河南省基础与前沿技术研究计划项目(2010A180010)
- 作品数：1 被引量：1H指数：1
- 相关作者：王孝娟邓传良张宏杰高武军卢龙斗更多>>
- 相关机构：河南师范大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金河南省基础与前沿技术研究计划项目更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 石刁柏EST序列中微卫星分布特征分析被引量：1
- 2011年
- 目的:开发新型石刁柏EST-SSR分子标记和开展相关的分子生物学研究。方法:利用EST-trimmer、Repeat Masker、SSRIT等生物信息学分析工具对石刁柏EST数据库中的EST序列进行去除poly A/T尾,载体、重复序列和低质量序列处理,并对EST序列中SSR分布特征进行了分析。结果:在NCBI数据库中下载的8 565条石刁柏EST序列中,重复次数超过5次的SSR共有610个,其中分布于601～800bp的EST-SSR标记最多,共464个,占SSR总数的77.33%;主要SSR重复基元类型是二核苷酸,共426个,占SSR总数的69.84%,其次是三核苷酸占SSR总数的29.18%。四核苷酸和五核苷酸的SSR仅各3个。结论:石刁柏EST中存在丰富的SSR信息,其中二核苷酸的AG/TC、GA/CT以及三核苷酸的CTT/GAA是SSR主要的重复单元。
- 高武军张宏杰王孝娟邓传良卢龙斗
- 关键词：石刁柏表达序列标签微卫星
