国家自然科学基金(90208021)
- 作品数：3 被引量：5H指数：2
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- VEGFR3基因启动子中的功能区段预测
- 2008年
- VEGFR3基因表达调控元件的研究。通过进化分析软件Footprinter2.0获得了VEGFR3(vascu-lar endothelial growth factorreceptor3)基因启动子在多个物种中进化保守的短序列片段,结合基因芯片数据,筛选出共表达基因启动子中的高频短序列。结果得到2个在进化上保守、同时在共表达基因启动子中也高频出现的元件TAATCCCAGC和GAGGCTGAGG,它们在基因上游形成TAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGG的保守序列片段,其中包含转录因子LUN、LyF-1以及Ik-2的结合位点,推测为VEGFR3基因表达调控的区域。
- 焦吉祥张长青王进
- 关键词：淋巴管VEGFR3基因表达调控生物信息学
- 一种基于翻译调控信号的原核生物基因组比较方法
- 原核生物翻译起始位点（Translation Initiation site,TIS）上游存在调控基因转录和翻译的重要调控信号。本文基于x2统计方法发展了一种定量刻画DNA序列特征的新方法,用以刻画原核生物基因TIS上游...
- 刘永初朱怀球
- 关键词：DNA序列
- 文献传递
- 拟南芥TCH4基因启动区转录调控元件的计算识别被引量：3
- 2008年
- TCH4基因在植物次生生长、疾病抵抗和逆境适应方面具有重要作用,能被多种激素、环境和机械信号诱导表达。利用拟南芥TCH4的直系同源基因和芯片数据进行了启动子序列分析,结果共识别出9个转录调控元件。它们均包含有已知元件序列,并且在部分共表达基因和对应的直系同源基因启动子中排列顺序一致。根据已有TCH4基因启动子研究,其中4个已被报道,另5个为本研究新发现。根据预测结果进行知识整合,构建了TCH4基因转录调控机制模型。
- 张长青王进高翔
- 关键词：转录调控元件生物信息学
- 致病性大肠杆菌CFT073菌株基因组的再注释
- 当前著名的公共核酸数据库GenBank对致病性大肠杆菌CFF073菌株的基因注释存在很大的质量问题。本文通过BLAST的相似性比较进行筛选,在5,379个GenBank注释的编码ORF（开放阅读框）中确定了4,330个可...
- 胡钢清朱怀球
- 关键词：大肠杆菌基因组注释BLAST
- 文献传递
- CYP72B1基因和AUR3基因响应光、生长素和油菜素内酯的转录调控机制研究被引量：3
- 2009年
- 为研究光、生长素和油菜素内酯在基因层次上的互作机制,开发了转录调控元件识别工具OCMMat,其中,在对共表达基因信息和直系同源基因信息进行整合时,利用了转录调控元件在直系同源基因启动子中的富集性.利用该方法发现,CYP72B1基因和AUR3基因启动子含有3个相同的调控模序GAGACA、AAGAAAAA、ATCATG,它们分别承担了AuxRE元件、GT元件和GT辅助元件的功能.其中,ATCATG模序是目前尚未报道过的调控元件,与AAGAAAAA模序的距离相对恒定.基于调控元件识别结果,构建了CYP72B1基因和AUR3基因响应光、生长素和油菜素内酯的转录调控模型,模型显示:光信号和生长素、油菜素内酯信号在CYP72B1基因和AUR3基因的转录调控元件上相互交叠,而生长素和油菜素内酯信号则在转录因子ARF水平上相交.
- 张长青王进朱怀球高翔
- 关键词：转录调控
