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鹿回头岸礁区4种造礁珊瑚中可培养细菌的多样性被引量：2: 2015年; 采用稀释涂布平板法,分离三亚鹿回头岸礁区4种造礁珊瑚及其周围海水中的细菌,并基于16S r RNA基因序列进行了系统发育分析,从而探讨造礁珊瑚中可培养细菌的物种多样性。从澄黄滨珊瑚(Porites lutea)、鹿角珊瑚(Acropora sp.)、盔形珊瑚(Galaxea sp.)、扁脑珊瑚(Platygyra sp.)样品中分别分离获得细菌60、61、54、20株,从珊瑚周边海水中分离获得细菌31株。16S r RNA基因序列分析表明,珊瑚来源的细菌分布于放线菌门(Actinobacteria)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。在属级水平上对4种珊瑚及海水来源细菌群落组成分析,发现在4种珊瑚中均有分布的属有3个,为Brachybacterium、Microbacterium和Ruegeria,珊瑚来源细菌类群有一定差异。同时发现4种珊瑚来源细菌与海水来源细菌类群差异较大。在分离的菌株中,有7株菌与已有效描述的细菌物种典型菌株的全长16S r RNA基因相似性低于97%,代表着潜在新属或新种。试验结果表明,三亚鹿回头岸礁区珊瑚中存在较为丰富的细菌多样性,并潜藏较多的新物种资源。; 吴家法李洁张偲; 关键词：造礁珊瑚可培养细菌物种多样性系统发育分析

我国放线菌系统学研究历史、现状及未来发展趋势被引量：30: 2013年; 放线菌系统学是以实现对放线菌进行分类、鉴定、命名为目标的基础学科,因此它是放线菌资源研究和开发利用的重要理论基础。自20世纪50年代起,我国放线菌系统学的奠基人阎逊初院士及同事们就开创了我国放线菌系统学的研究,经过近六十年、几代人的艰苦努力,我国放线菌系统学工作者在国际微生物系统学权威杂志(International Journal of Systematics and Evolutionary of Microbiology,IJSEM)发表的有关放线菌新分类单元的论文数量连续十年排名稳居前列,部分学者在国际上发表的某些改良的分类技术和新修订的分类系统等为国际同行所广泛采用,这些均标志着我国放线菌系统学研究在国际上已成为微生物系统学界的一支重要力量。本文全面介绍了我国放线菌系统学研究的发展历程,同时对其发展现状给予理性分析,并就未来发展方向进行了展望。; 李文均职晓阳唐蜀昆; 关键词：放线菌多样性系统学

南海北部巴士海峡深海沉积物中细菌多样性分析被引量：11: 2010年; 从南海北部巴士海峡深海沉积物中提取到高质量的总DNA,通过TA克隆构建了含有23个可操作分类单元(OTU)的16S rRNA基因文库,选择各OTU中代表性克隆子进行测序与系统发育分析,结果表明,南海北部巴士海峡深海沉积物中细菌在系统进化树中至少分属于9个类群:其中放线菌Actinobacteria,变形细菌Proteobacteria,和浮霉菌Planctomycetes为优势种;其他细菌如疣微菌Verrucomicrobia,鞘脂杆菌Sphingobacteria,硝化螺旋菌门(Nitrospira),绿弯菌Chloroflexi,厚壁菌Firmicute,酸杆菌Acidobacteria等为非优势种群;另外有两个克隆子属于未知种群。在所获得的23个代表克隆子序列中,有11个序列与已知细菌的同源性≤95%,占到了所有序列的48%,这一结果说明在南海北部巴士海峡海区具有非常丰富的微生物多样性,这一海区蕴含着大量未知的微生物资源,因而值得进行进一步的研究探索。; 孙慧敏戴世鲲王广华谢练武李翔; 关键词：深海沉积物细菌多样性

云南大学放线菌资源研究历史回顾、发展现状及未来展望被引量：5: 2013年; 放线菌是一类极其重要的微生物资源.自1980年云南大学省微生物研究所放线菌研究组成立以来,30余年不图急功近利,始终坚持放线菌资源与利用研究,经过几代人的艰苦奋斗,使我国"放线菌资源研究"跻身世界先进行列,形成目前有15名博士参与的云南大学"放线菌资源与利用"省级创新团队.作者全面介绍了云南大学放线菌资源研究的发展历程,同时对其发展现状给予理性分析,并就其未来发展方向进行了展望,旨在为我国的放线菌资源进行深入的开发利用提供参考.; 李文均徐丽华姜成林; 关键词：放线菌多样性生态学分类学

印度洋红树林沉积物可培养海洋放线菌多样性及其活性被引量：19: 2012年; 【目的】本研究旨在了解印度洋红树林沉积物可培养海洋放线菌多样性、抗菌活性及产酶活性。【方法】选用24种碳源为唯一能源培养基,利用稀释平板涂布方法对8个印度洋红树林沉积物样品进行分离,并基于16S rRNA基因系统发育分析的方法研究样品中海洋放线菌多样性;对分离得到的菌株进行抗菌活性和产酶活性检测。【结果】24种唯一碳源分离培养基中,非糖类碳源特别是甘油、丙氨酸分离效果最好,其次是多糖物质,最后是单糖。共分离得到521株海洋放线菌,经并菌后选取其中的139株代表性菌株测序,结果发现它们主要分布在放线菌纲7个亚目10个科的16个属,其中35个为潜在新种。有43.1%、33.3%、26.9%、25.5%、15.7%的实验菌株分别对枯草芽孢杆菌、白色念珠菌、大肠埃希氏菌、金黄色葡萄球菌、黑曲霉具有抑制作用;有36.5%、26.5%、22.4%、15.9%的实验菌株分别具有蛋白酶活性、纤维素酶活、淀粉酶活性、酯酶活性。【结论】印度洋红树林沉积物蕴藏着丰富的海洋放线菌资源,并具有较高生物活性,为后续工作提供良好的实验材料。; 何洁张道锋徐盈张晓梅唐蜀昆徐丽华李文均; 关键词：红树林海洋放线菌碳源多样性生物活性

