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国家重点基础研究发展计划(2004CB518901)

作品数:11 被引量:171H指数:4
相关作者:王希诚朱维良陈凯先李洪林李波更多>>
相关机构:大连理工大学中国科学院上海中医药大学更多>>
发文基金:国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
相关领域:自动化与计算机技术医药卫生经济管理理学更多>>

文献类型

  • 11篇中文期刊文章

领域

  • 5篇自动化与计算...
  • 3篇医药卫生
  • 2篇经济管理
  • 2篇理学
  • 1篇生物学

主题

  • 3篇药物
  • 2篇多序列比对
  • 2篇生物信息
  • 2篇生物信息学
  • 2篇小檗
  • 2篇小檗碱
  • 2篇分子对接
  • 1篇新药
  • 1篇序列比对算法
  • 1篇衍生物
  • 1篇药物设计
  • 1篇药物研究
  • 1篇医药
  • 1篇医药产业
  • 1篇异喹啉
  • 1篇有限元
  • 1篇有限元法
  • 1篇生物技术
  • 1篇生物技术领域
  • 1篇受体

机构

  • 7篇大连理工大学
  • 3篇中国科学院
  • 2篇大连大学
  • 2篇上海中医药大...
  • 2篇中国科学院上...
  • 1篇大连民族学院

作者

  • 7篇王希诚
  • 3篇李洪林
  • 3篇陈凯先
  • 3篇朱维良
  • 2篇李波
  • 2篇谷俊峰
  • 2篇赵金城
  • 2篇康玲
  • 1篇郭权
  • 1篇赵晓宇
  • 1篇赵伟杰
  • 1篇张海蕾
  • 1篇李悦青
  • 1篇卢桂艳
  • 1篇龚珍
  • 1篇蒋华良
  • 1篇黄雅俊

传媒

  • 3篇大连理工大学...
  • 1篇生命科学
  • 1篇中国药学杂志
  • 1篇药学学报
  • 1篇计算机工程
  • 1篇应用基础与工...
  • 1篇大连大学学报
  • 1篇Acta P...
  • 1篇生物信息学

