河南省教育厅科学技术研究重点项目(13A210484)
- 作品数：2 被引量：13H指数：2
- 相关作者：王娟宋尚伟陶永焕张芳明张恒涛更多>>
- 相关机构：河南农业大学中国农业科学院郑州果树研究所更多>>
- 发文基金：河南省教育厅科学技术研究重点项目更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 苹果EST-SSR引物的开发及部分品种亲缘关系分析被引量：4
- 2013年
- 【目的】开发苹果EST-SSR引物,评价苹果种质资源的多样性与亲缘关系。【方法】利用NCBI数据库中苹果EST的SSR位点开发了35对EST-SSR引物,建立了苹果EST-SSR体系,并利用筛选出的16对引物对苹果品种资源的亲缘关系进行研究。【结果】118份基因组DNA共扩增出等位基因位点138个,位点数的变化从3到13不等,平均每对引物检测到8.62个位点,总的多态性比率为94.2%,各引物的多态性比例分布为81.8%～100%,相似系数为0.48～1.00。利用UPGMA法构建聚类树状图,在相似性系数0.65处可将118个供试材料分为5大组:其中第1组又可分为2个亚组,包含了绝大部分供试材料;第2、3、4和5组包含的品种数目分别为12个、11个、3个和2个;第5组与其他组亲缘关系较远,相似性系数仅为0.48。【结论】筛选出的16对EST-SSR引物可用于评价苹果种质资源间的遗传多样性。
- 宋尚伟张恒涛张芳明王娟陶永焕
- 关键词：苹果亲缘关系聚类分析
- 葡萄EST-SSR引物的开发及部分种质聚类分析被引量：10
- 2014年
- 借助SSRs软件查找葡萄属含有SSR的EST序列,从葡萄属EST-SSR数据库中开发新型的EST-SSR标记,进行可利用性筛选,并设计引物。共开发出28对引物,从中筛选到16对多态性引物对62份葡萄材料进行PCR扩增。计算相似系数并构建聚类树状图,通过聚类分析研究葡萄属不同品种之间的亲缘关系,进一步验证EST-SSR在葡萄种质分类鉴定中的可行性。结果表明:绝大多数材料间的相似系数大于0.74,62份供试材料在相似系数0.658处可分为4个类群,大多数亲缘关系较近的种质资源都聚集在一起,相似系数种内较种间大,与传统分类情况基本一致。
- 王娟陶永焕宋尚伟
- 关键词：葡萄EST-SSR聚类分析
