国家自然科学基金(31072095)
- 作品数：6 被引量：8H指数：2
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- 用5'LongSAGE标签产生的长cDNA片段分析西方蜜蜂(Apis mellifera)基因座LOC727225的选择性剪接
- 2011年
- 选择性剪接是真核生物产生蛋白多样性的一个重要机制,并能通过产生不同的剪接本来调节基因在不同组织或发育阶段的表达而发挥其作用。本研究采用3条5'LongSAGE标签序列作为上游引物,通过RT-PCR克隆了西方蜜蜂(Apis mellifera)的一个预测基因座LOC727225的4条cDNA序列(GenBank登录号:JN627500至JN627503)。将cDNA序列对蜜蜂基因组作图发现,雄蜂头部中该基因的mRNA前体经由两种不同的剪接方式产生的2个长度不同的剪接本,其中较短的剪接本编码一个功能未知的新蛋白,而较大剪接本的推导产物蛋白与分支酸合酶和神经胰蛋白酶具有序列相似性。5'LongSAGE标签数据显示,LOC727225在成年雄蜂头部的表达水平非常高,RNA PolⅡ可从该基因的6个不同的转录起始位点(TSS)上以不同效率起始转录,其中在2个优势TSS上所起始的pre-mRNA被剪接成较小的剪接本,其数量占该基因成熟mRNA分子总量的90%。启动子序列分析显示,LOC727225是受细胞周期转录因子E2F和StuAP调控的靶基因,该基因可能在蜜蜂的细胞增殖中起重要作用。研究首次证实了基因座LOC727225的选择性剪接和选择性起始,结果为深入探索该基因的功能奠定了基础。
- 孙亮先欧阳昊郑华军黄周英
- 关键词：西方蜜蜂转录起始位点选择性剪接启动子基因座
- 中华蜜蜂抗氧化酶基因的基因组鉴定及其在工蜂行为发育中的表达特征被引量：1
- 2014年
- 根据中华蜜蜂(Apis cerana cerana)基因组序列,鉴定抗氧化酶系统的主要组分,并用RNA-Seq数据分析了工蜂行为发育中抗氧化基因在脑组织中的转录水平.研究表明,共有47个抗氧化基因,包括34个抗氧化酶基因和13个硫氧还蛋白基因.比较东方蜜蜂(Apis cerana)、西方蜜蜂(Apis mellifera)和黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)的抗氧化基因,抗氧化酶系统的主要组分在进化上保守,但抗氧化酶基因家族的成员存在物种间差异.如东方蜜蜂和黑腹果蝇的SOD基因家族含3个成员,而西方蜜蜂有2个;果蝇有43个GST基因,而东方蜜蜂和西方蜜蜂仅有14和13个.RNA-seq分析显示,抗氧化基因的表达水平随着工蜂行为发育而发生规律性变化.工蜂脑表达的46个抗氧化基因,约有60%在由内勤蜂(哺育蜂和守卫蜂)转变为外勤蜂(采集蜂和侦察蜂)时明显表达上调,说明外勤蜂脑组织清除活性氧的酶促反应速率更高.
- 葛清秀周冰峰张明丽孙旭孙亮先
- 关键词：中华蜜蜂基因组抗氧化酶工蜂行为发育
- 蜜蜂表皮蛋白apidermin(apd)基因家族3个新成员的特性鉴定及昆虫APD家族序列特征的分析被引量：4
- 2012年
- Apidermin(APD)蛋白家族是一个新的昆虫结构性表皮蛋白家族。本研究结合生物信息学和RT-PCR扩增,对意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica(简称"意蜂")的apd-1-like,apd-3-like和中华蜜蜂Apis cerena cerena(简称"中蜂")的apd-2等3个新的apd基因的结构特征和表达进行了分析,并分析了昆虫APD蛋白家族的序列特征。结果显示,在西方蜜蜂Apis mellifera(简称"西蜂")中,apd基因家族的6个成员串联排列在基因组序列第4号连锁群上,它们在A.m.ligustica雄蜂头部中的转录水平差异明显,且其启动子序列所含顺式元件也不同。中蜂apd-2和意蜂apd-1-like都含有3个外显子和2个内含子,而意蜂apd-3-like则由4个外显子和3个内含子组成。