年份

  • 1篇2014
  • 1篇2011
  • 1篇2010
  • 3篇2008
  • 5篇2005
11 条 记 录,以下是 1-10
排序方式:
原小檗碱类化合物合成研究的新进展被引量:1
2011年
目的综述原小檗碱类化合物合成研究的新进展,为开展该类化合物的结构改造提供方法参考。方法依据近十年来国内外文献进行分析、归纳、总结并进行评述。结果与结论原小檗碱类化合物具有广泛的药理活性,其化学结构也有其特殊性,可以看作是由2个异喹啉母核组合构成的4个六元环体系。其中环上氢化程度的改变还会影响整个分子的空间构象,从而影响化合物的药理活性。因此,这类化合物的合成已经成为许多药物化学工作者研究的主要内容之一。其母核的构建研究涵盖传统的异喹啉合成方法及其改进策略,如皮克太特-斯彭格勒反应、毕史勒-那皮拉斯开反应等,以及新颖的C-C键连接方式,如亲核加成环化反应、自由基反应、傅克烷基化反应、钯催化的C-C键偶联反应、环加成反应等。所有这些方法都为我们开展该类化合物的结构改造研究提供了强有力的工具,相信以这些合成方法为基础,该领域的研究者一定能够早日开发出具有新颖结构的原小檗碱类药物先导化合物。
李波朱维良曾步兵陈凯先
关键词:异喹啉小檗碱
小檗碱及其衍生物的研究进展被引量:148
2008年
小檗碱是从中草药黄连等植物中提取分离得到的一类异喹啉类生物碱。近十年来,已经有2000多篇国内外文献报道了小檗碱及其衍生物在治疗肿瘤、糖尿病、心血管疾病、高血脂、炎症、细菌和病毒感染、脑缺血性损伤、精神疾病、阿尔茨海默病(Alzheimer disease)、骨质疏松等多方面的临床应用、药效机制以及该类化合物的构效关系等研究结果。这些结果表明小檗碱生理功能广泛,潜在的结构改造和开发应用价值很大,但还未见系统的回顾和综述。本文对这些文献进行了系统地分析整理,主要从临床应用与药效机制、分子药理、体内吸收代谢、构效关系四个方面来介绍小檗碱及其衍生物的研究进展,旨在为进一步深入开展以药效机制为基础的小檗碱结构改造和创新药物研究提供比较系统的信息。
李波朱维良陈凯先
关键词:小檗碱衍生物构效关系药物设计
氮杂茋衍生物靶向虚拟筛选研究
2010年
为寻求新的具有强生理活性的茋类化合物,设计了237个全新结构的氮杂茋小分子.基于靶标虚拟筛选平台TarFisDock,针对病毒类靶标作广泛筛选,所设计化合物均集中结合于HIV蛋白酶的活性位点,这一结果已经为HIV蛋白酶正向对接所证实.通过统计所设计分子的体积、脂水分配系数、小分子-蛋白间氢键,归纳出分子的理化性质与对接结果中结合能量的关系,并考察了分子结构对能量得分的影响.筛选结果提示HIV蛋白酶可能是氮杂茋衍生物抑制HIV的高活性靶标.
李悦青黄雅俊赵伟杰王希诚
关键词:抗病毒
基于基因功能的创新药物研究被引量:4
2005年
朱维良龚珍蒋华良陈凯先
关键词:药物研究基因功能高新技术产业医药产业生物技术领域
多序列渐进式比对算法研究与比较被引量:3
2005年
多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着重要的应用。以ClustalW为代表的渐进式多序列比对算法在这个领域取得了很大的成功,成为应用最为广泛的多序列比对程序。但其固有的缺陷阻碍了比对精度的进一步提高,近年来出现了许多渐进式比对算法的改进算法,并取得良好的效果。本文选取了其中比较有代表性的几种算法对其基本比对思想予以描述,并且利用多序列比对程序平台BAliBASE和仿真程序ROSE对它们的精度和速度分别进行了比较和评价。
谷俊峰王希诚赵金城
关键词:多序列比对序列比对算法生物信息学进化分析ROSE仿真程序
Replication priority of hepatitis C virus genotype 2a in a Chinese cohort
2014年
HCV genotypes have been documented in clinical practice.The aim of this study was to determine the replication priority of different HCV genotypes in a Chinese HCV positive cohort.Serum samples from 491 apparently healthy Chinese blood donors testing positive for HCV antibodies and naive to antiviral drug therapy were tested.Genotyping analysis showed that genotypes 1b and 2a were predominant and accounted for 77.6%of the HCV infections.Among the genotype groups,individuals infected with genotype 2a had an HCV RNA viral load(108 copies/mL)about 200-fold(lg,2.3)greater than those infected with other genotypes(10^(4)–10^(5)copies/mL)indicating a replication priority of genotype 2a.However,there was no correlation between HCV genotype and antibody response suggesting that the amplification advantage of genotype 2a results from a favorable interaction with the host cellular environment.In conclusion,HCV genotypes 1b and 2a are the predominant genotypes in China and genotype 2a possesses a significant replication priority compared with the other genotypes.This suggests the existence of host cellular factors that may act as drug-targets for entirely clearing HCV infection in the future.
Zhen YangYongxin YuHongzhong ZhangGuifang ShangJialiang GaoJian-Dong JiangZonggen Peng
关键词:GENOTYPE
一种考虑蛋白质柔性的分子对接方法被引量:6
2008年
分子对接是计算机辅助药物分子优化设计中的一种重要方法,为此建立了基于诱导契合的分子对接优化模型.模型中引入残基基团的概念,将蛋白质划分成若干个残基基团,通过这些残基基团的运动近似表征整个蛋白质的运动情况,并将配体小分子的运动处理为平移、转动和柔性键旋转三部分分量.设计了一个将k-均值聚类和遗传算法相结合的快速迭代格式,并采用多种群遗传策略和信息熵控制的空间减缩搜索技术加速了分子对接设计中的遗传演化进程.在此基础上,开发了一种考虑蛋白质柔性的对接程序FlexGAsDock.数值试验表明,该程序较好地平衡了效率与精度之间的关系,取得了满意的对接结果.
康玲李洪林王希诚
关键词:分子对接
一种精细药物分子对接模型和优化方法被引量:1
2008年
首先阐述了分子对接设计的基本原理,然后在蛋白质受体中引入关键残基的概念,建立了一个新的柔性分子对接模型.以配体的中心坐标以及它和受体关键残基的旋转键角为设计变量,以设计变量的尺寸为约束,通过最小化分子间相互作用能得到分子的最优取向和构象.一个自适应的遗传算法被用于求解上述优化模型,该算法采用多种群遗传策略、信息熵控制的空间减缩搜索技术以及拟精确罚函数方法,较好地平衡了效率与精度之间的关系,从而能够快速而稳定地逼近最优解.在此基础上,发展了新的精细分子对接程序,该程序可以进行受体与配体的柔性对接.药物分子对接实例证明,本文发展的精细药物分子对接算法和程序能够有效地用于药物分子设计.
康玲李洪林赵晓宇王希诚
关键词:分子对接
一种量子化学有限元并行计算方法被引量:3
2005年
利用有限元法计算了量子化学中双原子分子的Hartree-Fock-Slater方程,用八节点等参元来离散所要求解的方程,在计算离散后的广义特征值问题时,采用迁移式子空间迭代法来求解.本方法能以较高的精度和效率求得所需的前q维特征值和特征向量,具有编程容易、子空间维数低和占用内存少的优点.所提方法也适用于并行计算,并行程序是在微机机群系统上发展的,用SPMD(singleprogrammultipledate)模式在MPI(messagepassinginterfaces)并行编程平台上实现,MPI系统用于处理机群节点间的通信.给出计算两个双原子分子——BH分子和LiH分子基态总能量的数值算例,获得了较精确的计算结果,显示了本方法的优越性.
李洪林张海蕾王希诚
关键词:量子化学有限元法并行计算
基于小波包变换的多序列比对方法
2005年
多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着积极的意义.以CLUSTAL W为代表的渐进式比对方法在此这个领域取得了很大的成功,但其固有的缺陷阻碍了其比对精度的进一步提高.本文提出了一种基于小波包变换的多序列比对方法,这种方法利用小波包对数字信号良好的分析能力来寻找序列之间的相似片断,从而达到提高精度、降低计算量的作用.最后,本文利用多序列比对平台BA lisBASE和仿真程序ROSE,给出了此方法与其他比对算法的效率比较结果和讨论.
谷俊峰王希诚赵金城
关键词:生物信息学多序列比对小波包变换
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