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国家重点基础研究发展计划(2006CB910706)

作品数:9 被引量:15H指数:3
相关作者:朱云平贺福初王正华李栋刘齐军更多>>
相关机构:军事医学科学院国防科学技术大学香港理工大学更多>>
发文基金:国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
相关领域:生物学医药卫生轻工技术与工程水利工程更多>>

文献类型

  • 9篇期刊文章
  • 1篇会议论文

领域

  • 7篇生物学
  • 2篇医药卫生
  • 1篇化学工程
  • 1篇水利工程
  • 1篇轻工技术与工...

主题

  • 3篇基因
  • 2篇代谢网络
  • 2篇调控网络
  • 2篇英文
  • 2篇网络
  • 2篇细胞
  • 2篇聚类
  • 2篇基因调控
  • 2篇基因调控网络
  • 1篇代谢
  • 1篇代谢反应
  • 1篇蛋白
  • 1篇蛋白质
  • 1篇蛋白质-蛋白...
  • 1篇蛋白质相互作...
  • 1篇蛋白质相互作...
  • 1篇动态仿真
  • 1篇信号
  • 1篇信号转导
  • 1篇信号转导网络

机构

  • 6篇军事医学科学...
  • 5篇国防科学技术...
  • 1篇复旦大学
  • 1篇山西大学
  • 1篇香港理工大学

作者

  • 6篇朱云平
  • 5篇贺福初
  • 3篇李栋
  • 3篇王正华
  • 2篇刘齐军
  • 1篇吴松锋
  • 1篇周钢桥
  • 1篇王建
  • 1篇陈振冲
  • 1篇陈廷贵
  • 1篇刘万霖
  • 1篇刘中扬
  • 1篇孙汉昌
  • 1篇谢红卫
  • 1篇周婷婷
  • 1篇容健锋
  • 1篇刘伟
  • 1篇刘伟

传媒

  • 3篇生物化学与生...
  • 2篇Scienc...
  • 1篇中国科学(C...
  • 1篇科学通报
  • 1篇遗传
  • 1篇Chines...

