国家自然科学基金(60403002)
- 作品数：35 被引量：127H指数：10
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- 与非门(NAND)的DNA计算模型被引量：3
- 2008年
- 近年来,随着DNA计算研究的深入,基于DNA的布尔电路的模拟成为其中一个热门的研究方向.分子信标是一种特殊的探针分子,广泛应用于各种生物技术的检测方面,具有结果稳定,特异性强的优点,本文提出了一种基于诱导"发夹"形式的DNA与非门模型,和已有的模型相比,该模型具有简单,可靠性更高且可以重复使用等优点.
- 刘文斌
- 关键词：DNA计算发夹结构
- 基于闭环DNA模型的八皇后问题算法被引量：20
- 2007年
- 给出了闭环DNA计算模型及其基本生化实验,提出了基于闭环DNA的求解八皇后问题全部可行解的DNA算法,分析了算法的实现步骤及其实现方式并得到了全部的可行解。最后讨论了算法的复杂性。
- 周康同小军许进
- 关键词：八皇后问题DNA编码删除实验
- 0-1规划问题的闭环DNA算法被引量：5
- 2009年
- 提出了闭环DNA分子的结构灵活性的两个方面,即DNA分子链长的可控性和DNA分子之间的相互转化。针对非负整数系数的0-1规划问题,提出了闭环DNA算法。该算法首先对0-1变量按照0和1的取值、对应的各项系数和检测标记进行五组DNA编码并形成所有可能解;再利用接入实验、电泳实验和删除实验筛选出可行解,进而得到所有最优解;最后通过检测实验输出实验结果。给出了算法的正确性的证明并讨论了算法复杂性,给出一个算例说明了算法的有效性。对算法进行了改进,改进后的算法适用于可以含有负数的实数系数0-1规划问题。
- 周康覃磊同小军许进
- 关键词：闭环DNA计算模型删除实验
- 基于可满足解空间的DNA算法——解决最小顶点覆盖问题被引量：2
- 2005年
- 论文给出了基于可满足解空间的最小顶点覆盖问题的DNA算法,该算法直接生成可满足解空间,无须在全体解空间中进行各种过滤过程。在对图中的顶点进行适当的编码后,使用常规的生物操作完成可满足解空间的产生及最终解的分离。最后指出了该算法的优点、存在问题及下一步的研究方向。
- 朱翔鸥刘文斌孙川许进
- 关键词：DNA计算NP完全问题顶点覆盖问题
- 基于三链核酸的DNA计算被引量：5
- 2009年
- 一种研究DNA计算的新模型——三链DNA计算模型在本文中提出。此模型是在近年三链核酸的研究成果的基础上建立的。并应用于求解可满足性问题(SAT),这是一个困难的NP-完全问题。不同于以往的DNA计算方法,基于三链核酸的分子算法通过寡聚脱氧核苷酸(ODN)在RecA蛋白的介导下与同源的双链DNA匹配成三链DNA进行基本的运算,这样可以有效减少计算中的错误。依据分子生物学的实验方法,该算法切实可行并且有效。
- 方刚张社民朱岩许进
- 关键词：三链核酸DNA计算NP-完全问题
- DNA编码的模型分析被引量：6
- 2007年
- 提出了适应DNA计算的DNA编码问题.对等码长的DNA编码问题的数学模型进行分析.以优化码长作为目标,分析了约束条件.以杂交反应为核心将约束条件分为基本约束和控制生化实验的约束,而控制生化实验的约束包含组合约束和热力学约束.控制移动不匹配的下值才能控制杂交反应,由此改进了移动距离.引入窗口距离解决了错配总量和分布的控制问题.
- 周康殷燕芳李玉华覃磊
- 关键词：DNA编码数学模型
- 基于闭环DNA的指派问题算法被引量：10
- 2007年
- 给出了闭环DNA计算模型及其生化实验。用闭环DNA计算模型设计出了指派问题的DNA算法。首先对决策变量进行二维DNA编码来存放决策变量和效益值,然后通过有目的的终止技术和删除实验得到指派问题的全部可行解,最后通过电泳实验和检测实验获得最优指派问题的最优解。举例说明了算法的可行性。最后,为减少DNA编码数量和缩短DNA编码的码长,讨论了算法的两种改进方法。
- 周康同小军许进
- 关键词：闭环DNA计算模型指派问题删除实验
- 基于闭环DNA的边着色问题DNA算法被引量：16
- 2006年
- 提出一种新的DNA计算模型———闭环DNA计算模型,引进了批删除实验,讨论了其实现过程;提出并证明了边着色问题的基本定理,设计并实现了闭环DNA计算算法.该算法将边的DNA编码分为两部分,一部分存储边和色位置的二维数据,另一部分存储色号值;在DNA计算的主体部分用批删除实验得到全部正常的边着色,并通过电泳实验和检测实验获得χ′-正常边着色.举例说明了算法的有效性和可行性.
- 周康王延峰刘文斌许进
- 关键词：DNA计算
- 基于闭环DNA计算的最大独立集问题的算法被引量：14
- 2008年
- 提出闭环DNA计算模型及其基本生化实验,给出解决最大独立集问题的闭环DNA算法。在闭环DNA算法中,提出并实现了用删除实验直接构造所有最大独立集的构想,即通过多次删除实验使顶点集合逐步满足独立集的要求,最后达到最大独立集。该方法使得算法的设计简单明了。算法仅用到基本的删除实验,实现简捷、可靠。
- 周康同小军刘文斌许进
- 关键词：闭环DNA计算模型删除实验电泳实验
- 最小顶点覆盖问题的闭环DNA算法被引量：31
- 2006年
- 提出了闭环DNA计算模型的基本概念及其基本生化实验,并给出了解决最小顶点覆盖问题的闭环DNA算法。在闭环DNA算法中,提出并实现了用删除实验直接构造顶点覆盖补集的构想;再通过电泳实验得到最小顶点覆盖的补集,由补集得到最小顶点覆盖。这使得算法的设计独特而新颖;由于算法仅用到基本的生化实验,这使得算法的实现简捷、可靠。
- 周康许进
- 关键词：闭环DNA计算模型最小顶点覆盖问题补集删除实验
