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国家自然科学基金(20802006)

作品数:3 被引量:2H指数:1
相关作者:刘振明张亮仁金宏威林文翰田然更多>>
相关机构:北京大学更多>>
发文基金:国家自然科学基金国家科技重大专项更多>>
相关领域:理学医药卫生更多>>

文献类型

  • 3篇期刊文章
  • 1篇会议论文

领域

  • 2篇医药卫生
  • 2篇理学

主题

  • 1篇蛋白
  • 1篇蛋白家族
  • 1篇药效团
  • 1篇抑制剂
  • 1篇三萜
  • 1篇三萜类
  • 1篇三萜类化合物
  • 1篇受体
  • 1篇受体抑制
  • 1篇受体抑制剂
  • 1篇肿瘤
  • 1篇肿瘤活性
  • 1篇萜类
  • 1篇萜类化合物
  • 1篇位点
  • 1篇瘤活性
  • 1篇结合位点
  • 1篇聚类分析
  • 1篇抗肿瘤
  • 1篇抗肿瘤活性

机构

  • 4篇北京大学

作者

  • 4篇刘振明
  • 3篇张亮仁
  • 2篇金宏威
  • 1篇樊迪
  • 1篇田然
  • 1篇郑铮
  • 1篇林文翰

传媒

  • 2篇物理化学学报
  • 1篇Journa...
  • 1篇第十届全国计...

年份

  • 3篇2011
  • 1篇2009
3 条 记 录,以下是 1-4
排序方式:
海绵中提取的异臭椿萜类化合物作用靶标的识别被引量:1
2011年
采取了包括化学结构相似性学习、靶标聚类分析以及反向对接筛选等多种方法在内的综合性策略,尝试对中国南海海绵中提取得到的异臭椿萜类化合物进行生物学活性和作用靶标的预测.结果表明:这类化合物具有治疗心肌缺血和抗肿瘤的潜在生物学活性;表皮细胞生长因子受体(EGFR),焦点(局部)粘着斑激酶(FAK),胰岛素样生长因子1受体(IGF1-R),c-Src激酶以及血管表皮生长因子受体2(VEGF-R2)是这类化合物可能的作用靶标.IC50值从0.41g·m-3(0.41μg·mL-1)到9.8g·m-3(9.8μg·mL-1)不等.活性数据显示这些海绵提取的海洋天然产物可作为先导化合物,通过进一步的优化获得新的药物.同时还讨论了化合物与预测靶标的结合模式,结果显示四个化合物都与相应的受体有较好的结合.
田然刘振明金宏威张亮仁林文翰
关键词:抗肿瘤活性
基于结合位点的辅酶A结合蛋白家族的分类被引量:1
2011年
发展了一种基于分子相互识别的蛋白质分类方法,应用数据挖掘策略与统计学聚类,根据辅酶A(coenzyme-A,CoA)结合蛋白的结合模式特征数据,通过对比和分析多种分类方法对该体系的分类准确度,对这类体内重要的蛋白进行了分类方法学研究,选择了最优的两步聚类法.本研究工作设计和建立了一个分类参数,可以简洁有效地评价出各个结合特征的显著性与重要性,并以此为依据从所有特征中筛选出决定性的特征变量.研究结果所得到的CoA结合蛋白的三个分类,都具有显著的氢键与疏水结合特征;CoA可以与多个生物活性关键氨基酸残基形成氢键作用.这些相互作用的共性及分类上的差异,说明了配体与不同受体相互作用过程中结合模式上的细微差别,对于以CoA结合蛋白为靶点的选择性调控分子设计具有重要的参考意义与指导作用.
樊迪刘振明金宏威张亮仁
关键词:辅酶A聚类分析
Application of the HSAB principle for the quantitative analysis of nucleophilicity/basicity of organic compounds with lone-pair electrons
2011年
Based on the density functional theory,we described here a method to investigate the quantitative relationship between nucleophilicity/basicity and HSAB-theory-based properties of compounds with lone-pair electrons.Descriptors including global softness,Fukui function,local softness and local mulliken charge were calculated at SVWN/DN~* level of DFT with PC Spartan Pro.Nucleophilicity and basicity of 28 selected compounds were classified based on intensity.BP algorithm of artificial neural network(ANN) was employed to study the relationship between the descriptors and nucleophilicity/basicity.Cross-validation was carried out to avoid the over-fitting in training of ANN.A BP network was trained to quantify the relationship between HSAB-theory-based properties and nucleophilicity/basicity of compounds with lone-pair electrons.The results show that the prediction based on the network matches with the experimental results well.The local softness and Fukui function have a better relationship with nucleophilicity and local mulliken charge than with the basicity.The trained BP network could be utilized for predicting the nucleophilicity/basicity of compounds or functional groups with lone-pair electrons.
郑铮刘振明
基于结构的虚拟筛选方法及其在全新CD38受体抑制剂发现中的应用
CD38分子是ADP核糖环化酶家族一种Ⅱ型跨膜糖蛋白。作为一种多功能信号酶,它广泛表达于多种组织和细胞中。CD38分子在体内能够催化β-NAD+(β-烟酰胺腺苷二核苷酸)和NADP(烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸)生成具有钙动...
司原琦刘振明张亮仁
关键词:药效团分子对接
文献传递
共1页<1>
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