年份

  • 3篇2010
  • 3篇2009
  • 4篇2008
9 条 记 录,以下是 1-10
排序方式:
基因调控网络的模块化组织研究被引量:4
2008年
基因调控网络表现的是大量基因受到转录因子的调控而最终转录翻译为蛋白质进而实现生物功能的复杂信息,是人们理解生物过程和基因功能的重要内容。为了理解基因调控网络中的调控机理,网络的拓扑结构及其组织方式是极其重要的研究内容之一。它不仅能说明网络的局部特征,并且能揭示调控网络的构造方法,同时还能对调控信号通路进行全面系统的分析。调控网络可分为4层结构:调控元件、Motif、模块和整个网络。当前,这种层次结构受到人们越来越多的认可。文中重点讨论motif和模块两层,比较分析了近年来对网络组织结构的多方面研究内容,阐述了各个研究结果与结论具有的生物学意义,并指出了其中存在的问题。在此基础上,文中还针对这些问题提出了可能存在的研究方向,并展望了基因调控网络模块化组织的研究前景。
王正华刘齐军朱云平
关键词:基因调控网络网络模块模块化组织
22周孕龄人胎肝表达序列标签数据更新与初步分析
2008年
随着国际上转录组数据及本室22周孕龄人胎肝表达序列标签数据的不断增加,先前该组织表达谱的研究有必要进行更新与完善.本研究首先将22周孕龄人胎肝每一表达序列标签与自身数据库,UniGene,DoTS,MGC以及Twinscan预测的人类转录组数据库进行比对以归类.然后,经过电子拼接和基因鉴定,对已知基因进行GO(gene ontology)分类,对未知基因进行Pfam和ScanProsite功能预测.最后,对人胎肝、成人肝、骨髓、胸腺及淋巴结这些拥有造血作用或可表明人胎肝特性的5种组织进行了层次聚类分析.结果表明:(ⅰ)与5种最新人类转录组数据库比对,极大地降低了那些属于一个基因但互不交叠的序列被划分到不同簇的可能性,因此在进行EST归类时,推荐与互联网上有关最新数据进行比对;(ⅱ)一些先前未知EST已被鉴定为已知基因,1379个EST被鉴定为本室独有的全新序列;(ⅲ)通过GO分类,对22周孕龄人胎肝有了一个大致了解,同时获得了6个细胞迁移基因和6个造血相关基因;(ⅳ)通过基因功能预测获得了277个模体(profile),其中有5个类型可分布于10个以上基因之中;(ⅴ)层次聚类表明,5种组织关系与它们的功能相一致;(ⅵ)建立了世界上最大的22周孕龄人胎肝表达序列标签数据库.总之,22周孕龄人胎肝表达序列标签数据的更新与初步分析将有助于对人胎肝造血机制及细胞迁移机制的了解,可促进未来对该组织进行全面深入的研究。
陈廷贵吴松锋周钢桥朱云平贺福初
关键词:人胎肝表达序列标签基因本体论层次聚类
PNmerger:一个整合生物学通路和蛋白质相互作用网络的Cytoscape插件(英文)被引量:5
2009年
Cytoscape是一个广泛应用于分子相互作用网络可视化的软件.发展了一个基于java的Cytoscape插件PNmerger.对于一个蛋白质相互作用网络,PNmerger能够使用KEGG数据库中的通路信息自动注释网络中的蛋白质.并通过网络和通路的比较发现网络中已知的通路元件,预测可能的通路元件及通路交联元件.该软件可以可视化网络中存在的通路模块,并将连接不同通路间的潜在交联元件显示出来.PNmerger软件能够有效地帮助实验人员发现网络中重要的功能线索,帮助实验人员进行实验设计.用户可以通过网站http://www.hupo.org.cn/PNmerger下载PNmerger插件.
孙汉昌李栋王建刘中扬朱云平谢红卫贺福初
关键词:系统生物学蛋白质-蛋白质相互作用
Stochasticity in the yeast mating pathway
2009年
We report stochastic simulations of the yeast mating signal transduction pathway. The effects of intrinsic and external noise, the influence of cell-to-cell difference in the pathway capacity, and noise propagation in the pathway have been examined. The stochastic temporal behaviour of the pathway is found to be robust to the influence of inherent fluctuations, and intrinsic noise propagates in the pathway in a uniform pattern when the yeasts are treated with pheromones of different stimulus strengths and of varied fluctuations. In agreement with recent experimental findings, extrinsic noise is found to play a more prominent role than intrinsic noise in the variability of proteins. The occurrence frequency for the reactions in the pathway are also examined and a more compact network is obtained by dropping most of the reactions of least occurrence.
王宏利傅正平徐昕航欧阳颀
Expanded flux variability analysis on metabolic network of Escherichia coli
2009年
Flux balance analysis, based on the mass conservation law in a cellular organism, has been extensively employed to study the interplay between structures and functions of cellular metabolic networks. Consequently, the phenotypes of the metabolism can be well elucidated. In this paper, we introduce the Expanded Flux Variability Analysis (EFVA) to characterize the intrinsic nature of metabolic reactions, such as flexibility, modularity and essentiality, by exploring the trend of the range, the maximum and the minimum flux of reactions. We took the metabolic network of Escherichia coli as an example and analyzed the variability of reaction fluxes under different growth rate constraints. The average variabil-ity of all reactions decreases dramatically when the growth rate increases. Consider the noise effect on the metabolic system, we thus argue that the microorganism may practically grow under a suboptimal state. Besides, under the EFVA framework, the reactions are easily to be grouped into catabolic and anabolic groups. And the anabolic groups can be further assigned to specific biomass constitute. We also discovered the growth rate dependent essentiality of reactions.
