国家自然科学基金(31201607)
- 作品数：3 被引量：11H指数：2
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- 相关机构：苏州农业职业技术学院南京农业大学更多>>
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- 葡萄Dof转录因子家族全基因组分析被引量：4
- 2013年
- 摘要：根据葡萄全基因组数据库中的信息，采用生物信息学方法，在全基因组水平上对葡萄Dof基因家族进行了系统进化关系、保守模体、共线性关系及表达模式等分析。结果表明：葡萄基因组中共存在25个Dof基因，命名为VvDof01-VvDof25。系统发生分析表明这些Dof基因归属于9个亚家族，命名为亚家族I～Ⅸ。同一亚家族中成员具有相似的模体组成。对亚家族I的共线性分析表明，该亚家族中的3个成员可能来源于形成葡萄物种的古代六倍体化事件。分析公共数据库中葡萄的RNA-Seq数据后表明，有11个Dof基因对生物和非生物胁迫有响应。本研究结果可为进一步开展葡萄DoI基因家族的功能鉴定和分子进化机制的研究提供基础。
- 李成慧蔡斌娄晓鸣唐蓉
- 关键词：葡萄进化
- 葡萄WRKY转录因子家族全基因组分析被引量：6
- 2013年
- 为了给进一步开展葡萄WRKY基因家族的功能和分子进化机制的研究提供理论依据,利用葡萄全基因组数据,采用生物信息学的方法,在葡萄全基因组水平上对葡萄WRKY基因家族进行了系谱进化关系、保守模体、共线性关系及表达情况等方面的分析。结果表明,葡萄基因组中共存在55个WRKY基因,命名为VvWRKY1～VvWRKY55,这些WRKY基因归属于7个亚家族。共线性分析结果表明,亚家族Ⅱb的6个成员可能起源于形成葡萄物种的"古代六倍体化"事件。对公共数据库中葡萄RNA-Seq数据的分析结果表明,有9个WRKY基因对生物和非生物胁迫有响应。
- 李成慧蔡斌
- 关键词：葡萄WRKY基因生物信息学进化全基因组分析
- 葡萄NAC转录因子家族全基因组分析被引量：2
- 2013年
- 利用葡萄全基因组数据,以生物信息学的方法,在葡萄全基因组水平上对葡萄NAC基因家族进行了系谱进化关系、保守模体、共线性关系及表达情况等分析.结果表明：葡萄基因组中共存在71个葡萄NAC基因,命名为VvNAC01～VvNAC71.71个NAC基因以非随机的方式分布在19条染色体上.系谱分析表明：这些NAC基因归属于10个亚家族,分别以Ⅰ～X标记.同一亚家族中成员具有相似的模体组成.共线性分析表明,亚家族V （TIP）的3个成员可能来源于形成葡萄物种的古代六倍化事件,而第16号染色体上的TIP发生了串联复制,形成了TIP的簇群.分析公共数据库中葡萄的基因芯片数据后表明,亚家族Ⅷ和Ⅸ对非生物胁迫有响应.
- 李成慧蔡斌
- 关键词：葡萄基因家族NAC系谱分析
