国家自然科学基金(31360477)
- 作品数：17 被引量：20H指数：2
- 相关作者：秦新民李惠敏郭丹妮刘玉洁张渝更多>>
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- 沙田柚F-box蛋白基因的克隆及序列分析被引量：2
- 2016年
- 采用生物信息学方法,对沙田柚[Citrus maxima(Burm.)Merr.cv.Shatian Yu.]F-box蛋白基因编码的蛋白质从序列特征、理化性质、跨膜结构域、高级结构及功能域等方面进行了预测和分析。结果表明,该基因全长为1 427 bp(Gen Bank登录号为KR363148),开放阅读框(ORF)全长为1 101 bp,共编码366个氨基酸,编码蛋白质的分子质量43.09 ku,理论等电点5.15。沙田柚F-box蛋白基因编码蛋白含有一个植物F-box蛋白家族的保守结构域,为亲水性非分泌不稳定蛋白,不跨膜运动,共有30个可能的磷酸化位点。氨基酸序列分析表明,其编码的氨基酸与甜橙(Citrus sinensis,KDO71185)和克莱门柚(Citrus clementina,XP_006425495)F-box蛋白的同源性分别为99%、98%。系统进化树表明,沙田柚F-box蛋白基因与与甜橙(Citrus sinensis,KDO71185)和克莱门柚(Citrus clementina,XP_006425495)亲缘关系很近,属于同一进化分支。
- 郭丹妮刘玉洁张渝顾金燕覃信梅李惠敏秦新民
- 沙田柚PIF5基因的鉴定及序列分析
- 2018年
- 对沙田柚的PIF5转录因子基因进行鉴定和序列分析。生物信息学分析结果表明,该基因全长2 323 bp(Gen Bank登录号:MH020222),含有1 512 bp的开放阅读框(ORF),共编码503个氨基酸,编码蛋白质的分子质量为54.95 kDa,等电点PI为5.12。该蛋白质含有一个PP2Cc保守结构域,为亲水性稳定蛋白。氨基酸序列分析表明,该氨基酸序列与克莱门柚(Citrus clementina)和甜橙(Citrus sinensis)相似性很高,相似度分别达到100%和99%。系统进化分析发现沙田柚的PIF5转录因子基因与克莱门柚和甜橙亲缘关系很近,属于同一分支。转录组测序结果表明:PIF5基因在沙田柚在未授粉花柱中的表达量(RPKM)为2.94,自花授粉1、2、3 d花柱中的表达量(RPKM)分别为4.35、3.74、3.99,在异花授粉1、2、3 d花柱中基因的表达量(RPKM)则分别为3.39、1.70和0.98。
- 徐媛陈玉梅陈锦玲李璐璐李惠敏秦新民
- 关键词：沙田柚自交不亲和基因表达
- 沙田柚生长素响应基因SAUR的鉴定及序列分析
- 2018年
- [目的]研究沙田柚生长素响应基因SAUR基因编码的蛋白质序列所包含的生物信息学。[方法]以沙田柚自交和异交花柱为材料,通过高通量测序技术进行转录组测序,在差异表达基因中鉴定出SAUR基因。[结果]该基因全长857 bp(登录号为MH281940),开放阅读框(ORF)为381 bp,编码126个氨基酸,编码的蛋白质理论等电点为5.76,相对分子质量为13.74 kD,含有1个与Auxin_inducible superfamily蛋白相同的保守结构域。沙田柚SAUR基因在自交1～3 d花柱中的表达量(RPKM)分别为8.42、56.02、53.45;而在异交1～3 d花柱中的表达量分别为11.98、36.74、8.53。氨基酸序列分析表明,该基因编码的氨基酸与克莱门柚和甜橙SAUR基因编码的氨基酸的同源性分别为100%、99%。系统进化树显示,沙田柚SAUR基因与克莱门柚和甜橙的亲缘关系很近,属同一进化分支。[结论]研究结果可为今后深入研究沙田柚自交不亲和机理提供参考。
