国家重点实验室开放基金(SKLPBS1113)
- 作品数：10 被引量：51H指数：5
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- 噬菌体浓缩方法的比较被引量：7
- 2013年
- 目的:对不同噬菌体浓缩方法进行比较。方法:采用PEG沉淀、PEG反透析、阴阳离子结合树脂、超滤等5种方法对T4、T7、N4等3类噬菌体进行浓缩对比试验;在此基础上,用浓缩效果较好的方法对土壤和河道污水样本中的噬菌体进行浓缩,观察浓缩效果。结果:上述5种方法对3类噬菌体均有浓缩效果;超滤的浓缩效果最好,其次是PEG反透析,PEG沉淀没有很好的浓缩效果;河水样本中噬菌体的回收率比土壤样本高。结论:可通过PEG反透析、超滤或两者相结合的方法,得到高浓度的有活性的噬菌体。
- 韩传银张飞雄童贻刚
- 关键词：噬菌体
- 用于高通量测序未知病原体分析的样本预处理方法及扩增方案概述被引量：1
- 2015年
- 2005年以来,二代测序平台和测序技术越来越普及,被广泛用于新病毒和未知病原体的发现,从未经培养的复杂样本中筛查病毒类病原体需要更多的前期处理措施。我们围绕高通量测序所涉及到的测序样本预处理方法和扩增方法做简要总结:样品类型分为无菌样本和开放样本;病原体类型包括病毒、细菌、真菌等;背景核酸去除的常用方法包括物理分离、核酸酶消化和几种r RNA去除的方法;常用的微量样本非特异性扩增方法包括随机引物PCR、SISPA技术、锚定随机引物PCR、RCA技术、MDA技术和NASBA技术。
- 安小平童贻刚
- 关键词：高通量测序病原体
- 多耐药鲍曼不动杆菌噬菌体IME-AB6的分离、生物特性及保存方法研究被引量：7
- 2013年
- 目的:分离并鉴定一株多耐药鲍曼不动杆菌噬菌体,对其生物特性进行研究,为治疗多耐药鲍曼不动杆菌感染提供新的方法和实验依据。方法:以一株多耐药不动杆菌AB6为宿主菌,从医院废水中分离出噬菌体;用聚乙二醇6000对噬菌体进行浓缩和纯化,并就噬菌体的形态、一步生长曲线、裂解特性和不同保存条件对噬菌体活性的影响进行初步研究。结果:分离出一株噬菌体IME-AB6,电镜显示为肌尾噬菌体,其潜伏期为10 min,爆发期为40 min,爆发量160 pfu/cell;IME-AB6能迅速使菌液变清晰,温度灵敏性强,并且发现在4℃保存是一种方便高效的方法。结论:噬菌体IME-AB6是一株新的有独特特点的噬菌体,用聚乙二醇能很好地提高滴度,其潜伏期和爆发期短且杀菌效能强,性能稳定易保存,这对于噬菌体制剂的开发和耐药性鲍曼不动杆菌的防治具有潜在应用价值。
- 彭帆童贻刚柏长青
- 关键词：鲍曼不动杆菌噬菌体生物特性
- 基于裂解酶与ATP生物发光法特异定量检测炭疽杆菌方法的研究被引量：2
- 2014年
- 目的:原核表达炭疽杆菌噬菌体γ裂解酶(PlyG)和萤光素酶(Luc),结合这2种酶建立特异定量检测炭疽杆菌的方法。方法:PCR扩增得到带有His标签的裂解酶基因和萤光素酶基因,构建重组表达载体pET22b-plyG和pET22b-luc,转化至大肠杆菌BL21(DE3)并诱导表达,过镍柱纯化得到目的蛋白;利用裂解酶裂解和ATP生物发光定量检测蜡样芽孢杆菌RSVF1,与平板计数法对比建立线性关系。结果:表达了炭疽杆菌噬菌体γ裂解酶和萤光素酶,并建立了特异定量检测蜡样芽孢杆菌RSVF1的方法,与平板计数方法具有显著的线性相关。结论:因炭疽杆菌与蜡样芽孢杆菌RSVF1均对PlyG具有较强的敏感性,故本研究所建立的将炭疽杆菌噬菌体γ裂解酶与萤光素-萤光素酶系统相结合的检测方法对现场或临床定性定量检测炭疽杆菌提供了理论支持,具有良好的应用前景。
- 张博康怀兴米志强安小平张飞雄童贻刚
- 关键词：萤光素酶ATP生物发光法
- Autodock Vina与Discovery Studio在虚拟筛选耐药蛋白抑制剂中的比较被引量：14
- 2012年
- 随着大量与细菌耐药相关的基因的发现和其表达蛋白结构的成功测定,从已有的化合物中通过计算机模拟方法筛选对耐药蛋白靶点有作用的候选化合物,成为了药物发现的一个标准途径。虚拟筛选在耐药基因抑制剂的发现中可以提高效率、降低实验成本。本文介绍了Autodock Vina和Discovery Studio在基于分子对接法的虚拟筛选中的使用,并对比分析其对β-内酰胺酶活性位点的筛选结果。希望通过这种比较促进虚拟筛选在药物设计领域中的应用,提高耐药基因抑制剂的发现速度。
- 黄勇陈晨张志毅童贻刚赵勇
- 关键词：分子对接AUTODOCKVINADISCOVERYSTUDIO抑制剂
- 含有CRISPR序列的噬菌体耐受菌的筛选被引量：1
- 2014年
