国防科技重点实验室基金(51484050304JB4401)
- 作品数：8 被引量：15H指数：3
- 相关作者：张成岗赵东升杭兴宜李稚锋骆志刚更多>>
- 相关机构：军事医学科学院国防科学技术大学北京工业大学更多>>
- 发文基金：国防科技重点实验室基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
- 序列比对程序Blat在转录组数据分析中的应用被引量：3
- 2005年
- 随着功能基因组学研究领域的快速发展,人们已经开始系统地研究全基因组的转录以及全部基因发挥功能的动态机制。为实现此目标,需要从海量的转录组数据中提炼出能够揭示基因功能以及表达调控的重要信息。采用高性能的序列比对程序以满足规模化的比对需求是其中的瓶颈环节。通过综合比较目前流行的各种序列比对软件的性能,并针对不同的转录组数据分析任务对Blat进行详细的应用分析,结果发现,Blat能够解决转录组数据分析过程中的序列比对这一瓶颈,可广泛应用于功能基因组相关的数据分析任务。
- 杭兴宜赵东升张成岗
- 关键词：数据分析转录功能基因组学全基因组基因功能
- 大规模EST序列聚类的并行算法研究进展被引量：2
- 2006年
- EST是携带有表达基因部分遗传信息的cDNA片段,EST聚类是将来自同一个基因的具有重叠部分的EST整合到单一的类中,是进行后续基因表达数据分析的必要步骤。传统的串行聚类方法的计算复杂度高,对内存要求大,不适于进行大规模聚类计算。本文主要介绍了EST聚类的并行处理方式、软硬件支持环境,适用于大规模EST聚类的并行算法和软件,比较了几种现有软件的算法、计算速度和内存要求等,并讨论了现有大规模聚类算法的优缺点。
- 毛逸清赵东升李稚锋杭兴宜骆志刚张成岗
- 关键词：EST序列聚类分析
- 军事医学科学院生物医学超级计算中心的计算资源与应用被引量：8
- 2005年
- 生物信息学是生命科学和信息科学的有机结合,其发展和应用离不开高性能计算资源、技术和方法的支持。本文介绍了我院生物医学超级计算中心的主要计算资源———星盈万亿次超级刀片计算机、支撑软件和生物信息学应用软件,以及我们利用该系统进行大规模生物信息学数据分析的实际计算效果,旨在探讨如何充分挖掘我院生物医学计算资源的潜力,为深入规划我院生物医学研究需要的高性能计算方向提供重要参考。
- 赵东升杭兴宜李稚锋张成岗
- 关键词：生物信息学蛋白质结构预测计算生物学
- 适合可变剪接研究的转录组序列分析策略被引量：1
- 2006年
- 规模化基因表达实验所产生的大量与生物组织特定时空状态相关的cDNA和表达序列标签(EST)等信息可用于新基因的发现、基因表达模式分析和基因组的注释,从而可为转录组研究提供实验设计和结果分析的参考标准。真核基因可变剪接的普遍性及其在机体生理与病理过程中的重要作用,使得可变剪接的系统分析已成为功能基因组研究中的热点之一。在面临海量表达数据的指数增长和不断有新的基因组获得测序的情况下,实现转录组序列分析的规模化、自动化计算迫在眉睫。讨论不同转录组分析系统中的数据分析算法及其计算需求,并提出适用于大规模可变剪接分析的策略。
- 王正志李稚锋杭兴宜毛逸清骆志刚赵东升张成岗
- 关键词：转录组可变剪接
- 利用SFU开发Windows和Linux异构环境下的分布式生物信息学应用被引量：1
- 2006年
- M icrosoft SFU是一个W indows环境下的高性能UNIX子系统和互操作工具,它允许W indows和UNIX计算机共享数据、安全策略和应用程序。本文通过实例,介绍如何利用SFU将L inux下的B lat软件在W indows系统中重新编译运行,并与L inux计算机共享生物序列数据库,构建异构网络环境下的分布式生物信息学应用。实践证明该技术可集成W indows和L inux的计算能力,提高计算资源的使用效率。
- 赵东升王小磊毛逸清李稚锋张成岗骆志刚
- 关键词：WINDOWSLINUX生物信息学计算生物学
- 基于RefSeq数据库的人类标准转录数据集的构建被引量：6
- 2006年
- 美国国家生物信息技术中心(NCBI)提供了具有生物意义上的非冗余的基因和蛋白质序列的RefSeq参考序列数据库。然而,由于基因普遍存在的多态性以及不同实验室对于序列测定的质量控制存在差异等原因,已发现RefSeq数据库可能存在部分质量问题。文章基于“中心法则”提出“标准转录数据集”的概念,以人类基因和基因组序列为例,利用BLAT、Sim4和自行设计的EIparser等基因结构解析程序分析了RefSeq人类基因转录数据(2005-4-18)与目前所公布的人类标准基因组(2005-4-20)的对应关系。对于有实验证据支持的标记为NM_和NR_的记录,多种程序分析结果表明,其与标准基因组完全相对应的记录为9 771个;符合多个程序修订标准的记录有10 943个;而与标准基因组有较大差异的记录为203个,多种程序分析结果不一致的记录为2 676个,提示研究人员在使用此非标准转录组数据时,必须考虑到其存在非标准转录的原因甚至存在错误的可能性。此文为基于标准、高质量转录数据集的生物信息学数据分析、分子生物学实验设计、基因多样性和遗传变异分析等提供了重要的参考标准。相关结果可通过http://biocompute.bmi.ac.cn/transcriptome/index.htm访问。
- 李稚锋李玉鉴赵东升杭兴宜王正志骆志刚张成岗
- 关键词：转录组
- 超级刀片计算机上任务并行生物计算程序的效率优化被引量：1
- 2005年
- 在后基因组时代,基因结构、功能及其与疾病的关系已成为生物医学的研究热点。在各种实验技术飞速发展的促进下,高复杂度、多元化、海量的生物数据正以指数级的速度不断增长,关于这些数据的存储、计算、分析等已成为严峻挑战。以超级计算机为平台的高性能计算是解决此类难题的有效方法之一。根据对本院超级刀片计算机的使用情况,本文从数据存储、通讯优化、计算效率、资源分配等角度,分析和总结提高任务并行的生物计算程序效率的技术策略,并进一步展望其在生物医学中的应用前景。这些技术策略对于使用同类高性能计算机具有重要的参考价值。
- 杭兴宜赵东升李稚锋翁景然张成岗
- 关键词：计算生物学生物医学研究计算资源
- 人类和模式生物标准转录数据库Web服务系统“StdTransDb”的技术实现
- 2007年
- 以RefSeq数据库和已测序基因组序列为模板,通过大规模计算得到代表转录各层次信息的"标准转录数据库",并利用通用网关接口技术,建立了人类和模式生物标准转录数据集Web服务系统。用户提交RefSeq记录号或自由注释词,可检索获得序列的全部信息,实现对基因结构解析的在线计算。目前系统覆盖了人、拟南芥、水稻、大鼠、小鼠、斑马鱼等6个物种,拥有数据记录18万余条。为深入研究人类及其他物种转录组提供了重要工具,并为进一步分析真核基因的可变剪接方式提供了坚实的数据基础。
- 王小磊赵东升李稚锋杭兴宜骆志刚张成岗
- 关键词：转录组学可变剪接预计算WEB服务
