山东省优秀中青年科学家科研奖励基金(20090451326)
- 作品数：1 被引量：1H指数：1
- 相关作者：慕宇光耿存亮龚斌胡毅王禄山更多>>
- 相关机构：山东大学南洋理工大学更多>>
- 发文基金：山东省优秀中青年科学家科研奖励基金国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：理学更多>>
- 生物大分子的分子动力学模拟过程在百万亿次集群上的部署优化被引量：1
- 2012年
- 分子动力学模拟作为研究生物大分子功能和性质的新工具,已广泛应用于蛋白质和核酸等物质的分子动态学行为研究,但目前常规分子动力学模拟时间尺度较小,不能达到生物大分子分子动态行为的有效取样范围。温度副本交换分子动力学可同时运行多个独立模拟,明显提高模拟时间的可及尺度,但需要千核以至万核的计算资源,目前已发表的相关文献其模拟体系使用的计算资源均较小。本文利用国家超算济南中心的神威4000A百万亿次集群,首先进行单副本的分子动力学模拟,然后利用外切纤维素酶催化结构域的模拟体系(约5万原子)进行多达128个温度副本的分子动力学模拟,一次模拟任务最多成功利用6 720个CPU核心同时进行计算,最高总运算速度累计达到2 274 ns/d,这为分子动力学模拟利用上万核心进行计算提供了新的思路。
- 潘龙强耿存亮慕宇光刘鑫胡毅潘景山周亚滨龚斌王禄山
- 关键词：分子动力学模拟
