天津市科技支撑重点项目(09ZCKFGX00400)
- 作品数：10 被引量：16H指数：2
- 相关作者：孙济洲于策王栋肖健武华北更多>>
- 相关机构：天津大学中国科学院国家天文台河南农业大学更多>>
- 发文基金：天津市科技支撑重点项目国家自然科学基金天津市自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术天文地球更多>>
- 基于优化判别模型的蛋白质分类方法
- 2010年
- 在远同源检测的蛋白质分类方法中,基于判别模型的分类器相对于其他方法取得了最高的准确性,但这类方法都面临训练建模时因正类样本不足导致的训练不平衡问题。为此提出一种基于优化判别模型的蛋白质分类方法,通过对正负样本设置不同的惩罚系数,平衡分类器正负训练集的权重,进一步提高基于判别模型的分类器性能。比对实验表明,基于优化判别模型的方法取得了更高的准确性,并且通过参数优化,该方法可以提高所有基于判别模型的分类器性能。
- 王栋孙济洲毕庆生宋婷
- 关键词：支持向量机
- AST3图像相减测光模板系统设计被引量：1
- 2011年
- AST3是将要安装于位于南极内陆冰穹A的昆仑站的3台口径50 cm的施密特望远镜,寻找变源(尤其是瞬间变源)是其科考目标之一,需要通过图像相减测光方法实现。首先需要根据初期的观测数据生成标准模板图像,而后在长期观测过程中,将模板图像与新观测到的图像进行相减测光处理,从而发现变源。模板在观测中起着举足轻重的作用,给出了模板制作的流程,并且验证了其可实现性和功能的正确性。
- 康文东于策张旭明孙济洲商朝晖陈锦言曹玮
- 关键词：图像叠加
- 基于并行多类支持向量机的蛋白质结构预测被引量：1
- 2011年
- 在远同源检测的蛋白质结构预测方法中,基于支持向量机的方法取得了优于其他方法的高准确性,但这类方法只能完成对目标蛋白质作出是否属于特定蛋白质结构的判别,而实际应用中常需要直接给出具体的结构预测结果。提出一种基于多类支持向量机的蛋白质结构预测方法,通过采用加权一对多的多类分类方法对标准支持向量机输出结果进行综合评价,获得唯一的结构预测结果;同时为了克服算法复杂性高的弱点,用并行计算的思想对算法进行了优化。实验表明,基于并行多类支持向量机的蛋白质结构预测取得了更高的准确性,并行化的处理提高了多类支持向量机分类器的性能。
- 王栋孙济洲李福超宋婷
- 关键词：蛋白质结构预测多类支持向量机并行计算
- FJRR:一种基于阵列型数据划分应用的并行设计模式被引量：1
- 2010年
- 并行设计模式能够降低并行编程的难度与复杂度。针对科学与工程计算领域大量耗时的数据密集型应用的计算,提出了一种能够适用于阵列数据划分应用的FJRR并行设计模式;鉴于开发者更习惯串行编程,在FJRR模式中提出并实现了一种类串行化并行程序设计的思想。通过两个示例进行了模式应用说明与性能分析,并将该模式在EasyPAB可扩展并行应用开发平台中实例化并应用。
- 汤善江孙济洲于策武华北徐祯
- 关键词：轮循
- 基于半监督支持向量机的并行远同源检测方法被引量：1
- 2009年
- 在生物信息学中,对给定氨基酸序列的蛋白质进行分类,检测细微的蛋白质序列相似性或远同源性对于准确预测蛋白质功能和结构都非常重要。提出一种新的基于半监督支持向量机的远同源性检测方法,通过定义序列概率剖面,充分利用大型数据库的非标记数据,并行构筑支持向量机核函数,并结合最近邻分类器实现对任何数据的全覆盖。实验表明,该方法能够大幅提高蛋白质序列分类器的性能与效率。使用并行技术将总体计算时间控制在一定范围,推动了半监督支持向量机分类器的广泛应用。
- 王栋孙济洲李福超
- 关键词：半监督学习支持向量机并行计算分类器
- GAISP:一种GPU加速的天文图像相减测光算法被引量：2
- 2011年
- 为了解决天文图像相减测光存在的性能问题,满足特殊条件下天文观测的实时性要求,在充分分析原始测光算法整体性能的基础上,结合CUDA并行编程模型,并行优化测光算法中模板图像降晰的计算,提出并实现了一种GPU加速的测光算法GAISP。实验结果表明,GAISP在处理较大规模天文图像时,图像相减部分耗时较原始算法降低2/3。
- 杨沐津于策孙济洲曹玮陈锦言商朝晖刘强
- 关键词：图形处理器并行化
- 基于CELL宽带引擎架构的MPI研究与实现被引量：1
- 2010年
- 研究了在CBEA上移植MPI消息传递编程模型和标准接口的可行性,并利用IBM CELL SDK 3.0实现了一组常用的MPI编程接口。实验结果表明,该组MPI接口可满足CBEA上应用开发的数据传输性能要求,并且其性能已接近现有DMA数据传输模式。该组MPI接口为CELL应用开发人员提供了一种通用编程接口解决方案。
- 徐祯孙济洲于策亓大志张旭明
- 关键词：异构多核处理器数据传输
- 基于MapReduce模型的分布式天文交叉证认被引量：2
- 2010年
- 交叉证认是实现多波段数据融合的关键技术,目前还缺乏对其分布式算法的研究。快速增长的数据规模使该问题必须要依赖分布式并行计算技术解决。提出了一种基于MapReduce分布式模型的新方法,根据Map-Reduce的要点,尽量减少了任务间的通信量,并通过合理设置划分粒度保证了效率与存储间的平衡。实验结果表明,该方法对海量数据交叉证认的效率提升明显,在大规模集群上达到了接近线性的加速比。该方法为交叉证认提供了一种快速有效的解决途径。
- 赵青孙济洲肖健于策崔辰州刘旭袁鳌
- 关键词：MAPREDUCE并行计算分布式计算
- 面向海量数据的并行天文交叉证认被引量：3
- 2010年
- 交叉证认是实现多波段数据融合的关键技术,天文数据的海量性使这一问题必须要依靠计算机技术加以解决。按照PCAM并行设计模型设计了并行交叉证认算法。针对交叉证认在数据I/O访问方面存在的性能瓶颈,通过调整划分的粒度、过滤空白区域、优化数据加载、计算流程等方法,协调了数据读取量与计算量间的关系。实验表明该并行方法对交叉证认计算的效率提升明显。另一方面还考虑了对HTM、HEALPix两种最常用天文数据索引方式的支持,并通过实验对比了两者的性能,为我国天文数据主题库、虚拟天文台等项目提供了技术参考。
- 赵青孙济洲于策崔辰州肖健
- 关键词：HTM大规模数据处理
- 面向混合并行计算系统编程环境的研究与实现被引量：4
- 2010年
- 分析了基于CMP节点的混合并行计算系统并行处理模式,基于分层次的自顶向下、逐步细化的思想,设计并实现了面向此类混合并行计算系统的编程环境,从而大大降低程了序设计人员在此类环境下编写并行应用程序的复杂度,减少了程序编码错误,提高了编程人员的效率。
- 武华北孙济洲王文义
- 关键词：多核微处理器共享缓存并行程序设计