蛋白序列分析结果显示,目前已知的10条APD蛋白序列N末端均具有相似的信号肽序列,其成熟蛋白分子量为6.0～37.0kD,pI为6.2～10.8。其中西蜂的APD1-3、APD-like和东方蜜蜂Apiscerena的APD-2等5条较短的多肽中疏水氨基酸残基达52%～67%,且Ala含量最为丰富(占25%～34%);而丽蝇蛹集金小蜂Nasonia vitripennis的APD1-3和西蜂APD-1-like,APD-3-like等另外5条APD多肽富含Gly(21%～30%),其序列中疏水氨基酸残基含量为35%～41%。多肽序列多重比对和系统进化分析结果显示,APD家族可划分为2个亚家族。亚家族Ⅰ含有西蜂APD1-3和东方蜜蜂APD-2等4条较短的多肽序列,其N末端为一个长33aa的保守基序;亚家族Ⅱ由另外6条相对较长的多肽序列组成,其N末端保守基序长50aa,C末端保守基序长16aa。本文所描述的APD蛋白家族序列特征有助于以后从其他昆虫中鉴定新的apd基因。
- 孙亮先黄周英郑华军葛清秀龚丽萍陈怀宇
- 关键词：西方蜜蜂东方蜜蜂表皮蛋白生物信息学分析
- 西方蜜蜂表皮蛋白基因apd-like转录起始位点的定位及cDNA序列的分析被引量：5
- 2011年
- Apidermin蛋白家族是根据蜜蜂表皮蛋白apidermin1-3(APD1-3)而命名的一个新型的昆虫结构性表皮蛋白家族。为了鉴定西方蜜蜂Apis mellifera基因组序列上毗邻基因簇apd1-3的一个预测基因座LOC727145是否为一个新的apd基因,本研究在用5′LongSAGE标签定位该基因的转录起始位点(TSS)的基础上,利用其中的3条5′LongSAGE标签序列作为上游引物,通过RT-PCR方法克隆了该基因的cDNA序列(GenBank登录号:GU358197,GU358199,GU358198)。生物信息学分析发现,基因座LOC727145含有2个外显子和1个"GT-AG"型内含子,其cDNA序列富含GC(70%),可编码一条长152aa残基的高度疏水性多肽。此多肽序列的氨基酸组成与蜜蜂APD1-3表皮蛋白类似,富含Ala,Gly,Pro,Leu和Val5种氨基酸(占77%),其中Ala残基含量最高(29%)。该多肽序列与蜜蜂APD-1表皮蛋白序列的相似性为50%,且其N末端的预测信号肽序列与APD蛋白的信号肽序列类似。5′LongSAGE标签的基因组定位结果显示,基因座LOC727145在雄蜂头部中表达丰度很高,RNA PolⅡ可从6个不同的TSS上以不同效率起始转录,其中由一个优势TSS上起始了90%的转录。本研究为apidermin表皮蛋白家族增添了一个新成员,命名为apidermin-like(apd-like)。
- 孙亮先黄周英郑华军游燕琳
- 关键词：西方蜜蜂表皮蛋白
- 西方蜜蜂一个新表皮蛋白基因的克隆和结构分析
- 2011年
- 利用西方蜜蜂雄蜂头部5’LongSAGE文库中的一组标签序列,在蜜蜂基因组序列第9号连锁群上定位一个新的西方蜜蜂表皮蛋白基因转录起始位点,并克隆了该基因的cDNA序列,继而利用此cDNA序列分析了该基因的内含子和外显子结构.分析结果显示:该基因的DNA序列长1 253bp,含有4个外显子和3个内含子,其cDNA长598bp,编码一个169AA的富含Val和Pro残基(23.67%,20.12%)多肽序列.BLAST分析发现,该蛋白与已知的4个昆虫表皮蛋白序列的相似性为47.54%,且其C末端有一个共有基序,说明这5个蛋白可能属于同一个表皮蛋白家族.该研究结果提供了一个新的蜜蜂表皮蛋白基因,且该基因在雄蜂头部表达水平较高.
- 欧阳昊葛清秀孙亮先梁勤
- 关键词：西方蜜蜂表皮蛋白转录起始位点基序
- 城镇养蜂:一个能提升都市生活质量的潜在产业被引量：1
- 2014年
- 城镇养蜂因能提升都市居民生活质量而在发达国家流行。从关节炎防治、城市生态、食品与健康、城镇养蜂技术要点等方面阐述了在我国推广城镇化养蜂的意义,并提出城镇养蜂可发展为一个新产业的设想。
- 张以宏葛清秀孙亮先
- 关键词：授粉城市生态关节炎
