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基于新一代测序方法的小鼠睾丸出生后发育的转录组研究被引量：2: 2013年; 哺乳动物睾丸的发育是一个高度复杂而精密的过程.为了从转录组水平研究睾丸正常发育过程中的动态变化,本实验选取了出生后6日龄、4周龄和10周龄的3组小鼠,分别代表其幼年期、青春期以及成年期.应用超高通量的新一代测序技术(RNA-seq),获得了2.11亿条长度为35bp的序列,鉴定出18837个基因,并且发现表达量最高的基因均与精子发生相关.同时,也发现6日龄小鼠睾丸的基因表达谱明显有别于4和10周龄,表明4周龄小鼠已进入性发育期.本文分析了睾丸发育过程中大量与精子发生和体细胞发育相关的基因,找到了MAPK,Hedgehog和Wnt等信号通路在睾丸不同发育阶段中所起的重要作用.这些研究结果加深了对睾丸发育的分子调控机制的认识.本研究也表明新一代测序技术在转录组研究中具有很大优势.; 龚未潘林林林强周媛媛辛成齐俞晓敏崔鹏胡松年于军; 关键词：转录组小鼠睾丸发育

结合多组学和人类蛋白互作网络研究急性髓细胞白血病中的突变基因互作子网络被引量：1: 2015年; 急性髓细胞白血病(AML)是一类由血液中白细胞恶性增殖引起的恶性疾病,很多与AML致病性相关的基因突变还没有被阐明,使用基于多组学整合分析的方法可以有效地揭示AML中基因突变与疾病间的相互关系.通过使用来源于癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)计划中AML病人的1 450个体细胞突变基因数据和这些基因的RNA表达量数据,结合人类蛋白互作网络,构建了在AML中的基因子网络.发现的基因子网络中包含21个突变基因,KEGG代谢通路和GO富集分析结果表明,趋化因子信号通路和染色体结构相关基因在AML的致病性中具有重要作用;并且,基因子网络可以反映AML中突变基因间的相互作用关系,可以加强对AML致病机理认识.在基因子网络中,部分基因已经被证明与AML相关,如NPM1,KDM1A和NRAS等,但部分基因还需要进一步探索,如CBX7,GNAI2和COPS2等.对这些基因的深入研究可以加强对疾病致病机理的认识.最后提供了整合多组学数据研究疾病的框架,并且该框架可以应用于其他疾病或机制的研究中.; 江建平杨芳张亮窦同海周雁; 关键词：急性髓细胞白血病基因网络

多位点序列分析在食品用双歧杆菌分类鉴定中的应用被引量：3: 2015年; 双歧杆菌是一类被广泛应用于食品工业的益生菌,准确、快速地分类和鉴定双歧杆菌对其应用和管理具有重要意义。选择了可在食品中使用的双歧杆菌菌种中的12个代表菌株,使用多位点分析的方法对其16S r DNA和7个管家基因进行研究,从系统发育的角度讨论利用多基因串联的方式对双歧杆菌属建立稳定可靠的分类方法的可行性。研究发现双歧杆菌属中部分菌株存在特异性序列缺失,可以为菌株的快速检测提供线索;多基因系统发育分析较16S r DNA分析方法分辨力更高,可应用于食品中双歧杆菌的分类鉴定。; 江建平刘洋张亮窦同海周雁; 关键词：双歧杆菌多基因系统发育分析

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国家科技基础性工作专项(2009FY120100)