黑龙江省自然科学基金(QC2012C034)
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
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- 民猪低温胁迫的基因表达谱分析
- 2013年
- 随着基因芯片在基因的发现与识别等研究方面的应用,高通量并行识别特征基因成为表达谱分析的重要工作之一。地方猪种民猪在抗寒性方面表现出较好的生物特征,提出的目标优化方法在识别民猪抗寒性状相关基因方面效果较好。通过制备常温状态和低温状态两类样本的基因芯片,获得了民猪低温胁迫的表达谱数据,通过目标优化算法多次迭代筛选得到的特征基因集合,对于不同的特征基因集合的分析,最终确定民猪抗寒性状相关基因,注释在生物学数据库中获得了相应的基因功能。目标优化算法泛化性能较好,能够同步进行特征基因的选择和样本分类两过程。
- 杨月莹刘娣丁常宏祁雪莲
- 关键词：基因表达谱低温胁迫
- 民猪耐寒基因目标风险最小特征搜索
- 2013年
- 面对小样本海量特征的基因芯片数据,准确高效地筛选分类特征基因是数据分析的重要工作。通过制备常温状态和低温状态两类地方民猪样本的基因芯片数据,以抗寒性状相关基因筛选为目的,提出目标风险最小特征搜索算法,通过设定目标参数筛选出抗寒性状相关的基因集合。这些抗寒性状相关基因对两类样本分类效果非常好,通过与经典的分类方法相比较,多种方法都获得稳定高效的分类准确率,该特征筛选过程获得的抗寒相关基因具有较强的分类效能。通过基因功能生物学注释,得到特征基因所在的功能结点信息,这些已知基因的功能为进一步研究特征基因集合中未知基因的功能提供了试验设计依据。目标风险最小特征搜索的同时可以进行样本分类和重要分类特征的筛选,适用于基因表达谱数据的统计分析。
- 杨月莹刘娣
- 关键词：基因芯片特征搜索抗寒
