国家自然科学基金(60970003)
- 作品数：5 被引量：6H指数：2
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- 相关领域：自动化与计算机技术生物学理学机械工程更多>>
- 通过交互式移位-插入-删除进行基因组排序的较快算法被引量：1
- 2010年
- 多染色体基因组进化问题中常见的重组事件就是移位(translocation),对此已有很多研究成果.但事实上更为普遍的情况是2个基因组包含不同基因,这需要考虑插入和删除事件.对于"通过移位-插入-删除进行基因组排序(简称SG-TID)"这个问题,此前已有一个求解移位-删除(或者移位-插入)序列的近似算法,以及求解SG-TID问题的启发式算法.在给出了移位-插入-删除距离的表达公式后,给出了在增加O(n)存储空间的条件下,O(n2)时间内求解该问题的精确算法.该算法比此前给出的算法要快.
- 郝凡昌栾峻峰朱大铭张鹏李明
- 关键词：基因重组删除
- Unbalanced graph cuts with minimum capacity
- 2014年
- Peng ZHANG
- 关键词：不平衡小容量NP-HARD尺寸
- 一种改进的小波自适应边缘检测算法被引量：4
- 2011年
- 为合理选择小波变换尺度,解决抑制噪声和边缘定位之间的矛盾,提出了一种基于局部熵的自适应尺度选择方法,采用局部熵预处理图像,根据熵值大小自适应地选择小波变换的尺度,各区域分别按照相应的尺度进行小波变换检测图像边缘。实验结果表明,此方法比基于均方差的小波自适应算法检测到的边缘更清晰,定位更准确。
- 卢萌赵合计
- 关键词：小波变换边缘检测局部熵自适应尺度
- 枚举有符号基因组的可行交互移位算法
- 2010年
- 交互移位排序问题(SRT)是寻找一个使一个基因组转变为另一个基因组的最短交互移位序列。现在已有多个多项式时间的SRT算法,但大多数问题实例都有许多个最短交互移位序列,因此寻找所有最短交互移位序列问题是SRT一个自然的推广。这个问题可以归约为寻找一个基因组相对于另一个基因组的全部可行交互移位,即所有移位ρ满足:在一个基因组上执行ρ之后,所得基因组相对于另一个基因组的移位距离会减少。本文提出一个用来寻找全部可行交互移位的有效算法,尽管新算法的时间复杂度比穷举法改进不大,但实验结果表明,其在实际运行中表现更好。
- 陈超栾峻峰
- 短块移动排序的14/11近似算法被引量：2
- 2011年
- 块移动是基因重组的一种重要形式.短块移动是将排列中的元素最多移动到偏离原来两个位置的块移动.Heath和Vergara最先给出短块移动排序近似度为4/3的多项式时间算法.本文设计了近似性能比为14/11的短块移动排序新算法.首先讨论了具有伞形结构排列图的子排列的排序方法,并将这种子排列称为‘伞’,设计了特殊子排列伞短块移动排序的多项式时间精确算法.然后给出关联伞子排列短块移动排序的贪心算法.讨论了5种特殊子排列的短块移动排序方法,证明了它们短块移动距离的新下界,从而证明此贪心算法的近似性能比为14/11,这是目前解答短块移动排序问题近似性能比最小的多项式近似算法.
- 姜海涛朱大铭
- 关键词：近似度
