国家林业公益性行业科研专项(200904041)
- 作品数：4 被引量：45H指数：4
- 相关作者：傅建敏吴硕乌云塔娜梁玉琴李芳东更多>>
- 相关机构：中国林业科学研究院中南林业科技大学更多>>
- 发文基金：国家林业公益性行业科研专项更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 柿EST-SSR引物的开发及筛选被引量：11
- 2012年
- 为丰富柿树SSR引物来源,利用从NCBI下载的9 474条柿属EST序列开发柿EST-SSR引物,并用于分析7个柿品种的遗传多样性。EST序列经去除低质量及冗余片段后拼接成1 390条重叠序列和4 097条无重复序列。共搜索到601条EST序列中含有540个SSR。SSR出现频率为10.96%,其中以2核苷酸为主(61.06%)。利用检出的SSR-ESTs序列设计SSR引物100对,对7个柿样品进行了PCR扩增,31对引物有扩增带,占设计引物的31%,其中14对引物有多态性,占可扩增引物的45.2%。同时发现引物68是临潼板柿的特异引物。引物68的P68-115、P68-160和P68-210处为临潼板柿的3个特异性标记位点,而引物28的P28-225是麻城秋艳的特异性标记位点。
- 吴硕傅建敏乌云塔娜梁玉琴李芳东
- 关键词：ESTSSR标记
- 柿属植物基因组DNA提取方法比较被引量：21
- 2012年
- 针对柿属植物叶片富含单宁,常规CTAB法提取DNA质量低等问题,为了获得符合柿属植物SSR-PCR扩增要求的DNA,分别采用改良CTAB法和植物基因组DNA提取试剂盒两种方法,提取柿属植物DNA,结果显示:两种方法均可得到满足SSR-PCR扩增要求的DNA;试剂盒较改良CTAB法提取的DNA质量高、杂质少,DNA得率略低,但其操作步骤简单,耗时短,毒害小,因其费用较改良CTAB法高,各实验室可根据自身条件选择适宜方法提取柿属植物DNA。
- 梁玉琴李芳东傅建敏乌云塔娜吴硕
- 关键词：柿属植物DNA提取改良CTAB法
- 柿属EST-SSR引物设计及遗传多样性研究被引量：9
- 2012年
- 利用从NCBI上下载的9 474条EST(Expressed Sequence Tags)序列,设计并开发EST-SSR引物,用于柿属种质资源的遗传多样性研究。下载的初始序列拼接成1 390条重叠序列和4 097条无重复序列。用SSRHunter软件搜索到601条EST序列中含有540个SSR。SSR出现频率为10.96%,其中以2核苷酸为主。依据检出的SSR-ESTs序列设计SSR引物100对,对9个柿属(Diospyros L.)种质资源样品进行了PCR扩增,其中42对引物有扩增带,占设计引物的42%,其中30对引物有多态性,占可扩增引物的71.4%。同时发现引物15是美洲柿(雄)的特异引物;引物30是青化北野柿的特异标记;引物69和引物80为美洲柿的特异引物;引物99是无核软枣的特异引物。
- 吴硕傅建敏乌云塔娜梁玉琴
- 关键词：柿属ESTSSR标记
- 正交设计优化柿属植物SSR-PCR反应体系被引量：17
- 2011年
- 为了快速有效地确定柿属植物SSR-PCR反应体系,给柿属植物遗传多样性的SSR标记研究奠定基础,采用正交设计的方法,利用2×Taq PCR Master Mix,将Taq酶、dNTPs和Mg2+3个因素作为整体,综合评价其对柿属植物SSR-PCR反应体系的影响。结果显示:反应各因素水平对PCR反应均具有显著影响,其中Mix影响最大,引物次之,模板DNA最小;确定柿属植物SSR-PCR反应体系为模板DNA 2μL(40～100 ng)、2×TaqPCR Master Mix 10μL、引物1μL,总体积25μL;反应体系具有较高的重复性和稳定性,筛选出20对多态性较高的柿属植物SSR引物。
- 梁玉琴李芳东傅建敏乌云塔娜吴硕
- 关键词：柿属植物正交设计SSR-PCR反应体系MASTERMIX
