于抗体与氨苄青霉素的特异性结合,以pH5.0最适。模拟结果的有效性和适用性需要进一步通过分子动力学模拟进行比较、确定,及在模拟结果的指导下进行相关试验验证。; 王明华赵强赵二劳李杜娟; 关键词：青霉素抗体分子对接 PH

分子对接比较随机RNA片段与同源建模蛋白及其模板的相互作用被引量：1: 2017年; 为了促进开发大肠杆菌O157∶H7快速检测适体生物传感器,对其鞭毛蛋白紧密黏附素以肠致病性大肠杆菌紧密黏附素为模板,进行空间结构同源建模并作为目标抗原,用不同对接方法模拟预测研究比较其与随机RNA序列的相互作用。方法可行性通过模拟研究已知亲和性同一RNA适体与不同物种凝血酶相互作用论证。结果表明,不同随机RNA序列与不同菌株的紧密黏附素空间相互作用的位点预测有一定差异,说明针对不同蛋白质进行高亲和适体筛选具有一定的可行性。分子对接研究表明因不同长度RNA所形成空间结构不同,而与大肠杆菌O157∶H7紧密黏附素结合位点存在一定差异、与PRIdictor预测位点结果接近;具有不同RNA结构模体的片段对紧密黏附素的亲和力不同,有从不同片段中筛选高亲和力的RNA适体的可能。分子模拟进一步研究RNA-紧密黏附素相互作用的方法具有一定的可行性,将有助于进一步通过设计合成RNA改进适体筛选、研发的相关生物技术推广,以及应用创新。; 王明华李杜娟; 关键词：大肠杆菌O157:H7 分子对接

分子模拟研究不同随机RNA片段适体与大肠杆菌紧密黏附素的相互作用被引量：1: 2016年; 为了促进开发大肠杆菌快速检测适体生物传感器,通过对已知RNA-蛋白质相互作用原理和复合物结构的分析,在对相关文献资料和基于分子模拟技术的网络资源充分了解的基础上,模拟预测研究了随机RNA序列与肠致病性大肠杆菌紧密黏附素蛋白的相互作用。结果表明,RNA高级结构主要依赖于其一级结构的序列信息。NPDock模拟不同随机RNA序列与紧密黏附素相互作用时,不同长度RNA序列均可与紧密黏附素发生相互作用,但作用位点和相互位置有一定差异;对于相同长度不同排布的RNA序列,相互作用的差异性主要与序列排布信息有关。对于分子模拟研究RNA-紧密黏附素相互作用方法的可行性,通过RNA-蛋白质相互作用位点在线预测方法(PRIdictor)进行验证,结果表明,预测出的蛋白质、RNA相互作用位点均位于相互作用预测结构的接触面上,说明对于RNA-蛋白质相互作用的模拟预测研究方法具有一定的可行性,将有助于通过设计合成RNA改进适体筛选、研发的相关生物技术推广,以及应用创新。; 王明华李杜娟; 关键词：分子模拟

大肠杆菌O157:H7紧密黏附素空间结构建模研究被引量：1: 2015年; 肠出血性大肠杆菌O157:H7紧密黏附素是一种致病性相关的跨膜蛋白,C端区域具有免疫原性。本研究以肠致病性大肠杆菌的紧密黏附素C端空间结构为模板,利用Build Homology Models同源建模构建目标序列——肠出血性大肠杆菌O157:H7紧密黏附素,C端区域的部分空间结构模型。对模型空间结构的合理性通过Verify-3D程序进行评估,Ramachandram图谱和残基相容性评分结果显示,构建出的模型结构合理,各氨基残基的空间排布整体相容性较高.模型多为β型结构,非球状,本研究可为进一步通过空间结构模型进行特异性抗体、适体的设计以及筛选提供理论基础。; 王明华李杜娟; 关键词：肠出血性大肠杆菌O157:H7 免疫原性同源建模

计算机模拟在优化核酸适体筛选分析流程中的应用研究: 2018年; 通过分析列举成功筛选应用实例及研究新趋势,对计算机模拟辅助虚拟筛选核酸适体方法的适用性、程序性、必要性进行综述和分析,为计算机虚拟筛选技术推动核酸适体的开发和应用提供新的思路。; 王明华李杜娟; 关键词：适体分子模拟

分子模拟研究蛋白质β-折叠区结合随机RNA片段被引量：1: 2015年; 选取来源于大肠杆菌O157:H7全基因组DNA序列随机转录的3条RNA片段,通过RNAComposer进行结构预测,30个核苷酸的RNA片段均形成了特定的空间结构,构象与碱基排列的序列特异性有关。NPDock可用于RNA-蛋白质相互作用的分子模拟预测,蛋白质的β-结构相对α-螺旋更容易裸露出特定氨基残基的特异性侧链基团,从而易于结合抗原等配体。; 王明华李杜娟; 关键词：相互作用

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国家自然科学基金(31201367)