CHEN TongXIE ZhengWeiOUYANG Qi
关键词:代谢网络代谢反应质量守恒定律细胞代谢
Predicting Cell Cycle Genes from E-MAP Profiles by Integrating Multiple Types of Data
Interactions between genes and proteins can be revealed by multiple experimental platforms. The derived intera...
Wang LinHou LinMinping QianFangting LiMinghua Deng
关键词:MICROARRAYCHIP-CHIPINTEGRATE
信号转导网络的生物信息学分析被引量:1
2008年
研究信号转导是了解生命活动过程的重要途径.随着实验方法的改进和实验数据的积累,很多信号转导通路的作用机制已经被揭示,对于已有信号转导数据的分析和利用已成为热点问题.本文综述了最近几年生物信息学在信号转导网络分析方面取得的最新进展,简要介绍了信号转导的特点和作用机制,并对网上相关的数据库资源进行总结,给出了信号转导网络的结构分析方法,包括网络的拓扑属性分析、结构模块搜索及信号通路的自动生成,重点对信号转导网络的建模和仿真方法进行了讨论,分析了该领域的研究现状及可能的发展方向.总体而言,对于信号转导网络的研究已经从小规模的实验研究向大规模的网络分析方向发展,对于网络的动态模拟更加接近真实系统.随着对信号转导的研究更加广泛和深入,对于信号转导网络的生物信息学分析将具有广阔的发展和应用前景.
刘伟刘伟李栋朱云平
关键词:信号转导动态仿真
一种基于基因表达模型识别酵母细胞周期条件特异调控子网的方法(英文)被引量:1
2010年
由高通量微阵列技术产生的数据集可以用于解释生物系统基因调控的未知机制.生物过程是动态的,所以很有必要关注某些条件下特异的基因调控子网络.细胞周期是一个基本的细胞过程,识别酵母的细胞周期特异调控子网是理解细胞周期过程的基础,并且有助于揭示其他细胞条件的基因调控机理.使用一个基因表达微分方程模型(GEDEM),从静态网络中识别了动态的细胞周期相关调控关系.与已经报道的细胞周期相关调控相互作用相比,该方法识别了更多的真实存在的条件特异调控关系,取得了比当前的方法更好的性能.在大数据集上,GEDEM 识别了具有高敏感性和特异性的调控子网.组合调控的深入分析显示,条件特异调控子网的转录因子之间的相关性呈现出比静态网络中转录因子相关性更强,这说明条件特异网络比静态网络更加接近真实情况.另外,GEDEM 方法还识别更多潜在的共调控转录因子.
刘齐军王正华刘万霖李栋贺福初朱云平
关键词:基因调控网络细胞周期微分方程模型
MetaGen:从KEGG建模代谢网络的新工具(英文)被引量:6
2010年
为便于大规模代谢网络的计算,发展了一款方便实用的工具:MetaGen,对Kyoto Encyclopedia of Genesand Genomes(KEGG)中物种特异的各层次代谢系统进行建模,生成的代谢网络以酶图和通路图的方式表示.利用该工具,对人类代谢系统的bow-tie结构进行了初步研究,并以此为例展示了该工具广阔的应用前景.MetaGen利用KEGGweb服务保证建模数据的可靠性,依靠本地关系数据库加速网络建模过程并提供更多的数据管理和利用方式,并结合高级JAVA技术提高代码的可扩展性.MetaGen完全开源,可直接从http://bnct.sourceforge.net/下载.
周婷婷容健锋容健锋陈振冲王正华朱云平
关键词:代谢网络网络建模WEB服务关系数据库
Renewal and preliminary study of expressed sequence tags database on human fetal liver aged 22 wk of gestation
2008年
With the developments of international human transcriptome data and our ESTs of human fetal liver aged 22 weeks (wk) of gestation (HFL22w), the former research must be renewed. In this work, the EST data were firstly clustered by blasting against the ESTs of HFL22w, UniGene, DoTS, MGC and Twinscan-predicted human transcriptome. Then, after EST assembly and gene identification, the known genes were classified by GO (gene ontology), and the unknown genes were predicted by Pfam and ScanProsite to clarify their functions. In the end, the relations of 5 tissues including fetal liver, adult liver, bone marrow, thymus and lymph node that possess hemopoiesis or can indicate fetal liver characteristics were analyzed by hierarchical clustering. The results show that: (i) By comparing the 5 newest human transcriptome databases, we can largely reduce the probability that the ESTs belonging to unconnected parts of one gene were probably divided into different clusters, so it is recommended to blast against the newest databases when clustering EST data; (ii) some previous unknown ESTs had been identified as function-known genes, and 1379 genes were identified as fully new sequences possessed in our lab; (iii) through GO classification, we got a rough understanding of HFL22w, and obtained 6 cell migration genes and 6 hemopoiesis genes; (iv) prediction of gene function had enabled us to obtain 277 profiles, among them, there are 5 categories distributed in more than 10 genes; (v) five tissue relations analyzed by hierarchical clustering are related to their functions; (vi) We have built the world's largest EST database on HFL22w. Renewal and preliminary analysis of EST database on HFL22w will help to understand hemopoiesis and cell migration mechanism, and promote future research on human fetal liver.
CHEN TingGuiWU SongFengZHOU GangQiaoZHU YunPingHE FuChu
关键词:怀孕期分级聚类
共1页<1>
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