国家自然科学基金(30972357)
- 作品数：3 被引量：108H指数：3
- 相关作者：韩文军文亚峰吴顺徐刚标更多>>
- 相关机构：中南林业科技大学更多>>
- 发文基金：湖南省自然科学基金国家自然科学基金湖南省教育厅重点项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 植物遗传多样性及其影响因素被引量：74
- 2010年
- 遗传多样性是生物多样性的基础和核心,了解和掌握植物遗传多样性影响因素及其变化规律,对于植物资源的保护及可持续利用具有十分重要的意义。对植物遗传多样性的特点、影响因素、作用规律和各因素之间的相互关系进行了论述。遗传多样性是生物在长期进化和发展过程中形成的自然属性,具有广泛性、特异性和适应性等特点。能确定和改变植物种群遗传多样性的内部因素包括物种的繁育系统(生殖方式)、遗传漂变、自然选择、基因突变和基因流,同时还包括由于环境变化和人为干扰引起的种群隔离、生境片断化等外部因素。内部因素可直接作用于基因组,引起等位基因数目与频率的变化,外部因素不会直接改变基因(等位基因)数目与频率,只能通过某种间接方式使植物群体的遗传多样性水平和遗传结构发生变化。植物种群是一个大的生态系统,各因素之间会相互影响、相互制约,共同作用使植物群体遗传多样性维持在相对平衡状态。
- 文亚峰韩文军吴顺
- 关键词：植物群体遗传分化影响因素
- 杉木叶绿体微卫星及其单倍型变异分析被引量：3
- 2014年
- 杉木是我国南方重要的用材林树种,但其分子标记开发滞后于其他树种。文章利用种(属、科)间扩增法,从来源于黑松、日本柳杉等的21个叶绿体微卫星(SSR)位点中为杉木筛选适合的标记。结果表明:候选标记位点中有10个能够成功扩增,其中2个位点(CJCP1m_004和CJCP2m_002)具有多态性,其单倍型数量(A)分别为2和6,多样性指数(H)为0.233和0.733。多态性位点的单倍型序列分析结果表明,源于日本柳杉的CJCP2m_002在杉木中属高变异位点,其SSR重复单元类型为(AT)n··(T)n,不同于来源物种的重复单元类型(AT)n。筛选得到的叶绿体微卫星(SSR)标记在杉木分子遗传学研究中具有重要用途。
- 文亚峰韩文军周宏
- 关键词：杉木单倍型多态性位点
- 杉木转录组SSR挖掘及EST-SSR标记规模化开发被引量：34
- 2015年
- 【目的】为解决杉木SSR标记数量不足、已开发的位点多态性较差等问题,以杉木转录组测序数据为基础,结合多重PCR技术批量挖掘SSR,规模化开发EST-SSR位点,为杉木分子遗传学研究奠定良好基础。【方法】杉木转录组序列数据（Accession：SRX151872）从NCBI的SRA数据库下载。利用CLC和CMi B软件批量挖掘SSR位点;利用四色荧光标记通用引物多重PCR（multiplex-PCR）技术实现SSR标记的规模化开发。【结果】杉木转录组de novo assembly序列拼接共得到35 633个contigs,总长度31.5 Mb,其中最小拼接长度155 bp,最大23 794 bp,平均长度884 bp。得到2 156个SSR位点,分布于1 822个contigs中,其中256个contigs中包含1个以上SSR位点,复合型SSR数量为118个,SSR平均分布密度为68.4个/Mb。不同SSR重复单元（motif）中,三核苷酸SSR重复单元数量最多,占总数的41.7%。批量引物设计得到1 582个有效位点的引物对,占SSR位点总数的73.4%。利用四色荧光标记通用引物多重PCR检测技术,对35个候选标记位点进行多态性检测,其中28个位点具有多态性,多态性位点比例达到80%,检测位点多态信息含量（PIC）平均值为0.573,表明所开发的EST-SSR位点具有很高的多态性。PCA分析结果表明,28个EST-SSR多态性位点具有很强的鉴别杉木不同地理种源,甚至同一种源不同单株的能力。【结论】将转录组SSRs挖掘和四色荧光标记通用引物多重PCR技术相结合,成功建立杉木EST-SSR高效开发流程和方法,得到较多高质量的EST-SSR标记位点,这些位点已用于后续杉木遗传多样性保护研究。与传统SSR标记位点开发技术相比较,转录组海量序列为高质量多态性位点的选择可提供充足的数据保证。四色荧光标记通用引物基因分型结果清晰、稳定可靠,不但试验成本仅为原来的10%-15%,而且结合多重PCR扩增技术,可使试验效率提高5-6倍。新方法的建立和应用不仅能促进杉木
- 文亚峰韩文军周宏徐刚标
- 关键词：杉木微卫星标记EST-SSR转录组