- 陈玉梅李璐璐徐媛陈锦玲李惠敏秦新民
- 关键词：沙田柚自交不亲和
- 沙田柚RING-H2 finger基因的生物信息学分析被引量：1
- 2017年
- 为探讨沙田柚自交不亲和性的机理,利用高通量测序技术对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序,通过差异分析得到了沙田柚RING-H2 finger基因序列。采用生物信息学方法,对其编码的蛋白质从序列特征、理化性质、跨膜结构域、高级结构以及功能域等方面进行了预测和分析。结果表明:该基因全长为845 bp,开放阅读框(ORF)全长为387 bp,编码128个氨基酸,编码蛋白质的分子量为13.61 KDa,理论等电点为4.26;该蛋白质含有一个植物RING-H2 finger蛋白家族的保守结构域,为疏水性不稳定蛋白。氨基酸序列分析表明,其编码的氨基酸与甜橙(Cs4g15340.1)RING-H2 finger蛋白的相似度为98%。这些分析结果可为今后深入研究该蛋白的结构特征和功能提供参考。
- 李惠敏罗琼肖君李少梅刘华英秦新民
- 关键词：沙田柚
- 沙田柚类蛋白激酶基因的鉴定及生物信息学分析
- 2018年
- [目的]研究沙田柚类蛋白激酶基因编码的蛋白质序列所包含的生物信息学。[方法]利用高通量测序对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序,通过差异分析得到沙田柚类蛋白激酶基因序列。采用生物信息学方法,对其编码的蛋白质从序列特征、理化性质、跨膜结构域、高级结构以及功能域等方面进行预测和分析。[结果]该基因全长为2 323 bp,开放阅读框(ORF)全长为1 560 bp(Genbank登录号:MG925820),共编码519个氨基酸,分子质量为57.39 kD,等电点PI为8.55。该蛋白质含有1个植物STKc IRAK蛋白家族的保守结构域,为亲水性稳定蛋白。氨基酸序列分析表明,其编码的氨基酸与克莱门柚和甜橙的同源性分别为100%、99%。系统进化树表明沙田柚类蛋白激酶基因与克莱门柚和甜橙亲缘关系很近,属于同一进化分支。[结论]该研究结果可为今后深入研究沙田柚自交不亲和机理提供参考。
- 陈锦玲徐媛陈玉梅李璐璐李惠敏秦新民
- 关键词：沙田柚生物信息学分析
- 沙田柚S-RNase基因的克隆及序列分析被引量：10
- 2015年
- 利用高通量测序技术对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序。通过差异分析得到沙田柚S-RNase基因序列。该基因全长为1 238bp(GenBank登录号为KP172529),开放阅读框(ORF)全长为834bp,共编码278个氨基酸,编码的蛋白质的相对分子质量为31.402kDa,理论等电点为5.30。S-RNase蛋白为亲水性蛋白,共有17个可能的磷酸化位点。氨基酸序列分析表明,其编码的氨基酸与柚Citrus maxima、沙糖桔Citrus reticulata和甜橙Citrus sinensis的同源性分别为99%、98%和96%。系统进化树显示沙田柚S-RNase基因与柚、沙糖桔和甜橙亲缘关系很近,属于同一进化分支。
- 秦新民张渝刘玉洁郭丹妮李惠敏
- 关键词：沙田柚
- 沙田柚β-D-木糖苷酶基因的鉴定及序列分析
- 2016年
- 从沙田柚自交和异交花柱转录组测序中鉴定了β-D-木糖苷酶基因序列。该基因全长为2647 bp (GenBank登录号为KU925841),开放阅读框(ORF)为2385 bp,共编码794个氨基酸,编码的蛋白质的分子量为87.30 kDa,理论等电点为5.87。β-D-木糖苷酶基因编码蛋白为亲水性蛋白,含有1个与糖基水解酶家族蛋白相同的保守CAS结构域。β-D-木糖苷酶基因在沙田柚在未授粉花柱中的表达量(RPKM)为0.07,自花授粉1、2、3 d花柱中的表达量(RPKM)分别为43.13、27.84、1.95,在异花授粉1、2、3 d花柱中基因的表达量(RPKM)则分别为33.90、76.14和49.63。系统进化树显示沙田柚β-D-木糖苷酶与甜橙(Citrus sinensis, XM_006468131)和克莱门柚(Citrus clementina, XM_006449591)亲缘关系很近,属于同一进化分支。
