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含有L-对硝基苯丙氨酸的BAFF改构体的分子动力学模拟与分析被引量：2: 2017年; 建立含有L-对硝基苯丙氨酸(p-nitro-L-phenylalanine,pNO_2Phe)蛋白的分子动力学模拟方法,分析了含有pNO_2Phe的蛋白具有免疫原性的构效关系,为其他含有非天然氨基酸蛋白的动力学模拟研究提供参考。使用CGenFF-paramchem计算天然氨基酸中不存在的L-对硝基苯丙氨酸的新的成键、键角、二面角信息与能量,将新成键的键长、键角、二面角参数与相应的能量信息写入CHARMM(chemistry at Harvard macromolecular mechanics)力场参数文件中。重新定义L-对硝基苯丙氨酸的CHARMM力场参数后,利用纳米分子动力学(NAMD)成功对含有L-对硝基苯丙氨酸的B淋巴细胞刺激因子(BAFF)进行动力学模拟。统计动力学模拟过程中的每一帧体系的温度,作出的温度分布图符合正态分布,证明了新定义力场参数的稳定性。模拟结果中,蛋白的均方根偏差(RMSD)在趋近于2.5,pNO_2Phe残基的均方根涨落(RMSF)为3.7,显著高于分子的其他部位,表明pNO_2Phe残基运动剧烈,蛋白在该残基附近结构的可变性较大,可能会产生新的构象表位,为含有pNO_2Phe蛋白成为自体疫苗的设计提供了理论上的可行性。; 蔡棣田浤姚文兵; 关键词：CHARMM B淋巴细胞刺激因子

基于神经网络和遗传算法的非天然氨基酸突变蛋白的培养优化: 2013年; 非天然氨基酸定点改构技术已被广泛应用于蛋白质结构与功能研究以及新药开发等,然而常用的无机盐培养基营养匮乏导致突变蛋白的产量过低,严重限制了该技术的进一步应用。相比传统的优化方法,文章结合了人工神经网络以及遗传算法,更方便、更准确地对大肠杆菌发酵突变蛋白的培养条件进行了优化。试验以引入对乙酰基苯丙氨酸的尿酸酶作为模式蛋白,以尿酸酶的酶活测定直观反映蛋白表达量,对培养条件中4个因素进行了摸索并优化,最终获得了最佳培养条件为:甘油1.04%、非天然氨基酸溶液1 mmol/L、金属离子综合液0.86×、IPTG 0.5 mmol/L,并且利用优化后的培养条件发酵获得的尿酸酶产量较未优化前提高了14%。并且通过测定尿酸酶酶活的精确比较,验证了ANN方法较响应面法在优化复杂的非线性生物工艺方面的优势。本试验的顺利完成,不仅提高了引入对乙酰基苯丙氨酸的尿酸酶的产量,同时也为其他非天然氨基酸定点引入蛋白的发酵培养基优化提供了重要参考。; 黄捷田浤陈海姚文兵; 关键词：人工神经网络遗传算法非天然氨基酸尿酸酶培养基优化

人Th17细胞体外诱导分化条件的研究被引量：3: 2016年; 通过密度梯度离心法从人新鲜血液中分离获得人外周血单核细胞(PBMCs),比较分析加入不同细胞极化因子(IL-1β、IL-6、TGF-β和IL-23)以及诱导不同时间(1,2,3,4 d)对Th17细胞分化的影响,利用流式细胞仪、ELISA方法以及Q-PCR技术考察相关指标,评估人体外Th17细胞的分化水平。研究表明,IL-1β、IL-6、TGF-β和IL-23单独均能对Th17细胞的分化起到促进作用,联用IL-1β、IL-6、TGF-β和IL-23时可使Th17细胞体外分化效率达到最佳。随着诱导时间的延长,Th17细胞分化水平逐渐升高,培养3 d时达到峰值,继续增加培养时间分化率反而出现降低。最终确立人Th17细胞体外分化的最佳诱导条件:在加入CD3抗体和CD28抗体的基础上,同时加入IL-1β、IL-6、TGF-β以及IL-23共同培养人PBMCs3 d可有效地刺激人Th17细胞的分化,并且流式细胞检测Th17细胞分化率达到近10%,ELISA检测细胞上清液中IL-17A含量达到近3 ng/m L,Q-PCR方法分析IL-17 mRNA基因表达升高达15倍,此方案具有操作简便、周期短、成本低廉等优点,为Th17细胞的功能研究及相关疾病治疗药物的研发建立了有效的检测平台。; 王辰郭薇王欣郁冬梅王宇恒姚文兵; 关键词：人外周血单核细胞 TH17细胞体外诱导分化

聚乙二醇化Exendin-4类似物受体亲和力测定方法的建立: 2016年; 基于荧光素酶报告基因法和本实验室前期构建的CHO-GLP-1R-CRE-Luc＋检测模型细胞株,建立并优化了长效降糖多肽——聚乙二醇化Exendin-4类似物PE与GLP-1受体的亲和力测定方法,并对其进行了方法学验证。结果表明,当药物作用4 h,化学发光底物作用15 min,检测药物在5.7×10-3-1.5×103nmol/L浓度区间内时,该检测方法的专属性和耐用性良好、准确度和精密度较高,符合《生物制品质量控制分析方法验证技术一般原则》的相关要求。本研究为该类GLP-1受体激动剂药物的快速评价与筛选奠定了基础。; 郭林峰胡晓静印蕾田浤姚文兵; 关键词：EXENDIN-4 聚乙二醇化

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国家教育部博士点基金(20120096110007)