- 人工设计合成规律成簇的间隔短回文重复(CRISPR)序列特异性引物,将从临床分离的大肠埃希菌株作为模板,采用PCR扩增方法筛选含有CRISPR系统的大肠埃希菌;利用噬菌斑法从医院未经消毒处理的污水中分离大肠埃希菌噬菌体,经过PEG沉淀的方法浓缩得到高滴度的噬菌体,再用该筛选噬菌体感染上述含有CRISPR的大肠埃希菌以筛选耐受该噬菌体的大肠埃希菌菌株。最后从70株大肠埃希菌中筛选到42株含有CRISPR序列的菌株,然后采用噬菌斑法分离到1株大肠埃希菌E.coli 147-30的裂解性噬菌体IME-EC1,在此基础上利用E.coli 147-30筛选到1株耐受噬菌体IME-EC1的大肠埃希菌菌株,命名为E.coli 147-30R1。
- 滑玉会黄勇张志毅安小平米志强尹秀云陈建魁童贻刚
- 关键词：大肠埃希菌噬菌体
- 粪肠球菌噬菌体IME-EF3的分离及其治疗优势的发掘被引量：3
- 2014年
- 目的利用医院污水分离到临床耐药粪肠球菌的噬菌体IME-EF3，分析其生物学特性，发掘其治疗特性，为噬菌体制剂个体化治疗耐药粪肠球菌感染及利用噬菌体消除耐药粪肠球菌污染提供应用基础。方法利用医院污水,经污水富集法分离噬菌体,以粪肠球菌临床耐药分离株为宿主菌。经双层平板法确定噬菌斑形态及大小，纯化后测定其宿主谱范围、最佳感染复数（MOI）、一步生长曲线，并检测温度、紫外线照射对IME-EF3活性的影响。取适量噬菌体液，利用蛋白酶K俗DS法提取其基因组,对其进行酶切处理．确定其遗传物质的组成及形态。用酶切法进行了随机克隆，测序结果进行在线Blastx，并构建系统进化树分析与已知噬菌体的进化关系。结果成功分离到一株噬菌体斑．边缘清晰，斑体透明的裂解性粪肠球菌噬菌体IME-EF3热稳定性较好．对紫外线敏感。一步生长曲线显示IME-EF3的潜伏期为10～20min，呈爆发性增长，裂解量为75。其遗传物质为双链DNA,通过Blastx结果初步确定IME-EF3为尾病毒目，长尾噬菌体科。通过系统进化树可看出IME—EF3与其他噬菌体的亲缘关系较远。结论从医院废水成功分离到裂解性噬菌体IME-EF3，其爆发力强、潜伏期短、高裂解性、较好的热稳定性、与已知噬菌体远缘性等一系列的优良特点，为其噬菌体个体化治疗及与药物的联合使用提供了依据。
- 李晓玉丁鹏韩传银米志强安小平黄勇郑旺良冯福民童贻刚
- 关键词：DSDNA进化树
- 利用高通量测序快速检测H7N9禽流感病毒及基因组序列分析被引量：6
- 2014年
- 目的探索用高通量测序技术检测咽拭子样本中H7N9禽流感病毒的方法。方法分别提取编号为106、089及024 3份样本RNA,反转录,cDNA扩增,用Ion Torrent进行高通量测序,对测序结果进行生物信息学分析。结果 3个咽拭子样本的测序结果中均能检测出禽流感病毒,拼接出的基因组序列可以进行生物信息学分析。结论利用高通量测序技术可以快速地检测H7N9禽流感病毒,并可用生物信息学软件拼接基因组序列及进行序列分析。
- 裴广倩范航安小平王伟徐晓蒙史套兴童贻刚
- 关键词：高通量测序生物信息学分析
- 基于重组溶葡球菌酶和ATP生物发光技术特异定量检测金黄色葡萄球菌被引量：1
- 2014年
- 基于重组溶葡球菌酶和ATP生物发光法建立特异定量检测金黄色葡萄球菌的方法。优化设计合成溶葡球菌酶序列,构建重组表达载体pQE30-Lys,转化至大肠杆菌M15并诱导表达,镍柱纯化得到目的蛋白。利用重组溶葡球菌酶和ATP生物发光法特异定量检测金黄色葡萄球菌并与平板计数对比。成功表达了重组溶葡球菌酶,并建立了特异定量检测金黄色葡萄球菌的方法,与平板计数具有显著线性关系。本研究建立的将重组溶葡球菌酶和ATP生物发光法相结合的检测方法操作快捷简单,具有良好的应用前景。
- 李玉元米志强安小平周育森童贻刚
- 关键词：金黄色葡萄球菌
- 一株粪肠球菌噬菌体的分离及其生物学特性研究被引量：13
- 2013年
- 目的:利用临床耐药粪肠球菌分离裂解性噬菌体,为应用噬菌体治疗耐药粪肠球菌感染提供基础。方法:利用噬菌斑实验分离噬菌体并观察噬菌斑形态;双层平板培养法测定噬菌体效价、最佳感染复数及一步生长曲线;负染法电镜观察噬菌体形态;蛋白酶K/SDS法提取噬菌体基因组,酶切处理后琼脂糖凝胶电泳分析。结果:分离出一株噬菌体IME-EF1,该噬菌体能裂解多株临床分离的粪肠球菌;电镜观察呈蝌蚪形,最佳感染复数为1;通过绘制一步生长曲线,证明该噬菌体感染后的潜伏期为25 min,爆发期为35 min,裂解量为60 pfu。结论:研究结果表明利用临床分离的耐药粪肠球菌分离裂解性噬菌体是可行的,有望为耐药粪肠球菌的抗生素替代疗法奠定基础。
- 张文惠安小平范航范华昊李玉元米志强童贻刚
- 关键词：粪肠球菌噬菌体