- 覃信梅韩愈郭丹妮刘玉洁李惠敏秦新民
- 关键词：沙田柚
- 沙田柚WRKY转录因子的克隆与序列分析
- 2016年
- 利用高通量测序技术对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序,差异分析得到沙田柚WRKY转录因子的序列。该基因的全长序列为1 178bp(GenBank accession No.KU173833),含有993bp的开放阅读框(ORF)可编码330个氨基酸,编码蛋白的相对分子质量为37.00ku,理论等电点为5.79。与未授粉的花柱相比,沙田柚异花授粉1、2、3d花柱中WRKY转录因子基因的表达量(RPKM)分别为5.67、26.04、17.08;而自花授粉1、2、3d花柱中WRKY转录因子基因的表达量(RPKM)分别为15.67、14.96、3.89。氨基酸序列分析表明,该氨基酸序列与甜橙、金桔的同源性分别为98%、97%。系统进化分析发现沙田柚WRKY转录因子与甜橙、金桔的亲缘关系很近,属于一个分支。
- 张渝刘玉洁郭丹妮覃信梅韩愈李惠敏秦新民
- 关键词：沙田柚WRKY转录因子自交不亲和性
- 沙田柚乙烯应答因子的鉴定和生物信息学分析
- 2018年
- 利用高通量测序对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序,通过差异分析得到了沙田柚乙烯应答因子基因序列。采用生物信息学方法,对其编码的蛋白质从序列特征、理化性质、跨膜结构域、高级结构以及功能域等方面进行了预测和分析。该基因全长为1013 bp(Gen Bank登录号为MG905213),开放阅读框(ORF)全长498 bp,编码的蛋白质含166个氨基酸。编码蛋白质的相对分子量为18.45 k Da,理论等电点为7.90。该蛋白质具有一个与AP2 superfamily蛋白相同的保守结构域,为亲水性非分泌不稳定蛋白,不属于跨膜运动,共有24个可能的磷酸化位点。氨基酸序列分析表明,该基因编码的蛋白质与芸香科的甜橙(Citrus sinensis,XP-006467696.1)和克莱门柚(Citrus clementina,XP-006449381.1)的AP2蛋白的同源性分别为100%和98%。系统进化树表明,沙田柚的乙烯应答转录因子与甜橙和克莱门柚亲缘关系很近,属于同一进化分支。
- 李璐璐陈玉梅罗琼李惠敏秦新民
- 关键词：沙田柚
- 沙田柚热激蛋白HSP90基因的鉴定分析被引量：2
- 2016年
- 为探明沙田柚自交不亲和分子机理,以沙田柚(Citrus grandis var.Shatianyu Hort)自交和异交花柱为材料,对其进行转录组测序;通过差异分析获得相关基因,并研究其理化性质。结果表明:获得的Hsp90基因全长2 602bp(GenBank登录号:KU517851),开放阅读框(ORF)全长为2 100bp,编码699个氨基酸,编码的蛋白质分子量为80.55KDa,理论等电点为5.01,含有1个与HSP90超家族(HSP90superfamily)相同的保守结构域。沙田柚Hsp90蛋白氨基酸的同源性与甜橙(XM_006490568)、克莱门柚(XM_006421973)亲缘关系较近,同源性高达99%,属同一进化分支。
- 郭丹妮刘玉洁韩愈覃信梅李惠敏秦新民
- 关键词：沙田柚HSP90基因理化性质
