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大菱鲆热休克蛋白90基因cDNA的克隆及其表达特征被引量：6: 2010年; 从大菱鲆脾脏cDNA文库中筛选到HSP90,采用基因克隆方法获得含有1个97bp的5’UTR、2190bp的开放阅读框和501bp的3’UTR的全长cDNA序列。整个开放阅读框编码729个氨基酸,包含HSP90家族5个保守信号区。与其他物种已知序列同源比对的结果显示,此编码氨基酸更接近于热休克蛋白90β亚型(HSP90β),与牙鲆HSP90β的同源性高达96.6%。RT-PCR分析表明,在胚胎发育初期就能检测到HSP90,其表达量伴随着胚胎发育,先增加后减少,在尾芽期达到最高。HSP90在健康大菱鲆各供试组织中均有表达。经鳗弧菌感染处理后,在胚胎细胞中也有HSP90的强烈表达。结果显示,大菱鲆HSP90cDNA序列为HSP90β,是一种组成型表达的基因,其在维持正常生理机能、胚胎发育和应激中发挥重要的作用。; 王婷婷陈松林孟亮刘洋; 关键词：HSP90 大菱鲆 CDNA

日本牙鲆主要组织相容性复合体DAB等位基因的多态性被引量：8: 2008年; 根据牙鲆(Paralichthys olivaceus)主要组织相容性复合体(MHC)DAB基因序列设计特异性引物,在日本牙鲆基因组中扩增了包括DAB基因完整外显子2和内含子1在内的长度为408bp的DNA片段。对该片段克隆测序后,发现了37个MHC-DAB等位基因,各等位基因的频次以及各主型中亚型数目分布都不平衡。在第二外显子273bp核苷酸序列中有50个位点发生变异,核苷酸多样性PI值为0.0618,在编码的氨基酸序列中存在多态变异位点30个,其中简约信息位点29个,单变异位点1个。非同义替代与同义替代的比率在抗原结合区(PBR)和非PBR编码区分别为10.0和1.62,分析表明正向选择机制可能是产生牙鲆MHC-DAB多态性的主要因素。估计的核苷酸的转换和颠换数随着遗传距离的增加而增加。各等位基因间的系统发生关系表明,19个主型分为两个群。对氨基酸组分和密码子的偏倚性以及分布频率的分析表明各同义密码子的使用频率不均衡。本研究为牙鲆MHC-DAB基因的遗传进化和分子标记辅助育种的研究提供了理论基础。; 徐田军陈松林田永胜; 关键词：牙鲆主要组织相容性复合体等位基因多态性

大菱鲆脾脏cDNA文库构建、EST序列分析与免疫抗病相关基因的筛选被引量：6: 2009年; 以大菱鲆脾脏为材料,构建cDNA文库,通过对文库克隆的序列测定和初步生物信息学分析,共获得3 656个大菱鲆脾脏表达序列标签(EST)。经与GenBank数据库的序列比对后发现,1 891个EST代表了149个已知基因,其余1 765个EST为未知序列。这149个基因大致可分为6类:9个为细胞结构类(6.0%);26个为代谢类(17.5%);45个为细胞防御/免疫类(30.2%);43个为基因/蛋白质表达类(28.9%);16个为细胞信号转导/细胞交流类(10.7%);10个无法明确分类(6.7%)。鉴定的与免疫抗病相关重要基因主要有:CC/CXC趋化因子;主要组织相容性复合体(MHC)class I;αC3补体;天然杀伤细胞增强因子(NKEF);胸腺素β-4/β-12;干扰素诱导蛋白G ig1;白介素8受体;STAT4;热激蛋白70/90等。; 孟亮陈松林刘洋; 关键词：大菱鲆 CDNA文库表达序列标签免疫相关基因

大菱鲆亲子鉴定的微卫星多重PCR技术建立及应用被引量：30: 2011年; 用8个微卫星标记组合建立了2个微卫星多重PCR体系,对大菱鲆7个人工选育家系进行了系谱认证、亲子鉴定和遗传多样性研究。2个多重PCR体系中8个微卫星位点共检测到等位基因49个,每个位点等位基因数为3~8个。根据已知亲本及子代基因型,成功推断出了3个缺失亲本的基因型。在双亲未知的情况下2个多重PCR的8个微卫星位点累积排除概率是96.58%,已知1个亲本时累积排除率为99.71%,亲子鉴定准确率为96.42%。采用70个个体进行双盲验证,利用UPGMA法对7个家系的70个体进行了聚类分析,同一家系95.71%的个体聚类分析结果与系谱来源一致。Cervus 2.0软件亲子鉴定结果表明亲子鉴定准确率为92.86%。2个多重PCR体系的建立为大菱鲆不同家系混养后的亲子鉴定、系谱分析和分子辅助家系管理提供了技术手段。; 苗贵东杜民杨景峰徐营樊廷俊陈松林; 关键词：大菱鲆微卫星多重PCR 亲子鉴定

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国家自然科学基金(30671623)