海洋放线菌研究进展被引量：57: 2011年; 海洋放线菌因其产生独特的次生代谢产物而备受世界的关注。本文以海洋放线菌的研究历史为主线,综述了海洋放线菌研究的发展历程,海洋放线菌的概念、生物资源、多样性及其分布状况、次生代谢产物以及基因组研究等方面,探讨了其生态功能,最后展望了我国海洋放线菌研究存在的问题及未来发展的前景。; 田新朋张偲李文均; 关键词：海洋放线菌次生代谢产物生物资源多样性

分离自印度洋深海沉积物的部分链霉菌分离株多位点序列分析被引量：7: 2016年; 【目的】采用多位点序列分析方法,研究印度洋3 000 m以下深海沉积物中分离得到的16S rRNA基因比对高度相似的链霉菌菌株的种间系统发育关系,同时探讨各管家基因及多基因聚类分析后的种间区分能力。【方法】以分离自印度洋深海沉积物的7株Streptomyces albidoflavus,11株Streptomyces cavourensis,16株Streptomyces pratensis为研究对象,以16S rRNA、atpD、recA和rpoB基因片段为标记,通过PCR扩增、测序,获得序列。同时从NCBI上下载5株S.pratensis上述4个基因的序列,将所有序列在MLST网站进行比对,并构建系统进化树进行比较。【结果】S.pratensis各菌株种内比较发现,16S rRNA基因构建的系统进化树中相同基因型的菌株没有聚在一起,系统进化树不稳定,区分度不高。其余3个构建的系统进化树稳定,菌株的聚类关系与MLST数据库得到的基因型一致。同时,多基因聚类分析后将菌株分为6个类群。在3个种的种间多位点序列比较中,除区分度明显增加、进化树更加稳定以外,还发现rec A基因进化上比较特殊的菌株。【结论】多位点序列分析将实验菌株分为很多不同的类型,成功地将所分离的链霉菌进行了更细的分类,同时也找到部分菌株在个别基因上差异较大。此方法可以用于相近种的快速鉴定。; 姜钊职晓阳李文均; 关键词：链霉菌管家基因

南海局部海洋沉积物中真菌多样性及产酶活性被引量：9: 2014年; 【目的】从11份南海海洋沉积物中分离耐盐真菌,并对其物种多样性及产酶活性进行研究。【方法】利用平板涂布法分离耐盐真菌,基于形态学和ITS序列的系统进化研究耐盐真菌多样性;利用6种筛选培养基对耐盐真菌进行产酶活性筛选。【结果】分离得到1689株耐盐真菌,共41个形态种。形态学和ITS序列分析表明,这些真菌归于15个属,其中曲霉属(Aspergillus)和青霉属(Penicillium)为优势菌群。对已测序的41株耐盐真菌的产酶活性研究表明,8株产纤维素酶,9株产淀粉酶,5株产复合酶,16株产蛋白酶,3株产脂肪酶,未发现产壳聚糖酶的菌株,其中Acrodontium sp.8m和Aspergillus sp.86b产复合酶的活性相对较高,而Penicillium sp.41m产蛋白酶的活性相对较高。【结论】南海局部海洋沉积物中耐盐真菌丰富,多数菌株具有产酶活性。; 曲佳刘开辉丁小维邓百万陈文强郭庆兰田新朋张偲李文均; 关键词：海洋沉积物物种多样性酶活性

极端耐盐放线菌白色普氏菌YIM 90005~T四氢嘧啶及5-羟基四氢嘧啶合成相关基因的克隆被引量：3: 2011年; 【目的】为了研究耐盐放线菌对高盐环境的适应机理。【方法】用HPLC定量检测了极端耐盐、丝状产孢放线菌———白色普氏菌(Prauserella alba)YIM 90005T在不同盐浓度下胞内相容性溶质的种类和含量。【结果】结果发现,四氢嘧啶和5-羟基四氢嘧啶是其主要的相容性溶质。在培养基NaCl浓度为10%时,四氢嘧啶在胞内累积浓度最大,为18.77μg/mg干菌体重。之后随NaCl浓度的升高,胞内的四氢嘧啶含量逐渐减少,而5-羟基四氢嘧啶的含量逐渐增加,在该菌耐受的最高NaCl浓度下(24%w/v),胞内5-羟基四氢嘧啶含量达到最大值,为22.98μg/mg干菌体重。设计兼并引物,利用染色体步移,克隆得到四氢嘧啶及5-羟基四氢嘧啶合成相关基因ectABCD。序列分析表明,ectABCD位于一个操纵子中。进一步对不同NaCl浓度培养条件下ectB,D的表达量进行定量分析,结果表明该基因簇表达量随着培养基中NaCl浓度的增加而增大。【结论】研究结果证实5-羟基四氢嘧啶是P.alba YIM 90005T在极高盐浓度条件下起渗透调节及保护的相容性溶质。; 李岩董雷王磊方福瑾何敏曹中莹梁媛唐蜀昆李文均; 关键词：相容性溶质四氢嘧啶基因克隆

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国家重点基础研究发展计划(2010CB833801)

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