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我国新发现的鼠疫自然疫源地鼠疫菌基因组序列测定及分析被引量：8: 2011年; 目的测定和分析我国新发现的鼠疫自然疫源地鼠疫菌株（耶尔森菌）的全基因组序列，探讨玉龙疫情菌株（D106004）与邻近两个疫源地剑川菌株（D182038）和西藏菌株（Z176003）的亲缘关系。方法采用全基因鸟枪法及Solexa方法对3株鼠疫菌株进行全基因组测序．并进行比较基因组学分析。基因组间编码序列比较分析采用BLAST软件进行，基因组间重排分析采用MAUVE软件进行。结果鼠疫菌株D106004、D182038、Z176003均具有1个染色体和3个质粒，菌株间染色体、质粒特征基本相似；3株菌株间编码序列的蛋白相邻类的聚簇（COG）功能分类及插入序列数目比较差异无统计学意义（x2值分别为3．03、0．257，P均〉O．05）。菌株间编码序列、单核苷酸多态性（SNPs）和基因组重排结果显示，在3株菌株中，有2882个基因具有100％的同源性。其中D106004菌株预测的3636个基因中与D182038菌株一致的基因有2994个，90％以上相似的基因有240个；与Z176003菌株一致的基因有3113个，90％以上相似的基因有200个；D106004菌株与Z176003、D182038菌株的同义SNPs数为59、68个，非同义SNPs数为104、203个；D106004与Z176003菌株之间可分为11个重排片段，较之D106004与D182038菌株之间的16个重排片段数目明显减少。结论3株鼠疫菌株基因之间具有高度同源性，D106004与Z176003菌株之间的亲缘关系较之与D182038菌株更为接近．玉龙疫源地菌株可能是由西藏疫源地菌株进化而来。; 申小娜王琪夏连续张恩民梁莹徐冬蕾蔡虹魏建春张慧娟王艳华张志凯王宇萌王娜武利涛宋志忠张洪涛陈晨俞东征海荣; 关键词：耶尔森菌鼠疫

鼠疫耶尔森菌rRNA基因识别特征研究: 2011年; 目的分析鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）的rRNA基因识别特征。方法通过比较基因组学方法，利用Clustal W软件，对目前已完成全基因组测序的9株鼠疫菌的rRNA基因序列进行分析，分别比对rRNA基因簇两侧的2000bp序列、基因簇内16S、23S、5SrRNA及16S～23S基因间隔区序列，以确定鼠疫菌rRNA基因的识别特征。结果菌株D182038、D106004、Z176003和C092分别有6个rRNA基因簇拷贝（6拷贝菌株），菌株91001、KIM、Nepa1516、Antiqua和PestoidesF分别有7个rRNA基因簇拷贝（7拷贝菌株）。按照两侧2000bp序列不同，可将鼠疫菌rRNA基因簇分成13种类型，并可将6拷贝与7拷贝菌株进行区分；16S-23SrRNA基因间隔区含有4种不同种类和数量的tRNA基因，可将6拷贝菌株和7拷贝菌株分别进行区分；23SrRNA基因在不同菌株间及不同rRNA拷贝问的碱基突变数方差分析显示，各菌株间F=0．548，P=0．815〉0．05；各拷贝间F=5．228，P〈0．01。结论鼠疫菌rRNA基因簇两侧序列、间隔区tRNA基因和23SrRNA基因可作为识别不同菌株和不同rRNA基因簇拷贝的指标，将鼠疫菌不同菌株进行分类。; 张慧娟魏建春张恩民申小娜梁莹朱晓宇徐冬蕾孙丽娜张建华俞东征海荣; 关键词：鼠疫耶尔森菌 RRNA基因

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国家科技重大专项(2004BA718807)

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