国家科技重大专项(2009ZX09501-002)
- 作品数：3 被引量：6H指数：1
- 相关作者：张亮仁金宏威刘振明柯艳蓉林文翰更多>>
- 相关机构：北京大学更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生理学更多>>
- 海绵中提取的异臭椿萜类化合物作用靶标的识别被引量：1
- 2011年
- 采取了包括化学结构相似性学习、靶标聚类分析以及反向对接筛选等多种方法在内的综合性策略,尝试对中国南海海绵中提取得到的异臭椿萜类化合物进行生物学活性和作用靶标的预测.结果表明:这类化合物具有治疗心肌缺血和抗肿瘤的潜在生物学活性;表皮细胞生长因子受体(EGFR),焦点(局部)粘着斑激酶(FAK),胰岛素样生长因子1受体(IGF1-R),c-Src激酶以及血管表皮生长因子受体2(VEGF-R2)是这类化合物可能的作用靶标.IC50值从0.41g·m-3(0.41μg·mL-1)到9.8g·m-3(9.8μg·mL-1)不等.活性数据显示这些海绵提取的海洋天然产物可作为先导化合物,通过进一步的优化获得新的药物.同时还讨论了化合物与预测靶标的结合模式,结果显示四个化合物都与相应的受体有较好的结合.
- 田然刘振明金宏威张亮仁林文翰
- 关键词：抗肿瘤活性
- 基于结合位点的辅酶A结合蛋白家族的分类被引量：1
- 2011年
- 发展了一种基于分子相互识别的蛋白质分类方法,应用数据挖掘策略与统计学聚类,根据辅酶A(coenzyme-A,CoA)结合蛋白的结合模式特征数据,通过对比和分析多种分类方法对该体系的分类准确度,对这类体内重要的蛋白进行了分类方法学研究,选择了最优的两步聚类法.本研究工作设计和建立了一个分类参数,可以简洁有效地评价出各个结合特征的显著性与重要性,并以此为依据从所有特征中筛选出决定性的特征变量.研究结果所得到的CoA结合蛋白的三个分类,都具有显著的氢键与疏水结合特征;CoA可以与多个生物活性关键氨基酸残基形成氢键作用.这些相互作用的共性及分类上的差异,说明了配体与不同受体相互作用过程中结合模式上的细微差别,对于以CoA结合蛋白为靶点的选择性调控分子设计具有重要的参考意义与指导作用.
- 樊迪刘振明金宏威张亮仁
- 关键词：辅酶A聚类分析
- A_1腺苷受体的同源模建及其结构验证被引量：4
- 2010年
- 采用同源模建的方法构建了A1腺苷受体的三维结构,并与拮抗剂分子DPCPX对接,将得到的复合物结构进行5 ns的分子动力学模拟,以最后2 ns的平均结构和平衡后抽取的11帧构象共12个蛋白结构为研究对象,用包含52个活性分子和1000个诱饵分子的测试库,分别通过DOCK、VINA和GOLD三种对接软件进行评价,最终得出合理的蛋白质模型.根据top10%的富集因子(EF)和ROC曲线下面积(AU-ROC)的计算结果,我们认为GOLD是最适合A1腺苷受体的对接软件,而12个蛋白质结构中F5和Favg的三维结构模型比较合理,可以作为进一步大规模虚拟筛选的模型.
- 柯艳蓉金宏威刘振明张亮仁
- 关键词：分子动力学模拟同源模建GOLD
