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植物LTR反转录转座子的研究进展被引量：13: 2013年; 反转录转座子是真核生物基因组中普遍存在的一类可移动的遗传因子,它们以RNA为媒介,在基因组中不断自我复制。在高等植物中,反转录转座子是基因组的重要成分之一。反转录转座子可以分为5大类型,其中以长末端重复(LTR)类型报道较多。LTR类型由于其首尾具有长末端重复序列,内部含有PBS、PPT、GAG和POL开放阅读框、TSD等结构,可以采用生物信息学软件进行预测。LTR反转录转座子的活性受到自身甲基化和环境因素的影响,DNA甲基化抑制反转录转座子转座,而外界环境的刺激能够激活转座子,从而影响插入位点周边基因的表达。同时由于LTR反转录转座子在植物中普遍存在,丰富的拷贝数以及多态性为新型分子标记(RBIP、SSAP、IRAP、REMAP)的开发提供了良好的素材。该文对近年来国内外有关植物反转录转座子的类型、结构特征、LTR反转录转座子的活性及其影响因素、LTR反转录转座子的预测以及标记开发等方面的研究进展进行综述。; 蒋爽滕元文宗宇蔡丹英; 关键词：反转录转座子分子标记

基于“酥梨”芽转录组的简单序列重复(SSR)标记开发(英文)被引量：9: 2014年; 研究目的:基于转录组数据开发具有扩增率高和跨物种转移性的基因组编码区内的SSR(genic-SSR)标记,为梨属植物的分子系统发育关系和遗传多样性相关研究提供新的方法。创新要点:首次利用梨属植物的转录组测序(RNA-seq)数据结合M-13荧光尾巴高效率地开发了104个genic-SSR标记,并成功将其应用于梨属植物的系统发育关系研究中。研究方法:应用生物信息学软件从转录组测序数据中搜索SSR位点和设计相应引物,结合高效的M-13荧光尾巴的方法筛选多态性高的SSR标记。重要结论:转录组数据能够为梨属植物分子系统发育关系和遗传多样性研究提供新的SSR标记来源。; Xiao-yan YUEGuo-qin LIUYu ZONGYuan-wen TENGDan-ying CAI; 关键词：转录组梨属

梨反转录转座子逆转录酶序列预测及其进化和转录分析被引量：7: 2014年; 基于生物信息学方法对‘酥梨’基因组中不同类型的逆转录酶进行预测,共获得345条copia类和99条gypsy类逆转录酶。通过系统聚类,copia类逆转录酶可分为Ivana、Ale、TAR、Angela、Maximus和Bianca等6类;gypsy类逆转录酶可分为Athila、Tat、CRM、Reina和Tekay等5类。序列比对结果显示梨中逆转录酶具有较高的异质性,copia类逆转录酶序列分歧度为0.44,gypsy类为0.38。挑选出8类逆转录酶设计引物,并对梨属其它植物进行PCR扩增,结果显示这8类逆转录酶广泛存在于梨属植物中。在砂梨品种‘圆黄’的叶片、种子和果实中均发现该8类逆转录酶存在一定的转录水平,这是首次发现在梨属植物正常生长组织中逆转录酶发生转录。; 蒋爽蔡丹英滕元文; 关键词：逆转录酶

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国家自然科学基金(31201592)